111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0143 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0143  hypothetical protein  100 
 
 		 368 aa  719    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1741  hypothetical protein  65.04 
 
 		 369 aa  486  1e-136  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.411599 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1330  hypothetical protein  47.93 
 
 		 372 aa  302  5.000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.060147  normal  0.335287 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1650  hypothetical protein  47.57 
 
 		 370 aa  298  1e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.419449  normal  0.440749 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2096  hypothetical protein  44.05 
 
 		 370 aa  290  3e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2383  hypothetical protein  44.05 
 
 		 370 aa  290  3e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0037846  normal  0.0270218 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4568  hypothetical protein  49.24 
 
 		 377 aa  286  4e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1143  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.27 
 
 		 371 aa  271  1e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.144704  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2673  hypothetical protein  48.27 
 
 		 372 aa  263  3e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0902591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1747  hypothetical protein  43.92 
 
 		 563 aa  256  3e-67  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.47098  normal  0.840597 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2618  hypothetical protein  43.18 
 
 		 340 aa  253  5.000000000000001e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.419605  normal  0.60812 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18560  hypothetical protein  46.32 
 
 		 366 aa  243  6e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113562  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.67 
 
 		 579 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0111  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.53 
 
 		 579 aa  194  1e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.429948  normal  0.384279 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3405  hypothetical protein  36.63 
 
 		 544 aa  192  8e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1104  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.06 
 
 		 579 aa  191  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.357082  normal  0.0417227 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4090  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.83 
 
 		 575 aa  189  5e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0182  RND family efflux transporter MFP subunit  37.4 
 
 		 583 aa  189  8e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.833766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2950  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.13 
 
 		 569 aa  186  8e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0994  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.87 
 
 		 583 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0596631 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1886  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.04 
 
 		 573 aa  177  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3470  RND family efflux transporter MFP subunit  36.13 
 
 		 564 aa  176  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.025961  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4730  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.9 
 
 		 575 aa  176  8e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.70615 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2533  RND family efflux transporter MFP subunit  36.86 
 
 		 581 aa  172  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.247146  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3059  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.21 
 
 		 575 aa  169  8e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2832  RND family efflux transporter MFP subunit  36.03 
 
 		 575 aa  168  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.459229 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5617  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.37 
 
 		 573 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  27.33 
 
 		 527 aa  75.1  0.000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2097  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.19 
 
 		 553 aa  65.5  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  25.68 
 
 		 504 aa  58.5  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5714  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.74 
 
 		 420 aa  56.2  0.0000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.171189  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0293  secretion protein HlyD  25.17 
 
 		 514 aa  55.8  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.287992  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3050  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.97 
 
 		 406 aa  55.8  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.132301  normal  0.0180542 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1501  component of copper transport system  22.15 
 
 		 404 aa  55.1  0.000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000252405  normal  0.0292911 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3072  RND family efflux transporter MFP subunit  24.31 
 
 		 404 aa  54.3  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.569417  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.79 
 
 		 460 aa  53.9  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0614  membrane fusion protein  27.7 
 
 		 404 aa  53.1  0.000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.23 
 
 		 390 aa  52.8  0.000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000873754  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.25 
 
 		 416 aa  52.4  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0257934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4472  RND family efflux transporter MFP subunit  26.91 
 
 		 447 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0821721 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3527  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.15 
 
 		 446 aa  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0034  secretion protein, HlyD family  23.29 
 
 		 369 aa  52  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3651  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.77 
 
 		 441 aa  51.6  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  28.52 
 
 		 455 aa  50.8  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3327  RND family efflux transporter MFP subunit  26.77 
 
 		 441 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.16 
 
 		 607 aa  50.8  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.537519  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0514  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.07 
 
 		 393 aa  50.1  0.00006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.770818  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01875  hypothetical protein  28.25 
 
 		 343 aa  50.1  0.00006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  27.61 
 
 		 380 aa  49.3  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4388  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.92 
 
 		 551 aa  49.3  0.0001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.420196  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2808  RND family efflux transporter MFP subunit  23.29 
 
 		 378 aa  48.9  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.635113  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6756  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.24 
 
 		 411 aa  48.9  0.0001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.425768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3685  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.34 
 
 		 398 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.186863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0152  secretion protein HlyD  24.32 
 
 		 382 aa  48.1  0.0002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3329  secretion protein HlyD  25.46 
 
 		 386 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3499  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 395 aa  48.5  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0344164  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.77 
 
 		 360 aa  48.5  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.77 
 
 		 360 aa  48.5  0.0002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3130  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.88 
 
 		 377 aa  48.5  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.645496  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.3 
 
 		 360 aa  48.5  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2521  secretion protein HlyD  25.72 
 
 		 435 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  23.81 
 
 		 484 aa  47.8  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3223  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.98 
 
 		 381 aa  47.8  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.23 
 
 		 362 aa  47.4  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0327  RND family efflux transporter MFP subunit  25.47 
 
 		 376 aa  47  0.0005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.270074 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.1 
 
 		 388 aa  47  0.0005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.631291  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  23.16 
 
 		 407 aa  46.6  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1312  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 371 aa  46.6  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.61 
 
 		 380 aa  47  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1651  secretion protein HlyD  27.18 
 
 		 407 aa  46.2  0.0008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.986785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6824  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.28 
 
 		 627 aa  46.6  0.0008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  24.71 
 
 		 472 aa  46.2  0.0008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  26.22 
 
 		 372 aa  46.6  0.0008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4095  RND family efflux transporter MFP subunit  24.49 
 
 		 525 aa  46.2  0.0008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.32 
 
 		 384 aa  46.2  0.0009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0540  RND family efflux transporter MFP subunit  25.93 
 
 		 459 aa  45.4  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.547771  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0142  hypothetical protein  64.71 
 
 		 207 aa  45.8  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  24.53 
 
 		 404 aa  45.1  0.002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  25.87 
 
 		 372 aa  45.1  0.002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  22.84 
 
 		 467 aa  45.1  0.002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  28.05 
 
 		 366 aa  45.1  0.002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2372  RND family efflux transporter MFP subunit  26.35 
 
 		 395 aa  44.7  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  24.61 
 
 		 404 aa  44.7  0.002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4503  RND family efflux transporter MFP subunit  25.52 
 
 		 384 aa  45.1  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.148496 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03982  membrane fusion protein  25 
 
 		 414 aa  45.1  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.14 
 
 		 383 aa  44.7  0.002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.97 
 
 		 568 aa  45.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  25.29 
 
 		 517 aa  45.4  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4256  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.97 
 
 		 526 aa  44.7  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0996  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.72 
 
 		 381 aa  45.1  0.002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.613489  normal  0.215198 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4189  secretion protein HlyD  23.34 
 
 		 432 aa  44.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.934665 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  23.49 
 
 		 484 aa  44.3  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  24.06 
 
 		 404 aa  44.7  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6209  membrane fusion protein cluster 2  32.67 
 
 		 395 aa  44.3  0.004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.401631  normal  0.0698846 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0364  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.32 
 
 		 362 aa  43.9  0.004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1112  secretion protein HlyD  23.9 
 
 		 383 aa  43.5  0.005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.941  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2027  secretion protein HlyD  27.88 
 
 		 390 aa  43.5  0.005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.423658  normal  0.283543 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.48 
 
 		 465 aa  43.9  0.005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  25.31 
 
 		 386 aa  43.5  0.006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1784  secretion protein HlyD  25.91 
 
 		 524 aa  43.5  0.006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0136066  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>