More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2064 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2064  FAD dependent oxidoreductase  100 
 
 		 414 aa  836    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3891  FAD dependent oxidoreductase  45.48 
 
 		 410 aa  367  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1655  D-amino-acid dehydrogenase  45.32 
 
 		 414 aa  330  2e-89  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0719166  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4795  putative D-amino-acid dehydrogenase  44.19 
 
 		 412 aa  325  9e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4628  D-amino-acid dehydrogenase  42.39 
 
 		 412 aa  290  2e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.732848  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2070  FAD dependent oxidoreductase  39.65 
 
 		 413 aa  290  4e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0259945 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0064  FAD dependent oxidoreductase  42.28 
 
 		 416 aa  280  4e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0428  FAD dependent oxidoreductase  39.69 
 
 		 415 aa  278  9e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.163324 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0396  FAD dependent oxidoreductase  39.66 
 
 		 415 aa  275  9e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.128604 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5465  FAD dependent oxidoreductase  39.65 
 
 		 410 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0375458 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4901  FAD dependent oxidoreductase  40.2 
 
 		 416 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3824  FAD dependent oxidoreductase  40.2 
 
 		 416 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3433  FAD dependent oxidoreductase  38.48 
 
 		 414 aa  270  5e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1724  FAD dependent oxidoreductase  39.29 
 
 		 414 aa  266  4e-70  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0342  FAD dependent oxidoreductase  37.94 
 
 		 417 aa  266  5.999999999999999e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  0.188233 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3940  D-amino-acid dehydrogenase  38.23 
 
 		 414 aa  263  6e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401149  hitchhiker  0.00412438 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2320  FAD dependent oxidoreductase  39.55 
 
 		 414 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.63288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0799  D-amino-acid dehydrogenase  38.73 
 
 		 410 aa  261  2e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.491257 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3596  FAD dependent oxidoreductase  39.29 
 
 		 414 aa  259  6e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.953552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2176  FAD dependent oxidoreductase  39.29 
 
 		 414 aa  259  6e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0832957  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0725  D-amino-acid dehydrogenase  37.72 
 
 		 414 aa  259  7e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0605876  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0742  FAD dependent oxidoreductase  37.72 
 
 		 414 aa  258  1e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0018802 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3648  D-amino-acid dehydrogenase  37.72 
 
 		 417 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2537  FAD dependent oxidoreductase  37.72 
 
 		 414 aa  258  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.654937  normal  0.300039 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0367  D-amino-acid dehydrogenase  38.48 
 
 		 414 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0850  D-amino-acid dehydrogenase  38.48 
 
 		 414 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173092  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1816  D-amino-acid dehydrogenase  37.53 
 
 		 417 aa  257  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.230934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0844  D-amino acid dehydrogenase small subunit  36.27 
 
 		 415 aa  256  6e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2811  FAD dependent oxidoreductase  38.79 
 
 		 414 aa  256  7e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630542  normal  0.814601 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1652  D-amino-acid dehydrogenase  38.54 
 
 		 418 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.205537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2282  FAD dependent oxidoreductase  39.29 
 
 		 417 aa  253  3e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.877617  normal  0.634031 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0822  FAD dependent oxidoreductase  38.23 
 
 		 414 aa  254  3e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193909  normal  0.0469773 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2698  D-amino-acid dehydrogenase  38.35 
 
 		 433 aa  254  3e-66  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4480  FAD dependent oxidoreductase  38.69 
 
 		 414 aa  253  6e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1840  D-amino acid dehydrogenase, small subunit, putative  37.47 
 
 		 435 aa  252  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.815218  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4442  D-amino-acid dehydrogenase  36.02 
 
 		 413 aa  250  3e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000997757 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4962  FAD dependent oxidoreductase  36.02 
 
 		 413 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0181745  normal  0.52476 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4295  FAD dependent oxidoreductase  38.79 
 
 		 417 aa  248  2e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269255  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3604  FAD dependent oxidoreductase  36.02 
 
 		 413 aa  246  4e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0770  FAD-dependent oxidoreductase  37.41 
 
 		 507 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2137  D-amino-acid dehydrogenase  37.41 
 
 		 483 aa  246  6e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0860  FAD-dependent oxidoreductase  37.41 
 
 		 414 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0474  FAD dependent oxidoreductase  34.66 
 
 		 421 aa  243  6e-63  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0629  FAD dependent oxidoreductase  36.52 
 
 		 440 aa  243  7e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1346  D-amino acid oxidase  34.26 
 
 		 415 aa  241  2e-62  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0584052  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0630  amino acid dehydrogenase, putative  36.72 
 
 		 416 aa  240  4e-62  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.131096  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1018  FAD dependent oxidoreductase  34.18 
 
 		 415 aa  240  4e-62  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0864419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3709  FAD dependent oxidoreductase  35.68 
 
 		 416 aa  238  2e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189981  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0592  putative amino acid dehydrogenase  36.72 
 
 		 416 aa  237  3e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5251  FAD dependent oxidoreductase  35.77 
 
 		 413 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3334  D-amino-acid dehydrogenase  35.77 
 
 		 413 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.281822  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5033  D-amino-acid dehydrogenase  35.77 
 
 		 413 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.548496 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0900  FAD dependent oxidoreductase  32.07 
 
 		 417 aa  233  3e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0868  FAD dependent oxidoreductase  35 
 
 		 446 aa  207  4e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.585687  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0720  FAD-dependent oxidoreductase  35 
 
 		 416 aa  206  5e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5589  D-amino-acid dehydrogenase  33.42 
 
 		 418 aa  187  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0932448  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  28.79 
 
 		 413 aa  159  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1706  FAD dependent oxidoreductase  28.36 
 
 		 420 aa  150  6e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.612598  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2820  FAD dependent oxidoreductase  27.86 
 
 		 432 aa  145  1e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00368627  normal  0.483121 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0203  FAD dependent oxidoreductase  25.64 
 
 		 430 aa  144  2e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2360  D-amino-acid dehydrogenase  25.48 
 
 		 446 aa  140  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0223413  normal  0.51106 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1447  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  27.38 
 
 		 427 aa  140  6e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5562  FAD dependent oxidoreductase  30.53 
 
 		 425 aa  139  7e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0398  FAD dependent oxidoreductase  30.02 
 
 		 427 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2880  FAD dependent oxidoreductase  27.59 
 
 		 412 aa  138  1e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.402173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1764  D-amino-acid dehydrogenase  28.36 
 
 		 422 aa  139  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.124563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0383  FAD dependent oxidoreductase  29.78 
 
 		 427 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0507  amino acid dehydrogenase transmembrane protein  29.88 
 
 		 423 aa  134  3.9999999999999996e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4261  FAD dependent oxidoreductase  29.04 
 
 		 423 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1866  FAD dependent oxidoreductase  28.75 
 
 		 434 aa  127  3e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.619946  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0395  D-amino acid dehydrogenase small subunit  28.96 
 
 		 421 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1843  FAD dependent oxidoreductase  28.54 
 
 		 420 aa  125  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01910  D-amino acid dehydrogenase subunit  28.22 
 
 		 416 aa  125  2e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.492063  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3970  FAD dependent oxidoreductase  28.54 
 
 		 411 aa  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0240  FAD dependent oxidoreductase  28.82 
 
 		 425 aa  123  5e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4843  FAD dependent oxidoreductase  27.3 
 
 		 416 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.570392  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  26.89 
 
 		 428 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0905906  normal  0.889782 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1533  D-amino-acid dehydrogenase  26.56 
 
 		 428 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000097225  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2746  oxidoreductase, FAD-dependent  24.55 
 
 		 416 aa  119  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4860  D-amino-acid dehydrogenase  28.83 
 
 		 406 aa  119  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.643864 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0990  D-amino-acid dehydrogenase  26.94 
 
 		 413 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6396  FAD dependent oxidoreductase  28.75 
 
 		 424 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2708  D-amino-acid dehydrogenase  28.61 
 
 		 440 aa  117  3e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2554  D-amino-acid dehydrogenase  29.76 
 
 		 434 aa  117  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.100435  hitchhiker  0.00601757 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0116  D-amino-acid dehydrogenase  25.56 
 
 		 416 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.658269  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1613  FAD dependent oxidoreductase  27.27 
 
 		 414 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2316  D-amino acid dehydrogenase  26.87 
 
 		 413 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.944178  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5338  FAD dependent oxidoreductase  26.85 
 
 		 409 aa  113  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.18927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3847  FAD dependent oxidoreductase  25.25 
 
 		 411 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0106  FAD dependent oxidoreductase  26.74 
 
 		 416 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4364  FAD dependent oxidoreductase  26.91 
 
 		 431 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3955  FAD dependent oxidoreductase  25.99 
 
 		 411 aa  111  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1727  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  25.31 
 
 		 420 aa  110  4.0000000000000004e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6619  FAD dependent oxidoreductase  28.54 
 
 		 410 aa  110  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.664029 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1410  D-amino-acid dehydrogenase  28.14 
 
 		 415 aa  109  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.320893  normal  0.0817919 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1259  putative D-amino-acid dehydrogenase, FAD dependent  27.25 
 
 		 435 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00889371 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4136  FAD dependent oxidoreductase  28.64 
 
 		 415 aa  108  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3864  D-amino-acid dehydrogenase  25.85 
 
 		 413 aa  107  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3322  FAD dependent oxidoreductase  25.27 
 
 		 435 aa  106  6e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1255  FAD dependent oxidoreductase  28.26 
 
 		 415 aa  106  7e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.621856  normal  0.317392 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>