More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3596 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_3596  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 
424 aa  829    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.307288  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5323  D-amino-acid dehydrogenase  68.77 
 
 
417 aa  544  1e-153  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.161486 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5615  D-amino-acid dehydrogenase  68.52 
 
 
417 aa  541  1e-153  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.133637  normal  0.925695 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5235  D-amino-acid dehydrogenase  68.77 
 
 
417 aa  544  1e-153  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.288943  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23290  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  68.12 
 
 
420 aa  536  1e-151  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2431  D-amino-acid dehydrogenase  65.7 
 
 
416 aa  529  1e-149  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0276149 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2597  FAD dependent oxidoreductase  65.45 
 
 
415 aa  528  1e-148  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2797  d-amino-acid dehydrogenase  62.08 
 
 
419 aa  503  1e-141  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.337327  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4780  D-amino-acid dehydrogenase  63.08 
 
 
432 aa  475  1e-133  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.778742 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0827  D-amino-acid dehydrogenase  58.33 
 
 
419 aa  421  1e-116  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.365024  normal  0.0750347 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1818  D-amino-acid dehydrogenase  52.55 
 
 
419 aa  369  1e-101  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1275  FAD dependent oxidoreductase  51.47 
 
 
482 aa  354  2e-96  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.189046  normal  0.90193 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3470  D-amino-acid dehydrogenase  49.28 
 
 
458 aa  351  2e-95  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.721107 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1087  FAD dependent oxidoreductase  50.96 
 
 
425 aa  349  6e-95  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0647  D-amino-acid dehydrogenase  48.71 
 
 
452 aa  347  2e-94  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.685795  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0198  FAD dependent oxidoreductase  48.4 
 
 
408 aa  333  3e-90  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.777626  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0955  D-amino-acid dehydrogenase  47.86 
 
 
416 aa  332  8e-90  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.249989 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4274  FAD dependent oxidoreductase  29.43 
 
 
418 aa  166  1.0000000000000001e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01910  D-amino acid dehydrogenase subunit  32.92 
 
 
416 aa  160  5e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.492063  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0813  FAD dependent oxidoreductase  27.99 
 
 
441 aa  159  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2820  FAD dependent oxidoreductase  29.51 
 
 
432 aa  152  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00368627  normal  0.483121 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1706  FAD dependent oxidoreductase  30.97 
 
 
420 aa  152  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.612598  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2256  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.69 
 
 
428 aa  152  1e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000681381  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3545  D-amino acid dehydrogenase  25.95 
 
 
462 aa  151  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1410  D-amino-acid dehydrogenase  30.98 
 
 
415 aa  148  2.0000000000000003e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.320893  normal  0.0817919 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2880  FAD dependent oxidoreductase  31.37 
 
 
412 aa  147  3e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.402173  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4434  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.47 
 
 
432 aa  146  6e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.615719  hitchhiker  0.00000811455 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5009  D-amino-acid dehydrogenase  32.25 
 
 
448 aa  144  3e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.435309  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1533  D-amino-acid dehydrogenase  31.35 
 
 
428 aa  144  3e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000097225  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70040  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.23 
 
 
432 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6078  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.34 
 
 
432 aa  143  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  29.3 
 
 
413 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0071  D-amino-acid dehydrogenase  30.23 
 
 
454 aa  140  4.999999999999999e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0235  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30 
 
 
433 aa  140  6e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0090  D-amino-acid dehydrogenase  30.23 
 
 
446 aa  140  6e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1477  FAD dependent oxidoreductase  29.58 
 
 
420 aa  139  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.699089  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  31.01 
 
 
415 aa  139  1e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0245  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.07 
 
 
432 aa  139  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1318  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.21 
 
 
419 aa  138  2e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5270  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.48 
 
 
434 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0829502  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5180  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.48 
 
 
434 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0763537 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5322  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.48 
 
 
434 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.116126 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.73 
 
 
433 aa  137  5e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00229652 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47980  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.93 
 
 
432 aa  136  7.000000000000001e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0313  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.4 
 
 
421 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1813  FAD dependent oxidoreductase  28.61 
 
 
417 aa  135  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1447  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  26.84 
 
 
427 aa  135  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0101  D-amino acid dehydrogenase, small subunit  30.1 
 
 
433 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5199  FAD dependent oxidoreductase  31.78 
 
 
440 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.494361 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1259  putative D-amino-acid dehydrogenase, FAD dependent  33.57 
 
 
435 aa  134  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00889371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5571  FAD dependent oxidoreductase  29.63 
 
 
415 aa  134  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000397488  normal  0.22054 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0948  D-amino-acid dehydrogenase  32.15 
 
 
435 aa  134  3.9999999999999996e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1957  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.41 
 
 
417 aa  133  5e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1764  D-amino-acid dehydrogenase  29.67 
 
 
422 aa  133  5e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.124563  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003672  D-amino acid dehydrogenase family protein in hydroxy-L-proline catabolic cluster  27.94 
 
 
405 aa  133  6e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0804  D-amino acid dehydrogenase small subunit  30.05 
 
 
433 aa  133  6.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.452249  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2253  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.14 
 
 
417 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.299864  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5526  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.78 
 
 
434 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0444  D-amino-acid dehydrogenase  28.19 
 
 
434 aa  132  1.0000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0131  D-amino-acid dehydrogenase  29.7 
 
 
444 aa  132  2.0000000000000002e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.814059  normal  0.406976 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1110  D-amino-acid dehydrogenase  30.84 
 
 
420 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1843  FAD dependent oxidoreductase  30.59 
 
 
420 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2001  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.02 
 
 
432 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21848  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1515  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.02 
 
 
432 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.684243  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1941  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.02 
 
 
432 aa  130  3e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.377151  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1330  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.02 
 
 
432 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000545747  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0355  D-amino-acid dehydrogenase  29.37 
 
 
415 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1945  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.02 
 
 
432 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.290196  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3174  FAD dependent oxidoreductase  28.68 
 
 
418 aa  130  6e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1444  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.3 
 
 
416 aa  130  6e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.492956  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3117  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.74 
 
 
432 aa  129  8.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.459659  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2360  D-amino-acid dehydrogenase  28.4 
 
 
446 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0223413  normal  0.51106 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2005  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.5 
 
 
416 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.143364  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004326  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.09 
 
 
418 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3032  FAD dependent oxidoreductase  26.22 
 
 
437 aa  128  2.0000000000000002e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.451614  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3967  D-amino acid dehydrogenase small subunit  29.16 
 
 
433 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194472  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4821  D-amino-acid dehydrogenase  28.75 
 
 
419 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052408 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2712  FAD dependent oxidoreductase  27.23 
 
 
415 aa  127  5e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3394  FAD dependent oxidoreductase  29.17 
 
 
414 aa  127  5e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.361362 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3630  D-amino-acid dehydrogenase  27.03 
 
 
417 aa  126  8.000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000258766 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6239  FAD dependent oxidoreductase  29.66 
 
 
414 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2547  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.78 
 
 
434 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3520  D-amino-acid dehydrogenase  29.95 
 
 
444 aa  125  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.553559  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6408  FAD dependent oxidoreductase  29.66 
 
 
414 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.874497  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6641  FAD dependent oxidoreductase  29.66 
 
 
414 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4261  FAD dependent oxidoreductase  29.37 
 
 
423 aa  124  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0673  D-amino-acid dehydrogenase  27.23 
 
 
417 aa  124  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180164  hitchhiker  0.00553067 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2746  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.54 
 
 
434 aa  124  4e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0984937  decreased coverage  0.0000603863 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2361  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.5 
 
 
434 aa  124  4e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0438978  normal  0.320379 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1997  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.5 
 
 
434 aa  124  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.990336  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2107  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.5 
 
 
434 aa  124  4e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.625399  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3994  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.99 
 
 
441 aa  123  6e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1301  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.47 
 
 
418 aa  123  7e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0866  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.15 
 
 
416 aa  123  7e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0290796  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0924  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.15 
 
 
416 aa  122  8e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0094  D-amino-acid dehydrogenase  31.28 
 
 
455 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.79359 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1981  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.98 
 
 
416 aa  122  9.999999999999999e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.200719  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2708  D-amino-acid dehydrogenase  28.54 
 
 
440 aa  122  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2459  Methylated-DNA--(protein)-cysteine S-methyltransferase  27.29 
 
 
432 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000162707  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1960  D-amino acid dehydrogenase small subunit  27.29 
 
 
434 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00842903  normal  0.752905 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>