More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003672 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013456  VEA_003672  D-amino acid dehydrogenase family protein in hydroxy-L-proline catabolic cluster  100 
 
 
405 aa  831    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4136  FAD dependent oxidoreductase  42.75 
 
 
415 aa  343  4e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1255  FAD dependent oxidoreductase  43.52 
 
 
415 aa  341  1e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.621856  normal  0.317392 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1282  FAD dependent oxidoreductase  43.52 
 
 
415 aa  341  2e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.783246  normal  0.547311 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2708  D-amino-acid dehydrogenase  40.79 
 
 
440 aa  336  5e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2305  D-amino-acid dehydrogenase  41.79 
 
 
420 aa  334  1e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.467185  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1706  FAD dependent oxidoreductase  42.41 
 
 
420 aa  316  5e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.612598  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2820  FAD dependent oxidoreductase  43.57 
 
 
432 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00368627  normal  0.483121 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1764  D-amino-acid dehydrogenase  41.35 
 
 
422 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.124563  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2360  D-amino-acid dehydrogenase  42 
 
 
446 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0223413  normal  0.51106 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1218  FAD dependent oxidoreductase  41.48 
 
 
415 aa  303  3.0000000000000004e-81  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1447  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  37.89 
 
 
427 aa  284  2.0000000000000002e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1533  D-amino-acid dehydrogenase  40.92 
 
 
428 aa  279  5e-74  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000097225  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0507  amino acid dehydrogenase transmembrane protein  35.9 
 
 
423 aa  259  4e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0395  D-amino acid dehydrogenase small subunit  38.44 
 
 
421 aa  259  5.0000000000000005e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0203  FAD dependent oxidoreductase  36.8 
 
 
430 aa  257  2e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4364  FAD dependent oxidoreductase  37.62 
 
 
431 aa  256  5e-67  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0383  FAD dependent oxidoreductase  34.77 
 
 
427 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0398  FAD dependent oxidoreductase  35.01 
 
 
427 aa  253  5.000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.588797 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1843  FAD dependent oxidoreductase  34.79 
 
 
420 aa  250  3e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2746  oxidoreductase, FAD-dependent  33.67 
 
 
416 aa  243  3e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1613  FAD dependent oxidoreductase  34.39 
 
 
414 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2064  FAD dependent oxidoreductase  37.29 
 
 
422 aa  230  4e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0107883  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4843  FAD dependent oxidoreductase  32.77 
 
 
416 aa  229  8e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.570392  normal  0.0122538 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4261  FAD dependent oxidoreductase  33.58 
 
 
423 aa  225  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3464  FAD dependent oxidoreductase  35.12 
 
 
416 aa  223  6e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.135026 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5338  FAD dependent oxidoreductase  33.01 
 
 
409 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.18927  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0116  D-amino-acid dehydrogenase  30.9 
 
 
416 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.658269  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3651  FAD dependent oxidoreductase  33.17 
 
 
426 aa  212  9e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.02824  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1410  D-amino-acid dehydrogenase  30 
 
 
415 aa  212  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.320893  normal  0.0817919 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2880  FAD dependent oxidoreductase  30.75 
 
 
412 aa  212  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.402173  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0990  D-amino-acid dehydrogenase  32.51 
 
 
413 aa  209  6e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0106  FAD dependent oxidoreductase  32.17 
 
 
416 aa  206  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0240  FAD dependent oxidoreductase  32.6 
 
 
425 aa  206  8e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2316  D-amino acid dehydrogenase  32.26 
 
 
413 aa  205  1e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.944178  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6396  FAD dependent oxidoreductase  31.88 
 
 
424 aa  205  1e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1866  FAD dependent oxidoreductase  33.66 
 
 
434 aa  205  1e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.619946  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1259  putative D-amino-acid dehydrogenase, FAD dependent  30.92 
 
 
435 aa  204  2e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00889371 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3200  D-amino acid dehydrogenase small subunit  34.25 
 
 
428 aa  202  6e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0905906  normal  0.889782 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1434  D-amino-acid dehydrogenase  31.86 
 
 
409 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.221465  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6394  D-amino-acid dehydrogenase  31.86 
 
 
409 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6619  FAD dependent oxidoreductase  31.22 
 
 
410 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.664029 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3636  FAD dependent oxidoreductase  31.55 
 
 
423 aa  200  3e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0728154 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2554  D-amino-acid dehydrogenase  30.4 
 
 
434 aa  199  7e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.100435  hitchhiker  0.00601757 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4074  FAD dependent oxidoreductase  30.86 
 
 
419 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0355  D-amino-acid dehydrogenase  30.07 
 
 
415 aa  199  1.0000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1416  D-amino-acid dehydrogenase  31.76 
 
 
424 aa  197  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000529434  normal  0.0258271 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1727  putative D-amino acid dehydrogenase, small subunit  33.83 
 
 
420 aa  196  5.000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3847  FAD dependent oxidoreductase  28.57 
 
 
411 aa  196  6e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3970  FAD dependent oxidoreductase  29.98 
 
 
411 aa  193  5e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3676  D-amino-acid dehydrogenase  29.64 
 
 
432 aa  191  2e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6265  FAD dependent oxidoreductase  28.71 
 
 
413 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00674063  normal  0.363363 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5589  D-amino-acid dehydrogenase  28.92 
 
 
418 aa  189  9e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0932448  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3864  D-amino-acid dehydrogenase  33.01 
 
 
413 aa  188  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3955  FAD dependent oxidoreductase  27.83 
 
 
411 aa  188  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3322  FAD dependent oxidoreductase  31.33 
 
 
435 aa  187  4e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4860  D-amino-acid dehydrogenase  32.58 
 
 
406 aa  186  5e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.643864 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1110  D-amino-acid dehydrogenase  31.75 
 
 
420 aa  186  9e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6455  FAD dependent oxidoreductase  30.64 
 
 
409 aa  184  3e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.470028  normal  0.375061 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3227  FAD dependent oxidoreductase  30.2 
 
 
430 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2698  D-amino-acid dehydrogenase  29.26 
 
 
433 aa  179  1e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1652  D-amino-acid dehydrogenase  29.68 
 
 
418 aa  177  4e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.205537  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2282  FAD dependent oxidoreductase  29.88 
 
 
417 aa  175  9.999999999999999e-43  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.877617  normal  0.634031 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5266  FAD dependent oxidoreductase  29.7 
 
 
427 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.600372  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3648  D-amino-acid dehydrogenase  28.78 
 
 
417 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0793  D-amino-acid dehydrogenase  30.17 
 
 
438 aa  169  8e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.186326  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0474  FAD dependent oxidoreductase  26.2 
 
 
421 aa  169  8e-41  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4901  FAD dependent oxidoreductase  27.34 
 
 
416 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3824  FAD dependent oxidoreductase  27.34 
 
 
416 aa  168  1e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1816  D-amino-acid dehydrogenase  28.29 
 
 
417 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.230934  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5571  FAD dependent oxidoreductase  29.41 
 
 
415 aa  167  4e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0000397488  normal  0.22054 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0064  FAD dependent oxidoreductase  28.61 
 
 
416 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711671  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0499  FAD dependent oxidoreductase  29.06 
 
 
415 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4295  FAD dependent oxidoreductase  28.78 
 
 
417 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000269255  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0799  D-amino-acid dehydrogenase  27.68 
 
 
410 aa  162  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.491257 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2537  FAD dependent oxidoreductase  30.41 
 
 
414 aa  159  7e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.654937  normal  0.300039 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2811  FAD dependent oxidoreductase  27.34 
 
 
414 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.630542  normal  0.814601 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0396  FAD dependent oxidoreductase  27.9 
 
 
415 aa  156  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.128604 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2176  FAD dependent oxidoreductase  27.34 
 
 
414 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0832957  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0428  FAD dependent oxidoreductase  28.47 
 
 
415 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.163324 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3596  FAD dependent oxidoreductase  27.1 
 
 
414 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.953552  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4480  FAD dependent oxidoreductase  27.53 
 
 
414 aa  154  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0742  FAD dependent oxidoreductase  29.67 
 
 
414 aa  153  5e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0018802 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0900  FAD dependent oxidoreductase  26.51 
 
 
417 aa  153  5e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23290  glycine/D-amino acid oxidase, deaminating  31.5 
 
 
420 aa  152  1e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2320  FAD dependent oxidoreductase  26.89 
 
 
414 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.63288  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1018  FAD dependent oxidoreductase  27.05 
 
 
415 aa  151  2e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0864419  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3433  FAD dependent oxidoreductase  26.83 
 
 
414 aa  150  3e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3709  FAD dependent oxidoreductase  28.81 
 
 
416 aa  150  4e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189981  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0725  D-amino-acid dehydrogenase  29.67 
 
 
414 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0605876  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2070  FAD dependent oxidoreductase  28.78 
 
 
413 aa  149  7e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0259945 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4708  D-amino-acid dehydrogenase  27.82 
 
 
416 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0268741 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3940  D-amino-acid dehydrogenase  29.67 
 
 
414 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401149  hitchhiker  0.00412438 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2597  FAD dependent oxidoreductase  29.75 
 
 
415 aa  147  3e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0342  FAD dependent oxidoreductase  25.42 
 
 
417 aa  147  3e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.413406  normal  0.188233 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0367  D-amino-acid dehydrogenase  29.19 
 
 
414 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0850  D-amino-acid dehydrogenase  29.19 
 
 
414 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.173092  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1346  D-amino acid oxidase  26.33 
 
 
415 aa  147  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0584052  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0822  FAD dependent oxidoreductase  28.95 
 
 
414 aa  146  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193909  normal  0.0469773 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5465  FAD dependent oxidoreductase  25.37 
 
 
410 aa  146  8.000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0375458 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>