145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_4774 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_4774  Cholesterol oxidase  100 
 
 		 530 aa  1077    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.57937  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3356  cholesterol oxidase  47.14 
 
 		 544 aa  436  1e-121  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3901  cholesterol oxidase  44.55 
 
 		 541 aa  415  9.999999999999999e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0511249 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2399  Cholesterol oxidase  36.14 
 
 		 513 aa  269  1e-70  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.220854  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2398  Cholesterol oxidase  35.73 
 
 		 538 aa  251  2e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0159697  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2611  cholesterol oxidase  33.27 
 
 		 543 aa  248  2e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0826  cholesterol oxidase  30.63 
 
 		 502 aa  243  5e-63  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.492238  unclonable  0.0000140216 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0069  cholesterol oxidase  31.78 
 
 		 534 aa  239  1e-61  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5961  Cholesterol oxidase  33.7 
 
 		 546 aa  237  4e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4246  Cholesterol oxidase  32.42 
 
 		 547 aa  228  2e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.191663 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3535  Cholesterol oxidase  33.93 
 
 		 533 aa  225  1e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_30650  choline dehydrogenase-like flavoprotein  33.58 
 
 		 534 aa  219  1e-55  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.104777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2425  Cholesterol oxidase  34.43 
 
 		 543 aa  216  5.9999999999999996e-55  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.939121  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2810  cholesterol oxidase  33.73 
 
 		 543 aa  211  3e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131697 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5219  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.95 
 
 		 1150 aa  123  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000490282  unclonable  0.0000721023 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3274  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.83 
 
 		 543 aa  121  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0584608  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3180  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.96 
 
 		 543 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.550088  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2309  iron-sulfur cluster-binding domain-containing protein  26.74 
 
 		 696 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3191  cholesterol oxidase  31.38 
 
 		 533 aa  118  3e-25  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000455037 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3081  FAD dependent oxidoreductase  26.86 
 
 		 547 aa  116  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.590232  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3076  FAD dependent oxidoreductase  26.59 
 
 		 540 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00183108  normal  0.66494 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1045  GMC oxidoreductase  25.88 
 
 		 653 aa  111  3e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.640476  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1332  putative cholesterol oxidase  25.88 
 
 		 632 aa  111  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2312  GMC oxidoreductase  25.88 
 
 		 632 aa  111  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.943263  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1417  GMC oxidoreductase family protein  26.02 
 
 		 632 aa  110  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3202  GMC oxidoreductase  26.02 
 
 		 632 aa  110  5e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3075  GMC oxidoreductase  26.02 
 
 		 632 aa  110  5e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2022  putative cholesterol oxidase  26.17 
 
 		 552 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3834  FAD dependent oxidoreductase  28.08 
 
 		 563 aa  106  1e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.551048  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05823  hypothetical protein  24.79 
 
 		 1150 aa  104  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.483181 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4475  GMC oxidoreductase  25.5 
 
 		 554 aa  105  3e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00299763 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5037  glucose-methanol-choline oxidoreductase  30.58 
 
 		 572 aa  98.2  3e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.565725 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3364  hypothetical protein  25.99 
 
 		 738 aa  94.4  5e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.451115  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4906  FAD dependent oxidoreductase  28.48 
 
 		 578 aa  93.2  1e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.238026  normal  0.475167 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1514  FAD dependent oxidoreductase  28.1 
 
 		 578 aa  89.7  1e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.384114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1197  FAD dependent oxidoreductase  28.92 
 
 		 591 aa  89  2e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.030101 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1170  FAD dependent oxidoreductase  28.88 
 
 		 591 aa  88.6  3e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1187  FAD dependent oxidoreductase  28.88 
 
 		 591 aa  88.6  3e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3746  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.38 
 
 		 557 aa  87.4  5e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0121  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.4 
 
 		 623 aa  86.3  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.412208  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1996  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.35 
 
 		 786 aa  85.9  0.000000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0521503  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1255  FAD dependent oxidoreductase  27.27 
 
 		 889 aa  85.9  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4224  FAD dependent oxidoreductase  28.62 
 
 		 564 aa  85.5  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.174352 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4847  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.18 
 
 		 1152 aa  84.7  0.000000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000971365  normal  0.0494922 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0361  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.27 
 
 		 556 aa  83.2  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.252753 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13443  cholesterol oxidase precursor choD  27.63 
 
 		 578 aa  82.8  0.00000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0394432  normal  0.107199 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1176  hypothetical protein  26.94 
 
 		 563 aa  82.8  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0318  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.98 
 
 		 537 aa  82  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1816  hypothetical protein  26 
 
 		 1152 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.649165 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13500  choline dehydrogenase-like flavoprotein  25.27 
 
 		 569 aa  82  0.00000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1728  FAD dependent oxidoreductase  25.23 
 
 		 587 aa  81.6  0.00000000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.916893  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2031  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.27 
 
 		 593 aa  81.3  0.00000000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.394863  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0908  FAD dependent oxidoreductase  25.6 
 
 		 577 aa  80.9  0.00000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.294321  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4226  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.83 
 
 		 546 aa  79.3  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.130746  normal  0.16895 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6992  Choline dehydrogenase and related flavoprotein- like protein  27.86 
 
 		 551 aa  77  0.0000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.175561  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0546  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.26 
 
 		 535 aa  76.3  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0457672  hitchhiker  0.00344637 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3632  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.66 
 
 		 570 aa  75.5  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1204  FAD dependent oxidoreductase  26.15 
 
 		 581 aa  75.9  0.000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0651029  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2922  FAD dependent oxidoreductase  27.17 
 
 		 577 aa  74.3  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000517221  hitchhiker  0.0000805295 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1382  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.58 
 
 		 582 aa  74.3  0.000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.38855  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2982  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.74 
 
 		 572 aa  73.9  0.000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6378  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.85 
 
 		 552 aa  73.6  0.000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3546  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  29.06 
 
 		 567 aa  73.6  0.00000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0166931 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0464  FAD dependent oxidoreductase  25.3 
 
 		 657 aa  71.6  0.00000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.558205  normal  0.214983 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4446  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.39 
 
 		 583 aa  68.6  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2332  putative cholesterol oxidase  24.06 
 
 		 622 aa  67.4  0.0000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5113  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.09 
 
 		 1132 aa  67.4  0.0000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.302627  hitchhiker  0.00736765 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4248  glucose-methanol-choline oxidoreductase  27.36 
 
 		 586 aa  66.6  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3613  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.73 
 
 		 565 aa  63.9  0.000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2686  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.8 
 
 		 561 aa  63.5  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.50945  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2930  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.53 
 
 		 527 aa  62.8  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0259797  normal  0.914708 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4678  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.84 
 
 		 545 aa  62.8  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2097  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.95 
 
 		 470 aa  62.4  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  hitchhiker  0.00213522  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2999  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  23.62 
 
 		 561 aa  61.6  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5469  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  25.33 
 
 		 526 aa  60.8  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0088  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  23.85 
 
 		 547 aa  60.5  0.00000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.774612  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00434  oxidoreductase  22.49 
 
 		 561 aa  60.1  0.0000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07121  glucose-methanol-choline (GMC) oxidoreductase:NAD binding site  28.49 
 
 		 547 aa  58.9  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.569172  normal  0.139328 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3542  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.44 
 
 		 563 aa  59.3  0.0000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3931  FAD dependent oxidoreductase  26.81 
 
 		 489 aa  56.6  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1967  hypothetical protein  23.55 
 
 		 558 aa  56.6  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.929106  hitchhiker  0.0000146847 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2534  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.87 
 
 		 522 aa  55.8  0.000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2120  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  26.87 
 
 		 522 aa  55.8  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_05037  conserved hypothetical protein  25.71 
 
 		 1146 aa  55.1  0.000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0214915 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4690  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.42 
 
 		 570 aa  55.5  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.02417 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3053  putative oxidoreductase  26.35 
 
 		 528 aa  54.7  0.000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1737  glucose-methanol-choline oxidoreductase  24.92 
 
 		 573 aa  54.3  0.000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.170374  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1840  GMC oxidoreductase  22.83 
 
 		 534 aa  54.3  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000489986  normal  0.328535 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0628  FAD dependent oxidoreductase  25.48 
 
 		 556 aa  54.3  0.000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1042  glucose-methanol-choline oxidoreductase  25.3 
 
 		 561 aa  54.3  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.535763  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0464  oxidoreductase, putative  24.85 
 
 		 573 aa  53.5  0.000008  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1738  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.89 
 
 		 572 aa  53.5  0.000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0256675  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0439  oxidoreductase, putative  24.92 
 
 		 573 aa  53.9  0.000008  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.483432  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1401  putative 2-keto-gluconate dehydrogenase  24.23 
 
 		 528 aa  53.1  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0383061  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6532  glucose-methanol-choline oxidoreductase  28.29 
 
 		 562 aa  53.1  0.00001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.243842  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3694  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.74 
 
 		 566 aa  52  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.257564  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0454  glucose-methanol-choline oxidoreductase  22.87 
 
 		 570 aa  52  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.219134  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2704  glucose-methanol-choline oxidoreductase  26.62 
 
 		 550 aa  51.6  0.00003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.051308  normal  0.893433 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10500  oxidoreductase  23.58 
 
 		 629 aa  52  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.63635e-27  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1894  glucose-methanol-choline oxidoreductase  23.86 
 
 		 562 aa  51.6  0.00004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.474294  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>