290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_2704 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013595  Sros_6992  Choline dehydrogenase and related flavoprotein- like protein  81.83 
 
 		 551 aa  925    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175561  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0546  glucose-methanol-choline oxidoreductase  79.25 
 
 		 535 aa  876    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457672  hitchhiker  0.00344637 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2704  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 550 aa  1114    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.051308  normal  0.893433 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  75.14 
 
 		 552 aa  856    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.18 
 
 		 786 aa  144  3e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521503  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05823  hypothetical protein  26.4 
 
 		 1150 aa  137  4e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.483181 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3191  cholesterol oxidase  27.41 
 
 		 533 aa  136  9e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000455037 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1255  FAD dependent oxidoreductase  27.36 
 
 		 889 aa  133  6.999999999999999e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5219  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.96 
 
 		 1150 aa  127  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000490282  unclonable  0.0000721023 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5037  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.64 
 
 		 572 aa  122  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13500  choline dehydrogenase-like flavoprotein  27.59 
 
 		 569 aa  120  9e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0464  FAD dependent oxidoreductase  28.7 
 
 		 657 aa  117  5e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.558205  normal  0.214983 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0994  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.69 
 
 		 505 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0279763  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5113  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.32 
 
 		 1132 aa  107  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.302627  hitchhiker  0.00736765 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2097  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.57 
 
 		 470 aa  107  6e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00213522  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.64 
 
 		 556 aa  105  3e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4350  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.16 
 
 		 526 aa  102  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4475  GMC oxidoreductase  24.25 
 
 		 554 aa  101  3e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00299763 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4446  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.61 
 
 		 583 aa  99  2e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4224  FAD dependent oxidoreductase  27.57 
 
 		 564 aa  99  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.174352 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2332  putative cholesterol oxidase  27.02 
 
 		 622 aa  93.6  8e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0121  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.4 
 
 		 623 aa  93.6  8e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.412208  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0343  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.29 
 
 		 532 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3081  FAD dependent oxidoreductase  27.72 
 
 		 547 aa  92.8  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.590232  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1197  FAD dependent oxidoreductase  26.5 
 
 		 591 aa  91.7  3e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.030101 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.05 
 
 		 532 aa  91.7  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1170  FAD dependent oxidoreductase  26.5 
 
 		 591 aa  91.7  3e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1187  FAD dependent oxidoreductase  26.5 
 
 		 591 aa  91.7  3e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5172  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.36 
 
 		 532 aa  90.9  5e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.49 
 
 		 1152 aa  89.4  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000971365  normal  0.0494922 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3180  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.11 
 
 		 543 aa  89.7  1e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.550088  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2922  FAD dependent oxidoreductase  29.78 
 
 		 577 aa  89.4  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000517221  hitchhiker  0.0000805295 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4522  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23 
 
 		 520 aa  89.4  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464516  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2658  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.82 
 
 		 553 aa  89  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3076  FAD dependent oxidoreductase  27 
 
 		 540 aa  88.6  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00183108  normal  0.66494 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.59 
 
 		 570 aa  89.4  2e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3274  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.62 
 
 		 543 aa  88.2  4e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0584608  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4906  FAD dependent oxidoreductase  25.75 
 
 		 578 aa  87.4  6e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.238026  normal  0.475167 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.25 
 
 		 561 aa  87  8e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1064  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.91 
 
 		 525 aa  86.7  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.113781 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.6 
 
 		 553 aa  84  0.000000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5122  GMC family oxidoreductase  26.34 
 
 		 532 aa  83.2  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0908  FAD dependent oxidoreductase  26.59 
 
 		 577 aa  83.2  0.00000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.294321  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0318  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.32 
 
 		 537 aa  82.8  0.00000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1923  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.97 
 
 		 550 aa  83.2  0.00000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.63 
 
 		 527 aa  82  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6967  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.99 
 
 		 534 aa  82  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3577  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.04 
 
 		 506 aa  81.6  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0954252  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2022  putative cholesterol oxidase  25.65 
 
 		 552 aa  80.9  0.00000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3184  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.94 
 
 		 530 aa  81.3  0.00000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.275768  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.87 
 
 		 566 aa  80.9  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.89 
 
 		 526 aa  80.9  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2312  GMC oxidoreductase  25.65 
 
 		 632 aa  80.9  0.00000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.943263  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1332  putative cholesterol oxidase  25.65 
 
 		 632 aa  80.9  0.00000000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1045  GMC oxidoreductase  25.65 
 
 		 653 aa  80.5  0.00000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.640476  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0882  GMC family oxidoreductase  22.05 
 
 		 533 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3166  putative dehydrogenase transmembrane protein  26 
 
 		 506 aa  79.7  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.689634  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0880  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.69 
 
 		 531 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4222  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.21 
 
 		 541 aa  79.7  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.689308 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1520  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.94 
 
 		 534 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6309  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.94 
 
 		 534 aa  79.7  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.448971  normal  0.597714 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3075  GMC oxidoreductase  25.65 
 
 		 632 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3746  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.3 
 
 		 557 aa  79  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  23.58 
 
 		 528 aa  79  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0857  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.51 
 
 		 531 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1417  GMC oxidoreductase family protein  25.65 
 
 		 632 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1077  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.99 
 
 		 504 aa  79.3  0.0000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.785546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3482  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.69 
 
 		 531 aa  79  0.0000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3202  GMC oxidoreductase  25.65 
 
 		 632 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0350  GMC family oxidoreductase  23.01 
 
 		 539 aa  78.2  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2309  iron-sulfur cluster-binding domain-containing protein  25.98 
 
 		 696 aa  77.8  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0892  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.51 
 
 		 531 aa  77.4  0.0000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  30.67 
 
 		 515 aa  77.4  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.32 
 
 		 582 aa  77  0.0000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.38855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5724  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.32 
 
 		 573 aa  77  0.0000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.526246 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.61 
 
 		 533 aa  76.6  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2199  FAD dependent oxidoreductase  25.81 
 
 		 567 aa  76.3  0.000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0548  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.36 
 
 		 539 aa  75.5  0.000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3284  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.37 
 
 		 533 aa  76.3  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1204  FAD dependent oxidoreductase  27.75 
 
 		 581 aa  75.9  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0651029  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2998  GMC family oxidoreductase  22.41 
 
 		 563 aa  75.1  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0434  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.68 
 
 		 541 aa  74.7  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3396  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.37 
 
 		 533 aa  74.3  0.000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.11 
 
 		 570 aa  74.3  0.000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4248  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.76 
 
 		 586 aa  73.9  0.000000000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  24.28 
 
 		 522 aa  73.9  0.000000000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3645  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.83 
 
 		 567 aa  73.2  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.948951  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4774  Cholesterol oxidase  28.83 
 
 		 530 aa  72  0.00000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.57937  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.77 
 
 		 573 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0591  glucose-methanol-choline oxidoreductase  21.29 
 
 		 529 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.559544 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2474  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.36 
 
 		 566 aa  72.4  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.826754 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1486  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.05 
 
 		 512 aa  72.4  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0109467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.13 
 
 		 512 aa  72.4  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0139738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3356  cholesterol oxidase  28.06 
 
 		 544 aa  71.6  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1033  putative oxidoreductase chain  22.28 
 
 		 574 aa  72  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0731446  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5416  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.39 
 
 		 565 aa  71.6  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.133389 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6279  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.87 
 
 		 556 aa  71.2  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00998076 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6565  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.06 
 
 		 526 aa  71.2  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.417903  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1514  FAD dependent oxidoreductase  30.08 
 
 		 578 aa  71.2  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.384114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  22.83 
 
 		 561 aa  71.2  0.00000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>