215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_4199 on replicon NC_009959
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009959  Dshi_4199  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 214 aa  434  1e-121  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.680761 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3913  TetR family transcriptional regulator  51.35 
 
 		 239 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.20842  normal  0.141898 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3163  transcriptional regulator, TetR family  49.21 
 
 		 242 aa  172  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4951  TetR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 239 aa  160  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.717286  normal  0.572747 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2950  TetR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 217 aa  160  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000171699 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0951  transcriptional regulator, TetR family  41.58 
 
 		 242 aa  159  4e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5643  TetR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 224 aa  154  7e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.240264  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1292  regulatory protein TetR  40.3 
 
 		 231 aa  154  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.413674  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1454  transcriptional regulator, TetR family  40.3 
 
 		 231 aa  154  1e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.901974 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3562  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 237 aa  152  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2019  transcriptional regulator, TetR family  41.62 
 
 		 235 aa  152  5e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0553  TetR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 233 aa  151  8e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3728  TetR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 212 aa  145  5e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.735281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0522  TetR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 219 aa  144  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5853  TetR family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 230 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00161572 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0081  TetR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 231 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.672358  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0649  TetR family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 231 aa  89  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.899851  normal  0.251562 
 
 
-
 
NC_003296  RS01892  transcription regulator protein  25.63 
 
 		 207 aa  57.8  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00576188  normal  0.449964 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1537  TetR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 257 aa  58.2  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19820  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 260 aa  54.3  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4481  transcriptional regulator, TetR family  36.84 
 
 		 216 aa  52.8  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.918639  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1933  AcrR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 243 aa  52.4  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.189914  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3709  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 221 aa  51.6  0.000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0975739  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0808  transcriptional regulator, TetR family  34.02 
 
 		 222 aa  51.2  0.00001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8740  putative transcriptional regulator, TetR family  31.9 
 
 		 226 aa  50.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0905  transcriptional regulator, TetR family  51.85 
 
 		 253 aa  50.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.938127  normal  0.145255 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3313  transcriptional regulator, TetR family  33.64 
 
 		 209 aa  49.7  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0137945 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  26.16 
 
 		 249 aa  50.1  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1496  transcriptional regulator, TetR family  34.04 
 
 		 206 aa  49.7  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4172  TetR family transcriptional regulator  30 
 
 		 205 aa  49.7  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.928216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2223  TetR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 200 aa  49.3  0.00004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.360909  normal  0.0579313 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1957  transcriptional regulator, TetR family  39.68 
 
 		 194 aa  49.3  0.00004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.292651 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0735  regulatory protein, TetR  30.89 
 
 		 204 aa  49.3  0.00005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00482  NADH dehydrogenase  31.58 
 
 		 194 aa  48.9  0.00005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8507  putative transcriptional regulator, TetR family  41.38 
 
 		 199 aa  48.9  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2624  transcriptional regulator, TetR family  30.25 
 
 		 210 aa  48.5  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.465145  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2728  putative transcriptional regulator, TetR family  32.48 
 
 		 200 aa  48.5  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.427892  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3360  putative transcriptional regulator, TetR family  36.49 
 
 		 195 aa  48.5  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0575014  normal  0.0807522 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3149  TetR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 205 aa  48.5  0.00008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2914  transcriptional regulator, TetR family  26.92 
 
 		 202 aa  48.5  0.00008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0970  transcriptional regulator, TetR family  42.65 
 
 		 203 aa  48.1  0.00009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0855  transcriptional regulator, TetR family  44.44 
 
 		 223 aa  48.1  0.00009  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.835032 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4542  transcriptional regulator, TetR family  41.18 
 
 		 201 aa  47.8  0.0001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.204937  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2696  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 196 aa  47.4  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.834085 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0740  TetR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 205 aa  47.4  0.0002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.891023  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4824  TetR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 228 aa  47  0.0002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5551  TetR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 203 aa  47.4  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.1306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4463  transcriptional regulator, TetR family  35.81 
 
 		 198 aa  47.4  0.0002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0871  TetR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 202 aa  47.4  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3151  TetR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 202 aa  47.4  0.0002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0143  TetR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 266 aa  47  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.170765  normal  0.0134311 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3598  TetR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 227 aa  46.6  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.646734  normal  0.699465 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4369  TetR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 204 aa  46.6  0.0003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.645452 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3851  TetR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 210 aa  46.6  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.197556  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1443  transcriptional regulator, TetR family  36.25 
 
 		 204 aa  46.6  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.79888  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1890  transcriptional regulator, TetR family  32.93 
 
 		 253 aa  46.6  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00021201 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3252  TetR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 200 aa  46.6  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0013  TetR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 424 aa  46.6  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0542947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3170  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 202 aa  46.6  0.0003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.148676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5318  transcriptional regulator, TetR family  40.3 
 
 		 197 aa  46.6  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2878  TetR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 202 aa  46.2  0.0004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0886  TetR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 231 aa  46.2  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05640  transcriptional regulator  39.68 
 
 		 223 aa  46.2  0.0004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.950785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1479  transcriptional regulator, TetR family  31.13 
 
 		 190 aa  45.8  0.0004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.210194  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1076  TetR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 196 aa  46.2  0.0004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.581791 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3704  TetR family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 202 aa  46.2  0.0004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14700  transcriptional regulator, TetR family  24.36 
 
 		 207 aa  46.2  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.73009e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1613  TetR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 189 aa  45.8  0.0005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.066311 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2460  transcriptional regulator TetR family  33.33 
 
 		 231 aa  45.8  0.0005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.337543  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0259  transcriptional regulator, TetR family  48.08 
 
 		 195 aa  45.4  0.0006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3492  transcriptional regulator, TetR family  37.78 
 
 		 231 aa  45.4  0.0006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.781193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7768  putative transcriptional regulator, TetR family  32.5 
 
 		 194 aa  45.4  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2194  regulatory protein, TetR  36.21 
 
 		 218 aa  45.4  0.0006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0460  transcriptional regulator, TetR family  35.51 
 
 		 236 aa  45.4  0.0006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.466873  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5720  TetR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 291 aa  45.4  0.0006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.649137  normal  0.760569 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3500  transcriptional regulator, TetR family  45.1 
 
 		 209 aa  45.4  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00016281 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1828  regulatory protein TetR  37.7 
 
 		 207 aa  45.1  0.0007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.790266  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4897  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 231 aa  45.4  0.0007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.043246  normal  0.757086 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0043  regulatory protein, TetR  37.04 
 
 		 211 aa  45.1  0.0007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2637  putative transcriptional regulator, TetR family  36.67 
 
 		 220 aa  45.1  0.0008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000568428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5162  TetR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 224 aa  45.1  0.0009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.122941 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27500  transcriptional regulator  42.31 
 
 		 214 aa  45.1  0.0009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0064  transcriptional regulator, TetR family  40.58 
 
 		 242 aa  45.1  0.0009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.261244 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2646  transcriptional regulator, TetR family  40 
 
 		 236 aa  44.3  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2338  transcriptional regulator, TetR family  35.48 
 
 		 213 aa  45.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.857275  normal  0.161469 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1867  transcriptional regulator, TetR family  37.7 
 
 		 201 aa  44.3  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.129849  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25080  Transcriptional regulator, TetR family  31.82 
 
 		 191 aa  45.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1261  TetR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 214 aa  44.7  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.100849  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1459  transcriptional regulator, TetR family  36.51 
 
 		 187 aa  44.3  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4378  transcriptional regulator, TetR family  38.33 
 
 		 200 aa  44.7  0.001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.136582 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4672  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 224 aa  44.3  0.001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.959951  normal  0.170381 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1756  transcriptional regulator, TetR family  33.78 
 
 		 205 aa  44.7  0.001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000229906 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2116  transcriptional regulator, TetR family  39.47 
 
 		 192 aa  44.7  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2695  transcriptional regulator, TetR family  38.16 
 
 		 226 aa  44.7  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2539  TetR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 223 aa  44.7  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.480569  hitchhiker  0.0000324052 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0669  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 240 aa  45.1  0.001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.922821  hitchhiker  0.000725922 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0067  TetR family transcriptional regulator  19.78 
 
 		 212 aa  43.5  0.002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000826521  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2830  transcriptional regulator, TetR family  37.84 
 
 		 208 aa  43.5  0.002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.514088 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28930  transcriptional regulator  37.7 
 
 		 205 aa  43.5  0.002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.218384 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3503  TetR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 200 aa  43.5  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>