More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3693 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3660  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  74.79 
 
 		 488 aa  743    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3332  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  75.11 
 
 		 486 aa  742    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3993  Fis family transcriptional regulator  84.11 
 
 		 486 aa  806    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000527576  normal  0.307332 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3320  Fis family transcriptional regulator  80.45 
 
 		 484 aa  769    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.296096  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0972  Fis family transcriptional regulator  75.53 
 
 		 488 aa  741    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.699188  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1060  Fis family transcriptional regulator  75.53 
 
 		 486 aa  746    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2932  sigma-54 factor, interaction region  67.08 
 
 		 495 aa  665    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00176909  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0887  Fis family transcriptional regulator  75.53 
 
 		 488 aa  751    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3135  Fis family transcriptional regulator  75.53 
 
 		 488 aa  751    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3906  transcriptional regulator, Fis family protein  71.4 
 
 		 480 aa  708    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3227  Fis family transcriptional regulator  73.97 
 
 		 488 aa  751    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.539563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3693  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 		 486 aa  999    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2834  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  70.19 
 
 		 474 aa  682    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.653087  normal  0.743395 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1027  Fis family transcriptional regulator  75.53 
 
 		 486 aa  747    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0958  Fis family transcriptional regulator  75.32 
 
 		 486 aa  744    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3082  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  74.11 
 
 		 482 aa  719    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0274  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  62.13 
 
 		 474 aa  607  9.999999999999999e-173  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2893  transcriptional regulator, Fis family  49.47 
 
 		 630 aa  478  1e-133  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.359739 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4819  putative PAS/PAC sensor protein  48.63 
 
 		 639 aa  470  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931956 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2997  putative PAS/PAC sensor protein  48.63 
 
 		 629 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.127618 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2770  PAS sensor protein  48.63 
 
 		 629 aa  465  9.999999999999999e-131  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2402  transcriptional regulator, Fis family  49.9 
 
 		 641 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2053  Fis family transcriptional regulator  49.79 
 
 		 664 aa  454  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4540  Fis family transcriptional regulator  47.68 
 
 		 607 aa  451  1e-125  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3238  putative PAS/PAC sensor protein  47.36 
 
 		 624 aa  440  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1076  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  42.21 
 
 		 641 aa  353  2.9999999999999997e-96  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000748726  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2163  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  48.59 
 
 		 575 aa  344  2e-93  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2223  NifA subfamily transcriptional regulator  49.19 
 
 		 556 aa  342  1e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0251727  hitchhiker  0.000170906 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1020  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  50 
 
 		 516 aa  340  2e-92  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2109  Fis family transcriptional regulator  42.44 
 
 		 473 aa  339  8e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2313  Fis family transcriptional regulator  50.29 
 
 		 510 aa  337  3.9999999999999995e-91  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2671  NifA subfamily transcriptional regulator  49.01 
 
 		 726 aa  333  6e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1464  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.7 
 
 		 1139 aa  331  2e-89  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0046229 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2869  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.35 
 
 		 648 aa  329  7e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990966 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4327  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48 
 
 		 875 aa  329  9e-89  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.184763 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0398  Fis family transcriptional regulator  49.71 
 
 		 687 aa  326  6e-88  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1411  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.35 
 
 		 664 aa  325  1e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3359  NifA subfamily transcriptional regulator  50.58 
 
 		 674 aa  325  1e-87  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1092  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  46.43 
 
 		 647 aa  323  5e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4854  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.59 
 
 		 541 aa  319  7.999999999999999e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.246176  normal  0.0147757 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2207  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.22 
 
 		 653 aa  318  1e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000576072 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3169  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.84 
 
 		 687 aa  318  2e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.781229 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3064  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.55 
 
 		 692 aa  316  5e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0761446 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2981  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.55 
 
 		 692 aa  316  6e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3048  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.55 
 
 		 687 aa  316  6e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00396389 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3983  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.13 
 
 		 692 aa  316  7e-85  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.933844  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  48.48 
 
 		 457 aa  315  8e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3012  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.55 
 
 		 692 aa  316  8e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0157191 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3019  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.84 
 
 		 692 aa  315  9e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02581  DNA-binding transcriptional activator  48.84 
 
 		 692 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0958  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  48.84 
 
 		 692 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2868  formate hydrogenlyase transcriptional activator  48.84 
 
 		 692 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02546  hypothetical protein  48.84 
 
 		 692 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0981  NifA subfamily transcriptional regulator  48.84 
 
 		 692 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.427916 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2856  formate hydrogenlyase transcriptional activator  49.13 
 
 		 692 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.573281 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2773  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.14 
 
 		 670 aa  315  9.999999999999999e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.309926  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02383  DNA-binding transcriptional activator, formate sensing  47.14 
 
 		 668 aa  314  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02345  hypothetical protein  47.14 
 
 		 670 aa  314  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3713  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.14 
 
 		 670 aa  314  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.574322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2638  hydrogenase-4 transcriptional regulator  47.14 
 
 		 670 aa  314  1.9999999999999998e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1178  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.14 
 
 		 670 aa  314  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1347  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  46.13 
 
 		 1082 aa  314  2.9999999999999996e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2507  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.82 
 
 		 488 aa  314  2.9999999999999996e-84  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2625  formate hydrogenlyase transcriptional activator  47.14 
 
 		 648 aa  313  3.9999999999999997e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2440  NifA subfamily transcriptional regulator  47.8 
 
 		 688 aa  313  4.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0903  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.09 
 
 		 693 aa  312  7.999999999999999e-84  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.10284 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1185  NifA subfamily transcriptional regulator  46.86 
 
 		 670 aa  311  1e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.132433 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2724  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.08 
 
 		 723 aa  312  1e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00255153  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3204  NifA subfamily transcriptional regulator  48.39 
 
 		 690 aa  311  2e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.64 
 
 		 602 aa  310  4e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0326  NifA subfamily transcriptional regulator  44.44 
 
 		 733 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.399529  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2667  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  43.83 
 
 		 551 aa  308  2.0000000000000002e-82  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3750  Fis family transcriptional regulator  49.51 
 
 		 379 aa  307  3e-82  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634996  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1431  sigma54 specific transcriptional regulator with PAS/PAC sensor, Fis family  45.61 
 
 		 806 aa  306  5.0000000000000004e-82  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.333003  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5460  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  49.84 
 
 		 650 aa  301  1e-80  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.665291  normal  0.225769 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0115  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.76 
 
 		 481 aa  302  1e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1563  Fis family transcriptional regulator  47.01 
 
 		 348 aa  300  3e-80  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.290119  normal  0.356277 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3727  Fis family transcriptional regulator  47.32 
 
 		 342 aa  300  3e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0902  Fis family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 551 aa  300  3e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0336784  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1266  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.72 
 
 		 724 aa  300  5e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4307  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.94 
 
 		 635 aa  300  6e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.056389 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2253  Fis family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 648 aa  299  8e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.358713  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2569  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  47.79 
 
 		 509 aa  296  7e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.393427  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5444  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.52 
 
 		 515 aa  293  6e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  49.19 
 
 		 549 aa  291  1e-77  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1441  putative phytochrome sensor protein  41.03 
 
 		 514 aa  291  1e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0097  Fis family transcriptional regulator  45.38 
 
 		 699 aa  292  1e-77  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1201  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.27 
 
 		 471 aa  291  2e-77  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1739  Sigma 54 interacting domain protein  42.36 
 
 		 479 aa  290  3e-77  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1295  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.41 
 
 		 457 aa  289  6e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.62254e-16 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2510  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.18 
 
 		 472 aa  289  8e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0791346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2930  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.08 
 
 		 457 aa  288  1e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4242  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.99 
 
 		 660 aa  287  2e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1951  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 470 aa  288  2e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.516267  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3010  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.58 
 
 		 601 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0582  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  44.91 
 
 		 517 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3125  putative sigma54 specific transcriptional regulator  46.18 
 
 		 703 aa  286  4e-76  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.189473  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4753  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  43.47 
 
 		 557 aa  286  4e-76  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.050677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3126  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  46.04 
 
 		 684 aa  285  1.0000000000000001e-75  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.94 
 
 		 515 aa  284  2.0000000000000002e-75  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0532507 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>