More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_2439 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_2439  diguanylate cyclase  100 
 
 		 698 aa  1371    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2740  diguanylate cyclase  36.94 
 
 		 670 aa  258  2e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1982  diguanylate cyclase  36.33 
 
 		 661 aa  246  6.999999999999999e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.044763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1030  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  49.15 
 
 		 330 aa  172  2e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.33399 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 337 aa  168  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.03 
 
 		 352 aa  167  5e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0984  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 353 aa  163  1e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.194443 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0095  putative sensory transduction system, regulatory protein  48.73 
 
 		 536 aa  162  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.348008  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  42.56 
 
 		 340 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 340 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  42.56 
 
 		 340 aa  162  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1805  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.78 
 
 		 960 aa  161  4e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  42.05 
 
 		 340 aa  160  5e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.7 
 
 		 313 aa  161  5e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.19 
 
 		 338 aa  160  6e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2062  diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 620 aa  160  6e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.502085 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.08 
 
 		 341 aa  160  9e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  42.05 
 
 		 344 aa  159  2e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2499  GGDEF domain-containing protein  46.77 
 
 		 367 aa  158  3e-37  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 660 aa  157  7e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2052  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 481 aa  157  8e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  44.57 
 
 		 1262 aa  156  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.09 
 
 		 660 aa  156  1e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1713  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 462 aa  155  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 462 aa  155  2e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 422 aa  155  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2076  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 481 aa  154  4e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00773841  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3170  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.1 
 
 		 344 aa  154  5e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.103544 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1328  diguanylate cyclase  41.15 
 
 		 648 aa  154  5e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  44.68 
 
 		 335 aa  154  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004464  sensory box/GGDEF family protein  42.63 
 
 		 582 aa  154  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.845527  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  42.13 
 
 		 346 aa  154  7e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  42.86 
 
 		 516 aa  153  8.999999999999999e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  44.32 
 
 		 579 aa  153  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  45.98 
 
 		 480 aa  153  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  44.27 
 
 		 487 aa  151  4e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  44.27 
 
 		 487 aa  151  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4149  diguanylate cyclase  39.17 
 
 		 591 aa  151  4e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0015025  normal  0.169582 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  44.27 
 
 		 487 aa  151  4e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  44.27 
 
 		 487 aa  151  4e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  35.71 
 
 		 641 aa  151  4e-35  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  44.27 
 
 		 528 aa  151  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  44.27 
 
 		 487 aa  150  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  41.33 
 
 		 327 aa  150  6e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  44.5 
 
 		 538 aa  150  6e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5857  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.77 
 
 		 341 aa  150  6e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 315 aa  150  9e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 547 aa  149  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  48.21 
 
 		 512 aa  149  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  44.21 
 
 		 487 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.63 
 
 		 664 aa  148  3e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2222  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 732 aa  148  3e-34  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.513474  normal  0.0596169 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  45.35 
 
 		 507 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.24 
 
 		 345 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2063  diguanylate cyclase  44.62 
 
 		 338 aa  148  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.553076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  45.74 
 
 		 649 aa  148  4.0000000000000006e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00930  hypothetical protein  42.62 
 
 		 581 aa  147  5e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  44 
 
 		 553 aa  147  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2160  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 732 aa  147  7.0000000000000006e-34  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  38.62 
 
 		 987 aa  147  8.000000000000001e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3353  GGDEF family protein  42.39 
 
 		 626 aa  147  9e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.374674  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1431  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  45.21 
 
 		 625 aa  146  1e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  44.38 
 
 		 555 aa  146  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50 
 
 		 890 aa  146  1e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  46.75 
 
 		 252 aa  146  1e-33  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  48.6 
 
 		 518 aa  146  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  50 
 
 		 890 aa  146  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0411  PAS:GGDEF  40.44 
 
 		 317 aa  146  2e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.320308 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 310 aa  146  2e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  40.56 
 
 		 323 aa  145  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.39 
 
 		 310 aa  145  2e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1758  diguanylate cyclase with Chase2 sensor  40.54 
 
 		 583 aa  145  2e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.621597 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  48.84 
 
 		 636 aa  145  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3328  GGDEF  41.67 
 
 		 548 aa  145  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00921167 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.41 
 
 		 316 aa  145  3e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1457  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  44.68 
 
 		 624 aa  144  5e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.659998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0116  diguanylate cyclase  47.09 
 
 		 398 aa  144  5e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.864855  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2150  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 330 aa  144  5e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  37.34 
 
 		 734 aa  144  6e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1599  response regulator receiver protein  45.56 
 
 		 305 aa  144  6e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0650224  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  41.58 
 
 		 503 aa  144  7e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5111  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.8 
 
 		 479 aa  143  8e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.55 
 
 		 359 aa  143  9e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.85 
 
 		 310 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.13 
 
 		 334 aa  143  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 357 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3048  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.19 
 
 		 683 aa  143  9.999999999999999e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  42.78 
 
 		 357 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3496  hypothetical protein  41.42 
 
 		 497 aa  142  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.676733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  42.35 
 
 		 503 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6515  diguanylate cyclase  46.86 
 
 		 452 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.683766  normal  0.600963 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0225  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.39 
 
 		 325 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  44.63 
 
 		 334 aa  142  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1494  response regulator/GGDEF domain-containing protein  44.13 
 
 		 335 aa  142  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.799611 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  41.75 
 
 		 546 aa  141  3e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3843  diguanylate cyclase  44.97 
 
 		 472 aa  142  3e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  31.22 
 
 		 1099 aa  141  4.999999999999999e-32  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4649  diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 510 aa  141  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3807  diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 510 aa  141  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.417307 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3714  diguanylate cyclase  44.39 
 
 		 510 aa  141  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.28391  normal  0.0412955 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>