More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Afer_0182 on replicon NC_013124
Organism: Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013124  Afer_0182  diguanylate cyclase  100 
 
 		 323 aa  626  1e-178  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.467947  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1324  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  43.6 
 
 		 437 aa  109  6e-23  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.799769  normal  0.369504 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1365  diguanylate cyclase  35.95 
 
 		 292 aa  97.4  3e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1646  GGDEF family protein  35.67 
 
 		 296 aa  95.9  8e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2370  diguanylate cyclase  36.45 
 
 		 336 aa  95.9  8e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.191447  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2624  diguanylate cyclase  30.24 
 
 		 296 aa  95.9  9e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00868311 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2691  diguanylate cyclase  30.24 
 
 		 296 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000361168 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1158  GGDEF family protein  40.26 
 
 		 303 aa  94.7  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0259  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 339 aa  94  3e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3862  diguanylate cyclase  39.81 
 
 		 318 aa  94.4  3e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.561764  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1292  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 293 aa  94.4  3e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2798  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 296 aa  93.6  5e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.400651 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3144  diguanylate cyclase  38.79 
 
 		 293 aa  92.8  7e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0138682 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2868  diguanylate cyclase  29.09 
 
 		 293 aa  92.4  9e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.901439  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3264  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 293 aa  92  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.399065 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 340 aa  91.7  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2885  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 296 aa  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101841  normal  0.0224227 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1467  diguanylate cyclase  35.03 
 
 		 296 aa  91.7  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2618  diguanylate cyclase  37.74 
 
 		 295 aa  90.9  3e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3046  diguanylate cyclase  40.37 
 
 		 562 aa  90.5  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.641394  normal  0.406701 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0719  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 307 aa  90.9  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1410  diguanylate cyclase  25.68 
 
 		 497 aa  90.5  4e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1498  diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 296 aa  90.1  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1462  diguanylate cyclase  34.39 
 
 		 296 aa  90.1  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1382  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  40.22 
 
 		 868 aa  89.7  6e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0126588  normal  0.259783 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2615  GGDEF domain-containing protein  34.34 
 
 		 294 aa  89.7  7e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3752  diguanylate cyclase  42.31 
 
 		 436 aa  89.4  8e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1868  diguanylate cyclase  42.33 
 
 		 301 aa  89  1e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3853  diguanylate cyclase  33.48 
 
 		 482 aa  88.6  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0518051 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3864  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 448 aa  88.2  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.315138  normal  0.244588 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3978  diguanylate cyclase  38.71 
 
 		 448 aa  88.2  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3227  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 359 aa  87.8  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.709302  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3308  diguanylate cyclase  36.07 
 
 		 476 aa  87  4e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1663  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 491 aa  87  4e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2326  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.35 
 
 		 536 aa  87  4e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 405 aa  86.7  5e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4673  hypothetical protein  37.63 
 
 		 651 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0787  GGDEF  38.89 
 
 		 585 aa  86.3  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109099  hitchhiker  0.00379197 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1707  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  33.8 
 
 		 1057 aa  86.3  7e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5012  diguanylate cyclase  38.07 
 
 		 493 aa  85.9  8e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4490  diguanylate cyclase  35.68 
 
 		 305 aa  85.9  9e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.404195  normal  0.94079 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1189  diguanylate cyclase  32.7 
 
 		 357 aa  85.9  9e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0106637  normal  0.54324 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1176  hypothetical protein  34.94 
 
 		 768 aa  85.1  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  35.27 
 
 		 565 aa  85.9  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 513 aa  85.1  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.59 
 
 		 557 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.82 
 
 		 689 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3227  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.53 
 
 		 825 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0636  diguanylate cyclase  29.67 
 
 		 341 aa  84.3  0.000000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1170  hypothetical protein  34.94 
 
 		 768 aa  85.1  0.000000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1158  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 507 aa  84.3  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0570084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3646  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 357 aa  84.7  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2507  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.65 
 
 		 359 aa  84.3  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.454902  normal  0.027524 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  36.81 
 
 		 748 aa  85.1  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2884  diguanylate cyclase  39.49 
 
 		 316 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000365079 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2188  diguanylate cyclase  28.28 
 
 		 362 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2703  diguanylate cyclase  33.74 
 
 		 339 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.863974  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0298  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.24 
 
 		 709 aa  84.7  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.38 
 
 		 686 aa  84.7  0.000000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4178  response regulator receiver protein  36.11 
 
 		 1477 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.450705 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0034  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.16 
 
 		 728 aa  84.3  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44470  transmembrane sensor cyclic di-GMP signal transduction protein  37.28 
 
 		 513 aa  84  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1694  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 431 aa  84  0.000000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1665  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 530 aa  84  0.000000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.772741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0377  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.64 
 
 		 1021 aa  83.6  0.000000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.540198 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2465  diguanylate cyclase  38.04 
 
 		 427 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1078  diguanylate cyclase  34.91 
 
 		 507 aa  83.6  0.000000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329883  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0492  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 351 aa  83.2  0.000000000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.874932  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3412  diguanylate cyclase  31.25 
 
 		 346 aa  83.2  0.000000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1779  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 215 aa  83.2  0.000000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000143574  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4960  GGDEF  35.26 
 
 		 413 aa  83.2  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.806512  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  33.11 
 
 		 369 aa  83.2  0.000000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 614 aa  83.2  0.000000000000006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1155  diguanylate cyclase  32.7 
 
 		 357 aa  82.8  0.000000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.149088  normal  0.131446 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0211  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.14 
 
 		 638 aa  82.8  0.000000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4260  diguanylate cyclase  33.5 
 
 		 360 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000860912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.55 
 
 		 855 aa  82.8  0.000000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2071  hypothetical protein  35 
 
 		 512 aa  82.4  0.000000000000009  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2061  hypothetical protein  35 
 
 		 512 aa  82.4  0.000000000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1657  diguanylate cyclase  40.82 
 
 		 530 aa  82.4  0.000000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.22349 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2517  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 301 aa  82  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.251685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2370  diguanylate cyclase  28.64 
 
 		 554 aa  82.4  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0564  diguanylate cyclase with GAF sensor  33.04 
 
 		 342 aa  82.4  0.00000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.97 
 
 		 571 aa  82  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5028  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.21 
 
 		 637 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00518109  normal  0.939284 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  31.32 
 
 		 415 aa  81.6  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1616  GGDEF domain protein  30.19 
 
 		 358 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.515769  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1481  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.58 
 
 		 949 aa  81.3  0.00000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2451  putative diguanylate cyclase  35.05 
 
 		 651 aa  81.6  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.20107  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0406  periplasmic sensor diguanylate cyclase (GGDEF)  35.22 
 
 		 347 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0697  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 264 aa  80.9  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.184616  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4025  diguanylate cyclase  34.97 
 
 		 516 aa  81.3  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000068225 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  32.37 
 
 		 381 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3648  formamidopyrimidine-DNA glycolase  32.93 
 
 		 435 aa  81.6  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2207  diguanylate cyclase  27.2 
 
 		 735 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1928  diguanylate cyclase  29.63 
 
 		 365 aa  81.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.851461 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1647  diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53310  hypothetical protein  34.97 
 
 		 681 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.615657 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1227  diguanylate cyclase  35.33 
 
 		 554 aa  80.9  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.594022  normal  0.072002 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28640  cyclic di-GMP signal transduction protein  34.3 
 
 		 834 aa  80.5  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>