29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0142 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_0142  hypothetical protein  100 
 
 		 207 aa  410  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1740  hypothetical protein  50.25 
 
 		 194 aa  177  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.471696 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2672  hypothetical protein  35.83 
 
 		 185 aa  74.7  0.0000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0580335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1331  hypothetical protein  39.04 
 
 		 186 aa  71.6  0.000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.218799  normal  0.195494 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1104  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.47 
 
 		 579 aa  71.2  0.000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.357082  normal  0.0417227 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2384  hypothetical protein  35.41 
 
 		 187 aa  66.2  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00181939  normal  0.0396666 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2097  hypothetical protein  35.41 
 
 		 187 aa  66.2  0.0000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4567  hypothetical protein  33.33 
 
 		 186 aa  65.5  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0111  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.29 
 
 		 579 aa  65.5  0.0000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.429948  normal  0.384279 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1651  hypothetical protein  38.52 
 
 		 184 aa  64.7  0.0000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.146789  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0182  RND family efflux transporter MFP subunit  34.48 
 
 		 583 aa  63.9  0.000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.833766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0994  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.17 
 
 		 583 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0596631 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5617  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.25 
 
 		 573 aa  62.8  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4730  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.46 
 
 		 575 aa  61.6  0.000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.70615 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1747  hypothetical protein  38.3 
 
 		 563 aa  61.2  0.000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.47098  normal  0.840597 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2533  RND family efflux transporter MFP subunit  39 
 
 		 581 aa  60.5  0.00000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.247146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4125  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.54 
 
 		 579 aa  60.1  0.00000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2619  hypothetical protein  39.36 
 
 		 186 aa  59.3  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.698231  normal  0.560584 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1886  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.86 
 
 		 573 aa  58.5  0.00000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4090  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.8 
 
 		 575 aa  56.6  0.0000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3405  hypothetical protein  38 
 
 		 544 aa  55.5  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18550  hypothetical protein  39.19 
 
 		 180 aa  50.4  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0292903  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1144  hypothetical protein  33.7 
 
 		 183 aa  47  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.264812  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2950  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.59 
 
 		 569 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0143  hypothetical protein  64.71 
 
 		 368 aa  45.8  0.0005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3059  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 575 aa  42.7  0.004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3470  RND family efflux transporter MFP subunit  31.68 
 
 		 564 aa  42.7  0.004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.025961  normal  0.901289 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1741  hypothetical protein  56.41 
 
 		 369 aa  42.7  0.004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.411599 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2832  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 575 aa  42  0.006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.459229 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>