More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_0813 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009901  Spea_0813  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 
441 aa  910    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3545  D-amino acid dehydrogenase  63.04 
 
 
462 aa  586  1e-166  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5571  FAD dependent oxidoreductase  42.75 
 
 
415 aa  365  1e-100  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000397488  normal  0.22054 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1477  FAD dependent oxidoreductase  43.34 
 
 
420 aa  356  5e-97  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.699089  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4274  FAD dependent oxidoreductase  41.81 
 
 
418 aa  340  2e-92  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  40.57 
 
 
415 aa  334  2e-90  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5199  FAD dependent oxidoreductase  35.92 
 
 
440 aa  302  8.000000000000001e-81  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.494361 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3032  FAD dependent oxidoreductase  34.47 
 
 
437 aa  252  1e-65  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.451614  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2712  FAD dependent oxidoreductase  35.17 
 
 
415 aa  246  6e-64  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01910  D-amino acid dehydrogenase subunit  33.25 
 
 
416 aa  236  5.0000000000000005e-61  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.492063  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2256  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.19 
 
 
428 aa  224  2e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000681381  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  29.98 
 
 
413 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.37 
 
 
418 aa  192  8e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2797  d-amino-acid dehydrogenase  30.41 
 
 
419 aa  192  8e-48  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337327  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2064  FAD dependent oxidoreductase  31.21 
 
 
422 aa  192  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0107883  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2597  FAD dependent oxidoreductase  29.48 
 
 
415 aa  191  2.9999999999999997e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2431  D-amino-acid dehydrogenase  29.41 
 
 
416 aa  190  4e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0276149 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.05 
 
 
433 aa  189  5.999999999999999e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3470  D-amino-acid dehydrogenase  29.16 
 
 
458 aa  189  9e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.721107 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0355  D-amino-acid dehydrogenase  28.44 
 
 
415 aa  187  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6079  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.18 
 
 
421 aa  187  5e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1818  D-amino-acid dehydrogenase  30.66 
 
 
419 aa  186  5e-46  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2093  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.9 
 
 
416 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.59754  normal  0.0350619 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4364  FAD dependent oxidoreductase  29.37 
 
 
431 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1843  FAD dependent oxidoreductase  28.5 
 
 
420 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23290  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  29.43 
 
 
420 aa  183  5.0000000000000004e-45  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6619  FAD dependent oxidoreductase  28.57 
 
 
410 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.664029 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.72 
 
 
432 aa  183  5.0000000000000004e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3464  FAD dependent oxidoreductase  28.14 
 
 
416 aa  181  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  29.07 
 
 
418 aa  181  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2360  D-amino-acid dehydrogenase  28.64 
 
 
446 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0223413  normal  0.51106 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  30.62 
 
 
434 aa  179  1e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2240  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.8 
 
 
428 aa  179  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0647  D-amino-acid dehydrogenase  27.09 
 
 
452 aa  177  2e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.685795  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.8 
 
 
417 aa  177  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1410  D-amino-acid dehydrogenase  26.3 
 
 
415 aa  177  3e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.320893  normal  0.0817919 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2820  FAD dependent oxidoreductase  29.32 
 
 
432 aa  177  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00368627  normal  0.483121 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1023  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.34 
 
 
428 aa  177  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1447  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  28.7 
 
 
427 aa  176  5e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0796  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.02 
 
 
429 aa  176  7e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.661102  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.21 
 
 
433 aa  176  7e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.9 
 
 
432 aa  176  8e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4777  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.37 
 
 
416 aa  176  8e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.565064  normal  0.111911 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.25 
 
 
432 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4843  FAD dependent oxidoreductase  28.28 
 
 
416 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.570392  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0867  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.23 
 
 
429 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.872467  normal  0.695937 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0131  D-amino-acid dehydrogenase  27.17 
 
 
444 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.814059  normal  0.406976 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2304  D-amino-acid dehydrogenase  28.27 
 
 
421 aa  175  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.018021 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.37 
 
 
416 aa  175  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01164  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.44 
 
 
432 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000419065  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  28.44 
 
 
432 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2436  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.44 
 
 
432 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0019507  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  29.2 
 
 
433 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1676  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.44 
 
 
434 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000458622  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1533  D-amino-acid dehydrogenase  29.93 
 
 
428 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000097225  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1503  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.04 
 
 
425 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.839298  normal  0.265321 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01174  hypothetical protein  28.44 
 
 
432 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0000272828  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.19 
 
 
421 aa  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.44 
 
 
434 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0585  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.11 
 
 
428 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1292  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.44 
 
 
432 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000190637  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1334  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.44 
 
 
432 aa  174  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000000195044  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1706  FAD dependent oxidoreductase  27.79 
 
 
420 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.612598  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1064  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.11 
 
 
428 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.7 
 
 
416 aa  174  3.9999999999999995e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1656  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.84 
 
 
428 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1347  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.44 
 
 
432 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.15982  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4229  D-amino-acid dehydrogenase  29.54 
 
 
415 aa  173  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.825619  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.94 
 
 
434 aa  173  5e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.87 
 
 
432 aa  173  6.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4831  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.44 
 
 
416 aa  172  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0419861  normal  0.105025 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1546  FAD dependent oxidoreductase  29.89 
 
 
419 aa  172  9e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.8 
 
 
417 aa  172  9e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4178  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.34 
 
 
428 aa  172  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157527  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3596  FAD dependent oxidoreductase  28.28 
 
 
424 aa  172  1e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.307288  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.37 
 
 
434 aa  171  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0398  FAD dependent oxidoreductase  26.59 
 
 
427 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.98 
 
 
432 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.98 
 
 
432 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.98 
 
 
432 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.67 
 
 
434 aa  171  3e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.67 
 
 
434 aa  171  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.98 
 
 
432 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.98 
 
 
432 aa  171  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.67 
 
 
434 aa  171  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.2 
 
 
441 aa  171  3e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.6 
 
 
433 aa  170  4e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5338  FAD dependent oxidoreductase  28.67 
 
 
409 aa  169  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.18927  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0383  FAD dependent oxidoreductase  25.81 
 
 
427 aa  169  7e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0926  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.07 
 
 
429 aa  169  8e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.531144  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0408  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.11 
 
 
428 aa  169  9e-41  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2551  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.11 
 
 
428 aa  169  9e-41  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2864  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.11 
 
 
428 aa  169  9e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.367842  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0222  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.11 
 
 
428 aa  169  9e-41  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0927  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.11 
 
 
428 aa  169  9e-41  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2974  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.11 
 
 
428 aa  169  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.27 
 
 
434 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2925  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.11 
 
 
428 aa  169  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1764  D-amino-acid dehydrogenase  26.62 
 
 
422 aa  169  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.124563  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0791  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.27 
 
 
417 aa  168  2e-40  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000194872 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>