More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_05141 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_05141  hypothetical protein  100 
 
 		 688 aa  1440    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001266  GGDEF family protein  88.71 
 
 		 678 aa  1258    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1112  GGDEF family protein  62.83 
 
 		 710 aa  897    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.806835  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0414  diguanylate cyclase  38.97 
 
 		 346 aa  137  7.000000000000001e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 340 aa  137  8e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  40.82 
 
 		 340 aa  137  8e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 340 aa  137  9e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4407  GGDEF family protein  39.49 
 
 		 344 aa  136  9.999999999999999e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0308  diguanylate cyclase  40.31 
 
 		 340 aa  135  3.9999999999999996e-30  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  40 
 
 		 538 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 422 aa  131  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1813  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 386 aa  124  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730077 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  33.47 
 
 		 347 aa  123  9e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 556 aa  123  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4680  diguanylate cyclase  31.43 
 
 		 405 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.69 
 
 		 341 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3441  hypothetical protein  37.91 
 
 		 401 aa  121  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.87 
 
 		 843 aa  121  3.9999999999999996e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  32.91 
 
 		 335 aa  121  3.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  36.24 
 
 		 636 aa  121  4.9999999999999996e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2473  diguanylate cyclase  36.65 
 
 		 415 aa  120  7.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.172353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2195  diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 415 aa  120  9e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 339 aa  120  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  38.31 
 
 		 546 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  33.05 
 
 		 327 aa  120  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  36 
 
 		 555 aa  119  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.49 
 
 		 359 aa  118  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 434 aa  119  3e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3566  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 561 aa  118  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665818  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4231  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 357 aa  118  3e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113145  normal  0.678212 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3011  serine/threonine protein kinase  37.04 
 
 		 1637 aa  118  3e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.15444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2544  diguanylate cyclase  32.71 
 
 		 398 aa  118  5e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.871243  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0349  diguanylate cyclase  40.83 
 
 		 523 aa  117  6.9999999999999995e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.291431  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1315  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 608 aa  117  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243862  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1647  diguanylate cyclase  31.1 
 
 		 307 aa  116  1.0000000000000001e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  32.11 
 
 		 422 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.77 
 
 		 357 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0200  diguanylate cyclase  40.22 
 
 		 352 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.321217  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1787  hypothetical protein  37.43 
 
 		 381 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40570  putative two-component response regulator  37.36 
 
 		 401 aa  115  3e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  32.77 
 
 		 357 aa  115  3e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  37.69 
 
 		 1079 aa  114  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2295  diguanylate cyclase  34.24 
 
 		 503 aa  114  6e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  34.74 
 
 		 625 aa  114  9e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20820  putative two-component response regulator  36.9 
 
 		 389 aa  114  9e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 591 aa  113  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2842  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.46 
 
 		 661 aa  113  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.947946 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  33.33 
 
 		 1643 aa  113  1.0000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2092  diguanylate cyclase  35.69 
 
 		 342 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0157551  normal  0.671157 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  35.41 
 
 		 638 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2370  diguanylate cyclase  35.69 
 
 		 342 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.257282  normal  0.644967 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2253  diguanylate cyclase  35.69 
 
 		 342 aa  112  3e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0242555  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4207  GGDEF domain-containing protein  34.27 
 
 		 625 aa  111  3e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.93 
 
 		 355 aa  112  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  31.4 
 
 		 487 aa  112  3e-23  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2158  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 417 aa  111  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3144  normal  0.735889 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2104  diguanylate cyclase  35.69 
 
 		 342 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4588  diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 613 aa  111  4.0000000000000004e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0646445  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3007  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 579 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2291  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.97 
 
 		 338 aa  111  4.0000000000000004e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  38.41 
 
 		 709 aa  111  5e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.71 
 
 		 317 aa  111  5e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 584 aa  111  5e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0019  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.05 
 
 		 668 aa  111  5e-23  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 625 aa  111  5e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  34.27 
 
 		 625 aa  111  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4848  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.17 
 
 		 665 aa  110  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.162589 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2951  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.85 
 
 		 306 aa  111  6e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  38.41 
 
 		 609 aa  111  6e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4825  diguanylate cyclase  30.73 
 
 		 435 aa  110  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.741722  normal  0.390136 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 579 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3244  diguanylate cyclase  36.18 
 
 		 454 aa  110  7.000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 354 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0021  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.05 
 
 		 668 aa  110  7.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4311  diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 354 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.750548  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3470  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.34 
 
 		 353 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.843913  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  36.51 
 
 		 579 aa  110  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6350  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.15 
 
 		 665 aa  109  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.42 
 
 		 686 aa  110  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1332  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.2 
 
 		 306 aa  110  1e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 583 aa  110  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1744  metal-binding diguanylate cyclase domain-containing protein  31.1 
 
 		 368 aa  109  2e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  34.86 
 
 		 528 aa  109  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.05 
 
 		 345 aa  109  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0204  diguanylate cyclase  32.73 
 
 		 453 aa  109  2e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.209858  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  33.17 
 
 		 1034 aa  108  3e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0411  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 628 aa  108  3e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0817  diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 1826 aa  108  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  31.3 
 
 		 641 aa  108  3e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  33.02 
 
 		 624 aa  108  4e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0841  GGDEF family protein  37.37 
 
 		 372 aa  108  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000214515  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0423  diguanylate cyclase  33.94 
 
 		 621 aa  108  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000679734 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3903  periplasmic/7TM domain sensor diguanylate cyclase  34.1 
 
 		 628 aa  108  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0350  diguanylate cyclase  30.2 
 
 		 605 aa  108  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1738  diguanylate cyclase  34.95 
 
 		 462 aa  107  5e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1290  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 491 aa  107  6e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2150  diguanylate cyclase  25.87 
 
 		 330 aa  107  6e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1099  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.77 
 
 		 334 aa  107  6e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2376  GGDEF family protein  35.64 
 
 		 581 aa  107  6e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.603107  normal  0.125549 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  34.67 
 
 		 1099 aa  107  7e-22  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>