More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1228 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1644  histidine kinase  53.78 
 
 		 779 aa  666    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000000228151 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0454  multisensor hybrid histidine kinase  58.18 
 
 		 766 aa  781    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1984  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  53.59 
 
 		 752 aa  743    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.684295 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2375  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  56.28 
 
 		 766 aa  776    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.352057 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1228  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 		 769 aa  1557    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2107  multi-sensor hybrid histidine kinase  58.07 
 
 		 770 aa  783    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0595  multi-sensor hybrid histidine kinase  59 
 
 		 680 aa  573  1.0000000000000001e-162  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2576  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.65 
 
 		 840 aa  399  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0149194 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1138  Signal transduction histidine kinase  34.8 
 
 		 888 aa  393  1e-108  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.408537  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0755  sensor histidine kinase/response regulator  38.17 
 
 		 828 aa  392  1e-107  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1983  multi-sensor hybrid histidine kinase  53.32 
 
 		 847 aa  392  1e-107  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.138459 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1727  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  40.72 
 
 		 793 aa  391  1e-107  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0319  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  37.3 
 
 		 824 aa  389  1e-106  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.655044  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1398  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.38 
 
 		 853 aa  387  1e-106  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4635  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.5 
 
 		 857 aa  385  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.576155  normal  0.315346 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1740  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  50 
 
 		 866 aa  385  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0223971  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1039  sensory box histidine kinase/response regulator  52.02 
 
 		 945 aa  381  1e-104  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0513  multi-sensor hybrid histidine kinase  48.88 
 
 		 803 aa  382  1e-104  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.883754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5491  cell cycle control histidine kinase CckA  47.02 
 
 		 892 aa  378  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.606378  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1004  sensory box histidine kinase/response regulator  51.77 
 
 		 945 aa  377  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1524  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.1 
 
 		 853 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.334346 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3527  multi-sensor hybrid histidine kinase  52.31 
 
 		 839 aa  375  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.064663 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2124  multi-sensor hybrid histidine kinase  51.14 
 
 		 857 aa  375  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.104313  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3771  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.65 
 
 		 874 aa  372  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0139218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0853  sensor histidine kinase/reponse regulator  42.83 
 
 		 845 aa  370  1e-101  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  decreased coverage  0.00134282  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1216  sensor histidine kinase/response regulator  44.99 
 
 		 417 aa  367  1e-100  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1446  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.71 
 
 		 811 aa  368  1e-100  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4405  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.02 
 
 		 880 aa  369  1e-100  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0198095  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2820  multi-sensor hybrid histidine kinase / cell cycle control histidine kinase CckA  48.11 
 
 		 829 aa  364  3e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2825  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  48.88 
 
 		 903 aa  359  8e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.198382 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1929  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  46.15 
 
 		 853 aa  360  8e-98  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2602  PAS sensor protein  47.98 
 
 		 903 aa  358  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.378864 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1700  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.33 
 
 		 850 aa  357  5.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.99866 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2632  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.23 
 
 		 906 aa  356  7.999999999999999e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2229  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.68 
 
 		 925 aa  354  4e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.843602  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5149  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.4 
 
 		 869 aa  351  3e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00416194 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2463  two component sensor kinase  45.58 
 
 		 872 aa  347  5e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.899501  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1525  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.65 
 
 		 872 aa  346  1e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.40409  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1961  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.8 
 
 		 867 aa  342  1e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.126106 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2173  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.31 
 
 		 867 aa  341  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00129243  normal  0.0294734 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5532  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.43 
 
 		 890 aa  341  4e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1385  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  45.54 
 
 		 695 aa  327  4.0000000000000003e-88  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3112  putative PAS/PAC sensor protein  40.74 
 
 		 733 aa  315  2.9999999999999996e-84  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3014  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.59 
 
 		 1132 aa  313  9e-84  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.829917  hitchhiker  0.00701741 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0181  two component signal transduction histidine kinase/response regulator hybrid  44 
 
 		 749 aa  311  2e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1007  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.1 
 
 		 557 aa  308  2.0000000000000002e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.607179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0366  sensor histidine kinase/response regulator  40.24 
 
 		 742 aa  305  2.0000000000000002e-81  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1648  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.82 
 
 		 1176 aa  303  6.000000000000001e-81  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.883005  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1171  histidine kinase  37.7 
 
 		 527 aa  302  1e-80  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00415214  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1555  sensory box histidine kinase/response regulator  39.67 
 
 		 1112 aa  301  2e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3600  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  43.15 
 
 		 766 aa  301  3e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.35244  normal  0.024803 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0666  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.19 
 
 		 831 aa  296  8e-79  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3018  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.24 
 
 		 522 aa  295  2e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.0381782 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.95 
 
 		 859 aa  293  6e-78  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0520  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  43.26 
 
 		 751 aa  293  6e-78  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.25 
 
 		 853 aa  293  7e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2598  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.65 
 
 		 661 aa  293  9e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.88 
 
 		 1076 aa  293  1e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2001  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.53 
 
 		 796 aa  290  9e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  7.77001e-34 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2406  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.6 
 
 		 773 aa  287  5.999999999999999e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0119  PAS sensor protein  41.35 
 
 		 1561 aa  286  7e-76  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2373  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.25 
 
 		 769 aa  286  1.0000000000000001e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.05 
 
 		 1105 aa  284  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.44 
 
 		 643 aa  283  7.000000000000001e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.535539  normal  0.0122943 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2226  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.25 
 
 		 796 aa  283  8.000000000000001e-75  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000698755  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.77 
 
 		 962 aa  282  2e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4134  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.85 
 
 		 711 aa  281  3e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.734876  normal  0.920735 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3722  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.39 
 
 		 845 aa  280  7e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0801  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.34 
 
 		 953 aa  279  1e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.220837  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1918  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 		 650 aa  280  1e-73  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.204421 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0388  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.53 
 
 		 793 aa  279  2e-73  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3264  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.13 
 
 		 1134 aa  278  3e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0269  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.95 
 
 		 885 aa  278  4e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0935  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.71 
 
 		 828 aa  277  4e-73  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00791305  hitchhiker  0.0012729 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3208  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.05 
 
 		 622 aa  277  6e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0750823 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2401  sensory box histidine kinase/response regulator  38.29 
 
 		 1015 aa  276  8e-73  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1654  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.53 
 
 		 1115 aa  276  1.0000000000000001e-72  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2155  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.27 
 
 		 753 aa  276  1.0000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3268  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.9 
 
 		 1079 aa  275  2.0000000000000002e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.29 
 
 		 845 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1812  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.6 
 
 		 773 aa  275  2.0000000000000002e-72  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.021882 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2169  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.15 
 
 		 1148 aa  275  2.0000000000000002e-72  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.38 
 
 		 999 aa  274  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1520  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.96 
 
 		 777 aa  274  4.0000000000000004e-72  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1383  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.64 
 
 		 819 aa  274  5.000000000000001e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000597485  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4732  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.23 
 
 		 728 aa  274  5.000000000000001e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  40.05 
 
 		 529 aa  273  1e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3267  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.16 
 
 		 1180 aa  272  1e-71  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2898  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.95 
 
 		 849 aa  272  2e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.16474e-17 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6265  sensor histidine kinase  41.96 
 
 		 490 aa  271  2.9999999999999997e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0824359  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3596  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.83 
 
 		 926 aa  271  2.9999999999999997e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0444  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.36 
 
 		 713 aa  271  4e-71  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00394135  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1655  sensory box histidine kinase/response regulator  36.29 
 
 		 824 aa  270  5.9999999999999995e-71  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.12 
 
 		 926 aa  270  8e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.26 
 
 		 1381 aa  270  8.999999999999999e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1968  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  40.56 
 
 		 933 aa  269  1e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3263  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.47 
 
 		 639 aa  269  1e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1154  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.46 
 
 		 925 aa  269  1e-70  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3017  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.38 
 
 		 864 aa  269  2e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2700  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  33.14 
 
 		 1102 aa  269  2e-70  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>