More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1039 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1039  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
798 aa  1615    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2824  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.88 
 
 
1018 aa  775    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0209449 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0052  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.2 
 
 
1054 aa  703    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3222  multi-sensor hybrid histidine kinase  92.73 
 
 
798 aa  1439    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.150716 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2023  multi-sensor hybrid histidine kinase  54.66 
 
 
1021 aa  750    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0168563  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0269  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.35 
 
 
885 aa  366  1e-100  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.43 
 
 
1079 aa  316  9.999999999999999e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3722  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.5 
 
 
845 aa  311  2.9999999999999997e-83  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.1 
 
 
769 aa  310  6.999999999999999e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.37 
 
 
1180 aa  308  2.0000000000000002e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.92 
 
 
962 aa  307  4.0000000000000004e-82  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  45.1 
 
 
733 aa  308  4.0000000000000004e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1154  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.38 
 
 
925 aa  307  5.0000000000000004e-82  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.04 
 
 
823 aa  306  8.000000000000001e-82  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1655  sensory box histidine kinase/response regulator  40.05 
 
 
824 aa  305  3.0000000000000004e-81  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2700  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.61 
 
 
1102 aa  303  8.000000000000001e-81  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2598  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42 
 
 
661 aa  302  2e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.79 
 
 
845 aa  301  3e-80  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0930  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.07 
 
 
736 aa  300  7e-80  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.165473  normal  0.215499 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.68 
 
 
1132 aa  299  1e-79  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.01 
 
 
817 aa  294  5e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.648168 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1520  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.02 
 
 
777 aa  294  6e-78  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2401  sensory box histidine kinase/response regulator  41.58 
 
 
1015 aa  291  2e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2079  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.71 
 
 
1260 aa  291  2e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.8885299999999995e-20 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0082  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.05 
 
 
946 aa  291  3e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.8 
 
 
953 aa  290  5.0000000000000004e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2669  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.45 
 
 
1047 aa  290  6e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.16 
 
 
650 aa  289  1e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2137  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.02 
 
 
1260 aa  288  2e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2145  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.36 
 
 
1124 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1138  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.9 
 
 
983 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.9 
 
 
645 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.1 
 
 
622 aa  284  5.000000000000001e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.9 
 
 
743 aa  282  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2685  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.2 
 
 
660 aa  282  1e-74  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.41147  normal  0.190122 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2155  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.91 
 
 
753 aa  282  1e-74  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0366  sensor histidine kinase/response regulator  38.28 
 
 
742 aa  281  3e-74  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1566  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.59 
 
 
1047 aa  281  4e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  30.4 
 
 
1148 aa  280  7e-74  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1910  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.97 
 
 
994 aa  280  9e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  31.49 
 
 
1561 aa  279  1e-73  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.2 
 
 
819 aa  279  1e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000597485  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0272  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.04 
 
 
1113 aa  278  2e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.19 
 
 
773 aa  279  2e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.49 
 
 
1108 aa  279  2e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000213837 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0935  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.91 
 
 
828 aa  278  3e-73  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00791305  hitchhiker  0.0012729 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.7 
 
 
1106 aa  278  3e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  40.93 
 
 
1112 aa  278  4e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.41 
 
 
773 aa  277  5e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.021882 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.78 
 
 
845 aa  277  7e-73  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.95 
 
 
1134 aa  276  1.0000000000000001e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.84 
 
 
853 aa  276  1.0000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4271  histidine kinase  38.94 
 
 
525 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1202  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.21 
 
 
1126 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.766255  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.92 
 
 
1076 aa  275  3e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.07 
 
 
643 aa  275  3e-72  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.535539  normal  0.0122943 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3600  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  41.07 
 
 
766 aa  275  3e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.35244  normal  0.024803 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  42.9 
 
 
812 aa  274  5.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  38.6 
 
 
571 aa  273  8.000000000000001e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3966  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.56 
 
 
677 aa  273  1e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000186378 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2898  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.12 
 
 
849 aa  273  1e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16474e-17 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3223  histidine kinase  40.67 
 
 
594 aa  272  2e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00047761  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.92 
 
 
1105 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  39.27 
 
 
573 aa  271  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  39.74 
 
 
949 aa  271  4e-71  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.52 
 
 
859 aa  271  4e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2068  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.23 
 
 
752 aa  271  5e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000882027 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0181  two component signal transduction histidine kinase/response regulator hybrid  41.93 
 
 
749 aa  270  5e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.48 
 
 
949 aa  270  5.9999999999999995e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3878  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.31 
 
 
673 aa  270  8e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1414  sensory box histidine kinase/response regulator  29.93 
 
 
844 aa  269  1e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00865388  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1654  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.63 
 
 
1115 aa  269  1e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2665  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.39 
 
 
637 aa  269  1e-70  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.266574  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0454  multisensor hybrid histidine kinase  39.43 
 
 
766 aa  269  1e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4726  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.76 
 
 
625 aa  269  1e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.140851  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.75 
 
 
557 aa  269  1e-70  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.26 
 
 
818 aa  268  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2107  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.43 
 
 
770 aa  269  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.66 
 
 
655 aa  268  4e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1228  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.79 
 
 
769 aa  267  5e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.8 
 
 
774 aa  267  7e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0462938  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.52 
 
 
943 aa  267  7e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  38.48 
 
 
548 aa  266  8e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1350  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.9 
 
 
699 aa  266  1e-69  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4180  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.77 
 
 
657 aa  266  1e-69  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0157583  normal  0.971406 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2375  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.05 
 
 
766 aa  266  1e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.352057 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1723  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.6 
 
 
664 aa  265  3e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0520  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  38.5 
 
 
751 aa  265  3e-69  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.11 
 
 
1053 aa  265  4e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1929  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  39.44 
 
 
853 aa  264  4e-69  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2226  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.28 
 
 
796 aa  263  6e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000698755  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3017  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.53 
 
 
864 aa  263  8.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1243  histidine kinase  38.1 
 
 
654 aa  263  1e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0706231 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1727  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  39.16 
 
 
793 aa  263  1e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0486  GAF sensor hybrid histidine kinase  38.37 
 
 
837 aa  262  2e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000590544 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5580  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.5 
 
 
699 aa  262  2e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0190821  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3059  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.28 
 
 
641 aa  262  2e-68  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00716616 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2576  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.62 
 
 
840 aa  261  2e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0149194 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2362  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.22 
 
 
546 aa  262  2e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00154548  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3018  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.71 
 
 
522 aa  262  2e-68  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0381782 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>