More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3724 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3501  diguanylate cyclase  65.4 
 
 		 526 aa  719    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.493056  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3724  diguanylate cyclase  100 
 
 		 526 aa  1080    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.892379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2953  diguanylate cyclase  53.99 
 
 		 526 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.216564  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2608  GGDEF domain-containing protein  49.04 
 
 		 524 aa  531  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0201696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3981  diguanylate cyclase  33.79 
 
 		 520 aa  309  8e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1662  GGDEF domain-containing protein  28.74 
 
 		 533 aa  194  3e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1874  GGDEF family protein  28.62 
 
 		 505 aa  179  8e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2912  diguanylate cyclase  26.05 
 
 		 540 aa  171  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  23.91 
 
 		 542 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.54 
 
 		 843 aa  131  3e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.44 
 
 		 308 aa  131  3e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 347 aa  124  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  37.69 
 
 		 488 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  33.07 
 
 		 556 aa  119  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  33.63 
 
 		 347 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0572  GGDEF domain-containing protein  26.88 
 
 		 777 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3973  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 362 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.415221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  33.19 
 
 		 327 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  36.81 
 
 		 312 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3647  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 359 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.745021  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3441  hypothetical protein  33.49 
 
 		 401 aa  114  3e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1516  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.13 
 
 		 352 aa  115  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0065858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3566  diguanylate cyclase  31.88 
 
 		 561 aa  114  5e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665818  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2600  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  37.21 
 
 		 977 aa  114  5e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  33.51 
 
 		 512 aa  113  8.000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  38.46 
 
 		 310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 538 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02019  Putative signal protein with GGDEF domain  35.56 
 
 		 494 aa  112  2.0000000000000002e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  35.47 
 
 		 349 aa  112  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2018  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.72 
 
 		 355 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.414914  normal  0.602726 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3967  putative response regulator of a two-component system  32.46 
 
 		 335 aa  112  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000645274  normal  0.0110626 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3024  diguanylate cyclase  39.66 
 
 		 260 aa  111  3e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.104216  normal  0.207783 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0221  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.85 
 
 		 786 aa  111  3e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2194  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.12 
 
 		 636 aa  111  3e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2383  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.76 
 
 		 434 aa  111  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00665942 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 301 aa  111  3e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5389  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.53 
 
 		 372 aa  111  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 315 aa  111  3e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4535  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.78 
 
 		 345 aa  111  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0387275  normal  0.636684 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1507  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.22 
 
 		 308 aa  110  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.914031 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  36.99 
 
 		 987 aa  110  6e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 553 aa  110  6e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40570  putative two-component response regulator  31.73 
 
 		 401 aa  110  6e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.916032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  33.7 
 
 		 320 aa  110  7.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3956  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 357 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.892783  normal  0.485051 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.8 
 
 		 337 aa  110  8.000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1499  response regulator/GGDEF domain protein  35.09 
 
 		 334 aa  109  1e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  35.09 
 
 		 334 aa  109  1e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 338 aa  109  1e-22  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2249  response regulator/GGDEF domain-containing protein  33.33 
 
 		 400 aa  109  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3048  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.62 
 
 		 683 aa  109  1e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 498 aa  109  1e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4297  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 522 aa  109  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491288  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  33.99 
 
 		 505 aa  109  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  34 
 
 		 339 aa  109  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  37.56 
 
 		 649 aa  109  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3449  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 357 aa  109  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.103484 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  33.99 
 
 		 505 aa  109  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0828  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.7 
 
 		 324 aa  108  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 516 aa  108  2e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1927  diguanylate cyclase  37.37 
 
 		 253 aa  108  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.949533 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0052  response regulator protein  35.29 
 
 		 299 aa  109  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.189873  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 310 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2721  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.96 
 
 		 686 aa  109  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.53529  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4680  diguanylate cyclase  37.7 
 
 		 405 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  37.93 
 
 		 1643 aa  108  3e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5084  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 503 aa  108  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.494089  normal  0.0445442 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0133  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.51 
 
 		 461 aa  108  3e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0638  diguanylate cyclase  31.13 
 
 		 569 aa  108  3e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1198  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 394 aa  108  3e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000754903  normal  0.715416 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0694  diguanylate cyclase  31.71 
 
 		 536 aa  108  3e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.61 
 
 		 660 aa  108  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 310 aa  107  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4395  diguanylate cyclase  38.15 
 
 		 498 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.61 
 
 		 660 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2158  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 417 aa  107  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.3144  normal  0.735889 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4124  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.68 
 
 		 334 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.113929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  38.41 
 
 		 304 aa  107  4e-22  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 345 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2699  diguanylate cyclase  31.06 
 
 		 251 aa  107  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0847  two component diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 327 aa  107  5e-22  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3673  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  32.24 
 
 		 1262 aa  107  5e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 307 aa  107  5e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  36.96 
 
 		 641 aa  107  5e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3988  two component response regulator  32.16 
 
 		 296 aa  107  5e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3022  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 579 aa  107  6e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.238574  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  35.33 
 
 		 507 aa  107  6e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3165  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 579 aa  107  6e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.624427  hitchhiker  0.00241131 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1561  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.77 
 
 		 455 aa  107  7e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734361  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  34.83 
 
 		 527 aa  107  8e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2178  diguanylate cyclase  35.57 
 
 		 406 aa  107  8e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.988519 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5323  diguanylate cyclase  35.38 
 
 		 422 aa  106  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.666672  normal  0.745062 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  33.82 
 
 		 415 aa  106  9e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 310 aa  106  9e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1356  diguanylate cyclase  31.58 
 
 		 584 aa  106  9e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.786537  unclonable  0.00000000000388708 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1305  diguanylate cyclase  36.56 
 
 		 256 aa  106  9e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 520 aa  106  9e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4055  diguanylate cyclase  34.86 
 
 		 354 aa  106  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.33875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  31.66 
 
 		 480 aa  106  1e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1270  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>