261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_0121 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007333  Tfu_2332  putative cholesterol oxidase  57.96 
 
 		 622 aa  645    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4224  FAD dependent oxidoreductase  64.02 
 
 		 564 aa  637    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.174352 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13443  cholesterol oxidase precursor choD  60.21 
 
 		 578 aa  665    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0394432  normal  0.107199 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0464  FAD dependent oxidoreductase  58.28 
 
 		 657 aa  657    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.558205  normal  0.214983 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4446  glucose-methanol-choline oxidoreductase  73.97 
 
 		 583 aa  820    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1170  FAD dependent oxidoreductase  58.52 
 
 		 591 aa  640    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2922  FAD dependent oxidoreductase  61.13 
 
 		 577 aa  642    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000517221  hitchhiker  0.0000805295 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0121  glucose-methanol-choline oxidoreductase  100 
 
 		 623 aa  1251    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.412208  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4906  FAD dependent oxidoreductase  59.47 
 
 		 578 aa  642    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.238026  normal  0.475167 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1187  FAD dependent oxidoreductase  58.52 
 
 		 591 aa  640    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1514  FAD dependent oxidoreductase  57.96 
 
 		 578 aa  635    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.384114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1197  FAD dependent oxidoreductase  58.52 
 
 		 591 aa  640    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.030101 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3834  FAD dependent oxidoreductase  62.72 
 
 		 563 aa  634  1e-180  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.551048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2199  FAD dependent oxidoreductase  61.11 
 
 		 567 aa  628  1e-178  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04760  choline dehydrogenase-like flavoprotein  60.63 
 
 		 562 aa  619  1e-176  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.633158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4248  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.07 
 
 		 586 aa  618  1e-176  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13500  choline dehydrogenase-like flavoprotein  59.53 
 
 		 569 aa  617  1e-175  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1204  FAD dependent oxidoreductase  59.68 
 
 		 581 aa  610  1e-173  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0651029  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2031  glucose-methanol-choline oxidoreductase  60.34 
 
 		 593 aa  605  9.999999999999999e-173  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.394863  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1176  hypothetical protein  62.59 
 
 		 563 aa  605  9.999999999999999e-173  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.29 
 
 		 570 aa  603  1.0000000000000001e-171  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0908  FAD dependent oxidoreductase  55.89 
 
 		 577 aa  590  1e-167  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.294321  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0628  FAD dependent oxidoreductase  60.61 
 
 		 556 aa  585  1e-166  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3746  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.41 
 
 		 557 aa  583  1.0000000000000001e-165  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.62 
 
 		 582 aa  578  1e-164  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.38855  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1728  FAD dependent oxidoreductase  56.78 
 
 		 587 aa  574  1.0000000000000001e-162  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.916893  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3546  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  61.34 
 
 		 567 aa  573  1.0000000000000001e-162  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0166931 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6532  glucose-methanol-choline oxidoreductase  58.73 
 
 		 562 aa  520  1e-146  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.243842  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  52.13 
 
 		 565 aa  491  1e-137  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4226  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.75 
 
 		 546 aa  459  9.999999999999999e-129  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.130746  normal  0.16895 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3076  FAD dependent oxidoreductase  50.38 
 
 		 540 aa  452  1.0000000000000001e-126  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00183108  normal  0.66494 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0361  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.9 
 
 		 556 aa  450  1e-125  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.252753 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3274  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.83 
 
 		 543 aa  439  9.999999999999999e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0584608  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3180  glucose-methanol-choline oxidoreductase  50.65 
 
 		 543 aa  438  1e-121  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.550088  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3081  FAD dependent oxidoreductase  50.64 
 
 		 547 aa  437  1e-121  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.590232  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2022  putative cholesterol oxidase  45.59 
 
 		 552 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1417  GMC oxidoreductase family protein  44.88 
 
 		 632 aa  432  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1045  GMC oxidoreductase  44.88 
 
 		 653 aa  434  1e-120  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.640476  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1332  putative cholesterol oxidase  44.88 
 
 		 632 aa  434  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3075  GMC oxidoreductase  44.88 
 
 		 632 aa  432  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2312  GMC oxidoreductase  44.88 
 
 		 632 aa  434  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.943263  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3202  GMC oxidoreductase  45.36 
 
 		 632 aa  430  1e-119  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2309  iron-sulfur cluster-binding domain-containing protein  45.74 
 
 		 696 aa  422  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0318  glucose-methanol-choline oxidoreductase  45.64 
 
 		 537 aa  415  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  31.7 
 
 		 786 aa  211  2e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521503  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1255  FAD dependent oxidoreductase  31.58 
 
 		 889 aa  179  1e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5037  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.67 
 
 		 572 aa  177  5e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4475  GMC oxidoreductase  28.52 
 
 		 554 aa  144  6e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00299763 
 
 
-
 
NC_003296  RS05823  hypothetical protein  28.19 
 
 		 1150 aa  139  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.483181 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3191  cholesterol oxidase  33.97 
 
 		 533 aa  122  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000455037 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1816  hypothetical protein  27.78 
 
 		 1152 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.649165 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5113  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.5 
 
 		 1132 aa  117  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.302627  hitchhiker  0.00736765 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.21 
 
 		 1152 aa  114  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000971365  normal  0.0494922 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3356  cholesterol oxidase  28.03 
 
 		 544 aa  109  2e-22  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5219  glucose-methanol-choline oxidoreductase  29.29 
 
 		 1150 aa  104  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000490282  unclonable  0.0000721023 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2097  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.44 
 
 		 470 aa  101  5e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00213522  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.05 
 
 		 527 aa  100  6e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6992  Choline dehydrogenase and related flavoprotein- like protein  26.95 
 
 		 551 aa  98.6  3e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175561  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5961  Cholesterol oxidase  26.56 
 
 		 546 aa  97.8  5e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2425  Cholesterol oxidase  28.57 
 
 		 543 aa  96.3  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.939121  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3683  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.63 
 
 		 556 aa  92.4  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.642564  normal  0.0444916 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2399  Cholesterol oxidase  32.34 
 
 		 513 aa  92.4  2e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.220854  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1914  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.99 
 
 		 553 aa  92  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.33952  normal  0.193822 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0826  cholesterol oxidase  28 
 
 		 502 aa  89.7  1e-16  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.492238  unclonable  0.0000140216 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2398  Cholesterol oxidase  27.57 
 
 		 538 aa  89.4  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0159697  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0546  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.84 
 
 		 535 aa  89.4  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457672  hitchhiker  0.00344637 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.89 
 
 		 552 aa  89  2e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0664  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.05 
 
 		 515 aa  88.2  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.414473  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  24.08 
 
 		 528 aa  87  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4774  Cholesterol oxidase  25.4 
 
 		 530 aa  86.3  0.000000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.57937  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2611  cholesterol oxidase  25.93 
 
 		 543 aa  86.3  0.000000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0069  cholesterol oxidase  23.91 
 
 		 534 aa  85.5  0.000000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30650  choline dehydrogenase-like flavoprotein  28.17 
 
 		 534 aa  84.3  0.000000000000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.104777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  24.06 
 
 		 526 aa  82.8  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3901  cholesterol oxidase  29.27 
 
 		 541 aa  82.8  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0511249 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.33 
 
 		 522 aa  80.1  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.33 
 
 		 522 aa  80.1  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  24.3 
 
 		 528 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.38 
 
 		 562 aa  77.8  0.0000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2722  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.36 
 
 		 528 aa  77  0.0000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.05 
 
 		 533 aa  76.6  0.000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.899046 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2704  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.88 
 
 		 550 aa  74.3  0.000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.051308  normal  0.893433 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7243  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.84 
 
 		 547 aa  73.9  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.146808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0350  GMC family oxidoreductase  24.56 
 
 		 539 aa  73.6  0.00000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1363  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.2 
 
 		 511 aa  72.4  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1871  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.71 
 
 		 545 aa  72.4  0.00000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.176173  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4246  Cholesterol oxidase  28.7 
 
 		 547 aa  72.8  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.191663 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0165  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.62 
 
 		 531 aa  72  0.00000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0788  GMC oxidoreductase  27.31 
 
 		 563 aa  70.9  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.310504  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0945  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  22.49 
 
 		 522 aa  70.5  0.00000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0994  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.33 
 
 		 505 aa  70.5  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0279763  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1288  putative dehydrogenase  26.17 
 
 		 547 aa  69.7  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.478643 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0950  putative glucose dehydrogenase  26.93 
 
 		 563 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.263554  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0776  GMC oxidoreductase  26.93 
 
 		 563 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6104  dehydrogenase  25 
 
 		 521 aa  68.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4710  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.72 
 
 		 526 aa  68.9  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.467902  normal  0.0104534 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4522  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.24 
 
 		 520 aa  68.2  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.464516  normal  0.3464 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0418  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.86 
 
 		 573 aa  66.2  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2587  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.76 
 
 		 658 aa  67  0.000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4480  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.93 
 
 		 527 aa  67  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.36342 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>