More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1816 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3648  D-amino-acid dehydrogenase  90.17 
 
 		 417 aa  767    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1652  D-amino-acid dehydrogenase  73.92 
 
 		 418 aa  637    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.205537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1816  D-amino-acid dehydrogenase  100 
 
 		 417 aa  837    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.230934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4295  FAD dependent oxidoreductase  80.58 
 
 		 417 aa  677    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269255  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2698  D-amino-acid dehydrogenase  71.91 
 
 		 433 aa  615  1e-175  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2282  FAD dependent oxidoreductase  69.23 
 
 		 417 aa  592  1e-168  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.877617  normal  0.634031 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3709  FAD dependent oxidoreductase  53.24 
 
 		 416 aa  448  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189981  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2176  FAD dependent oxidoreductase  53.75 
 
 		 414 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0832957  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3596  FAD dependent oxidoreductase  53.51 
 
 		 414 aa  442  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.953552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2320  FAD dependent oxidoreductase  53.03 
 
 		 414 aa  441  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.63288  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0630  amino acid dehydrogenase, putative  53 
 
 		 416 aa  443  1e-123  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131096  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0396  FAD dependent oxidoreductase  54.13 
 
 		 415 aa  441  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.128604 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0342  FAD dependent oxidoreductase  52.77 
 
 		 417 aa  441  1e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  0.188233 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0844  D-amino acid dehydrogenase small subunit  53.16 
 
 		 415 aa  440  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0428  FAD dependent oxidoreductase  54.37 
 
 		 415 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.163324 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2811  FAD dependent oxidoreductase  53.03 
 
 		 414 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630542  normal  0.814601 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0592  putative amino acid dehydrogenase  52.52 
 
 		 416 aa  438  1e-121  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4442  D-amino-acid dehydrogenase  54.26 
 
 		 413 aa  435  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000997757 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2070  FAD dependent oxidoreductase  55.47 
 
 		 413 aa  434  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0259945 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4962  FAD dependent oxidoreductase  54.26 
 
 		 413 aa  434  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0181745  normal  0.52476 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0629  FAD dependent oxidoreductase  54.5 
 
 		 440 aa  425  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5251  FAD dependent oxidoreductase  54.24 
 
 		 413 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3604  FAD dependent oxidoreductase  54.01 
 
 		 413 aa  423  1e-117  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3433  FAD dependent oxidoreductase  52.54 
 
 		 414 aa  421  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0064  FAD dependent oxidoreductase  54.01 
 
 		 416 aa  421  1e-117  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711671  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4901  FAD dependent oxidoreductase  53.04 
 
 		 416 aa  424  1e-117  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3824  FAD dependent oxidoreductase  53.04 
 
 		 416 aa  424  1e-117  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3334  D-amino-acid dehydrogenase  54.24 
 
 		 413 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.281822  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5033  D-amino-acid dehydrogenase  54.24 
 
 		 413 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.548496 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1655  D-amino-acid dehydrogenase  52.31 
 
 		 414 aa  420  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0719166  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3940  D-amino-acid dehydrogenase  54.24 
 
 		 414 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401149  hitchhiker  0.00412438 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1840  D-amino acid dehydrogenase, small subunit, putative  54.74 
 
 		 435 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.815218  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5465  FAD dependent oxidoreductase  51.82 
 
 		 410 aa  408  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0375458 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0742  FAD dependent oxidoreductase  53.03 
 
 		 414 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0018802 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0822  FAD dependent oxidoreductase  53.75 
 
 		 414 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193909  normal  0.0469773 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0725  D-amino-acid dehydrogenase  53.01 
 
 		 414 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0605876  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0770  FAD-dependent oxidoreductase  54.99 
 
 		 507 aa  403  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2137  D-amino-acid dehydrogenase  54.99 
 
 		 483 aa  403  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0860  FAD-dependent oxidoreductase  54.99 
 
 		 414 aa  403  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0367  D-amino-acid dehydrogenase  53.27 
 
 		 414 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2537  FAD dependent oxidoreductase  52.78 
 
 		 414 aa  404  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.654937  normal  0.300039 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0850  D-amino-acid dehydrogenase  53.27 
 
 		 414 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173092  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4480  FAD dependent oxidoreductase  53.04 
 
 		 414 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0799  D-amino-acid dehydrogenase  52.07 
 
 		 410 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.491257 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1724  FAD dependent oxidoreductase  52.31 
 
 		 414 aa  397  1e-109  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0720  FAD-dependent oxidoreductase  50.49 
 
 		 416 aa  377  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0868  FAD dependent oxidoreductase  50.49 
 
 		 446 aa  377  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.585687  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4795  putative D-amino-acid dehydrogenase  47.49 
 
 		 412 aa  353  2.9999999999999997e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3891  FAD dependent oxidoreductase  44.33 
 
 		 410 aa  346  3e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1346  D-amino acid oxidase  39.81 
 
 		 415 aa  346  5e-94  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0584052  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1018  FAD dependent oxidoreductase  40.05 
 
 		 415 aa  345  8.999999999999999e-94  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0864419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0900  FAD dependent oxidoreductase  41.61 
 
 		 417 aa  342  7e-93  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0474  FAD dependent oxidoreductase  38.81 
 
 		 421 aa  340  2e-92  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5589  D-amino-acid dehydrogenase  41.83 
 
 		 418 aa  296  4e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0932448  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4628  D-amino-acid dehydrogenase  41.4 
 
 		 412 aa  288  2e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.732848  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2064  FAD dependent oxidoreductase  37.53 
 
 		 414 aa  257  3e-67  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5562  FAD dependent oxidoreductase  38.42 
 
 		 425 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1410  D-amino-acid dehydrogenase  33.66 
 
 		 415 aa  210  4e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.320893  normal  0.0817919 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4364  FAD dependent oxidoreductase  33.65 
 
 		 431 aa  207  4e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1843  FAD dependent oxidoreductase  33.97 
 
 		 420 aa  206  7e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4843  FAD dependent oxidoreductase  33.65 
 
 		 416 aa  205  9e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.570392  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0507  amino acid dehydrogenase transmembrane protein  33.33 
 
 		 423 aa  204  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2880  FAD dependent oxidoreductase  32.69 
 
 		 412 aa  201  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.402173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0240  FAD dependent oxidoreductase  32.3 
 
 		 425 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0398  FAD dependent oxidoreductase  32.77 
 
 		 427 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0383  FAD dependent oxidoreductase  32.46 
 
 		 427 aa  196  6e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  30.58 
 
 		 413 aa  196  7e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1447  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  27.9 
 
 		 427 aa  196  9e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1533  D-amino-acid dehydrogenase  31.97 
 
 		 428 aa  191  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000097225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1613  FAD dependent oxidoreductase  32.37 
 
 		 414 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1706  FAD dependent oxidoreductase  31.22 
 
 		 420 aa  189  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.612598  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0395  D-amino acid dehydrogenase small subunit  31.5 
 
 		 421 aa  188  1e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4261  FAD dependent oxidoreductase  32.28 
 
 		 423 aa  188  1e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1866  FAD dependent oxidoreductase  32.35 
 
 		 434 aa  186  5e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.619946  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2820  FAD dependent oxidoreductase  29.98 
 
 		 432 aa  186  6e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00368627  normal  0.483121 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2360  D-amino-acid dehydrogenase  28.77 
 
 		 446 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0223413  normal  0.51106 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0116  D-amino-acid dehydrogenase  31.03 
 
 		 416 aa  183  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.658269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0355  D-amino-acid dehydrogenase  29.27 
 
 		 415 aa  177  3e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0203  FAD dependent oxidoreductase  28.75 
 
 		 430 aa  176  5e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0990  D-amino-acid dehydrogenase  31.49 
 
 		 413 aa  176  9e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1727  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  29.8 
 
 		 420 aa  174  2.9999999999999996e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3464  FAD dependent oxidoreductase  31.81 
 
 		 416 aa  173  5.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4136  FAD dependent oxidoreductase  32.84 
 
 		 415 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1259  putative D-amino-acid dehydrogenase, FAD dependent  30.36 
 
 		 435 aa  171  3e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00889371 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1282  FAD dependent oxidoreductase  32.84 
 
 		 415 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.783246  normal  0.547311 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2316  D-amino acid dehydrogenase  30.98 
 
 		 413 aa  169  7e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.944178  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1764  D-amino-acid dehydrogenase  29.01 
 
 		 422 aa  168  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.124563  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1255  FAD dependent oxidoreductase  32.6 
 
 		 415 aa  168  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.621856  normal  0.317392 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003672  D-amino acid dehydrogenase family protein in hydroxy-L-proline catabolic cluster  28.29 
 
 		 405 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0106  FAD dependent oxidoreductase  30.67 
 
 		 416 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3864  D-amino-acid dehydrogenase  31.44 
 
 		 413 aa  166  5.9999999999999996e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1110  D-amino-acid dehydrogenase  29.55 
 
 		 420 aa  166  9e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01910  D-amino acid dehydrogenase subunit  29.72 
 
 		 416 aa  164  2.0000000000000002e-39  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.492063  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6619  FAD dependent oxidoreductase  30.51 
 
 		 410 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.664029 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5338  FAD dependent oxidoreductase  28.88 
 
 		 409 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.18927  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2064  FAD dependent oxidoreductase  30.34 
 
 		 422 aa  161  2e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0107883  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6455  FAD dependent oxidoreductase  31.64 
 
 		 409 aa  161  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.470028  normal  0.375061 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1218  FAD dependent oxidoreductase  29.56 
 
 		 415 aa  160  3e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1434  D-amino-acid dehydrogenase  30.73 
 
 		 409 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6394  D-amino-acid dehydrogenase  30.73 
 
 		 409 aa  159  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>