More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_4448 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013947  Snas_4448  ribonuclease II  100 
 
 		 617 aa  1249    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.345616 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2599  ribonuclease II  31.24 
 
 		 615 aa  202  1.9999999999999998e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4610  ribonuclease II  30.65 
 
 		 635 aa  161  4e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.715919 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  29.26 
 
 		 763 aa  131  3e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  28.49 
 
 		 810 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  28.97 
 
 		 722 aa  129  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3785  ribonuclease R  27.19 
 
 		 748 aa  125  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1485  ribonuclease R, putative  30.37 
 
 		 763 aa  124  4e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.36573  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  27.74 
 
 		 828 aa  124  6e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  29.34 
 
 		 824 aa  124  7e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  28.01 
 
 		 770 aa  123  8e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1386  ribonuclease R  29.47 
 
 		 790 aa  123  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.365928 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  29.92 
 
 		 829 aa  123  9.999999999999999e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  29.33 
 
 		 906 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1294  ribonuclease R  29.47 
 
 		 790 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.501938  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1138  exoribonuclease II  31.49 
 
 		 674 aa  122  1.9999999999999998e-26  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0570115  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  28.38 
 
 		 749 aa  122  1.9999999999999998e-26  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1646  ribonuclease R  30.33 
 
 		 781 aa  122  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.353487 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  28.34 
 
 		 813 aa  121  3e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  28.34 
 
 		 813 aa  121  3e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  28.34 
 
 		 813 aa  121  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0931  ribonuclease R  29.38 
 
 		 789 aa  121  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  28.34 
 
 		 813 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  29.02 
 
 		 813 aa  120  6e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  29.36 
 
 		 808 aa  120  6e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  28.34 
 
 		 813 aa  120  7e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  28.34 
 
 		 813 aa  120  7e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  28.34 
 
 		 813 aa  120  7e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  28.57 
 
 		 804 aa  120  7e-26  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  29.36 
 
 		 808 aa  120  7e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  28.34 
 
 		 813 aa  120  7e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  29.64 
 
 		 819 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0351  ribonuclease R  28.09 
 
 		 803 aa  120  9e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  29.64 
 
 		 808 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  29.64 
 
 		 807 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2438  ribonuclease R  30.59 
 
 		 790 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.404679  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  28.8 
 
 		 907 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  29.36 
 
 		 824 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  29.64 
 
 		 807 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4729  exoribonuclease R  27.71 
 
 		 812 aa  119  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4786  exoribonuclease R  27.71 
 
 		 812 aa  119  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.717168 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2420  ribonuclease R  26.82 
 
 		 770 aa  119  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.173356  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4646  exoribonuclease R  27.71 
 
 		 812 aa  119  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  29.64 
 
 		 807 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  29.64 
 
 		 807 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  29.92 
 
 		 809 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  29.36 
 
 		 807 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0774  ribonuclease R  31.48 
 
 		 886 aa  118  3e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.223929 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0280  exoribonuclease II  27.51 
 
 		 705 aa  118  3e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000108449  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  27.88 
 
 		 877 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  29.07 
 
 		 817 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2101  RNAse R  26.54 
 
 		 771 aa  117  5e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000122542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1232  ribonuclease R  26.91 
 
 		 736 aa  117  5e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  27.39 
 
 		 812 aa  117  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2152  exoribonuclease RNase R  28.38 
 
 		 720 aa  117  6e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  27.39 
 
 		 812 aa  117  6e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  29.09 
 
 		 833 aa  117  7.999999999999999e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  26.91 
 
 		 749 aa  117  7.999999999999999e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2136  ribonuclease R  31.44 
 
 		 714 aa  116  1.0000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.101446  normal  0.136172 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4935  ribonuclease R  27.41 
 
 		 877 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  29.78 
 
 		 758 aa  116  1.0000000000000001e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3536  ribonuclease R  29.97 
 
 		 781 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589347  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2853  ribonuclease R  30.82 
 
 		 754 aa  115  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  29.07 
 
 		 808 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07620  ribonuclease R  26.8 
 
 		 861 aa  115  3e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1713  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  30.81 
 
 		 782 aa  115  3e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.631532  normal  0.56941 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  26.97 
 
 		 876 aa  115  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1126  RNAse R  29.21 
 
 		 752 aa  115  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2787  ribonuclease R  29.21 
 
 		 752 aa  115  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1200  ribonuclease R  31.33 
 
 		 751 aa  115  3e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  27.12 
 
 		 840 aa  115  3e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  27.75 
 
 		 815 aa  115  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0181  ribonuclease R  29.02 
 
 		 766 aa  114  4.0000000000000004e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.129563  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  27.62 
 
 		 857 aa  114  5e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  28.37 
 
 		 842 aa  114  6e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  27.88 
 
 		 859 aa  114  7.000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  27.43 
 
 		 735 aa  114  7.000000000000001e-24  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  28.53 
 
 		 826 aa  113  8.000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1172  ribonuclease R  28.97 
 
 		 777 aa  113  9e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000369652  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  26.11 
 
 		 752 aa  113  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4617  ribonuclease R  30.26 
 
 		 826 aa  113  1.0000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  29.21 
 
 		 819 aa  113  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  28.93 
 
 		 896 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0767  exoribonuclease R  27.07 
 
 		 822 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.630081  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2238  ribonuclease R  29.72 
 
 		 790 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.37194  normal  0.0587886 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  28.93 
 
 		 896 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3034  ribonuclease R  29.69 
 
 		 781 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0258557  normal  0.241672 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1019  ribonuclease R  26.85 
 
 		 694 aa  112  2.0000000000000002e-23  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000144778  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  27.86 
 
 		 819 aa  112  2.0000000000000002e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1353  ribonuclease R  29.49 
 
 		 765 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25106  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  27.37 
 
 		 857 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  28.93 
 
 		 812 aa  111  3e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  28.93 
 
 		 838 aa  112  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  28.93 
 
 		 886 aa  112  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  28.93 
 
 		 838 aa  112  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1386  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  28.35 
 
 		 759 aa  112  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000570433  normal  0.26711 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2418  exoribonuclease R  29.13 
 
 		 783 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0155442  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  28.93 
 
 		 838 aa  112  3e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  27.66 
 
 		 801 aa  111  4.0000000000000004e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0570  ribonuclease R  29.13 
 
 		 783 aa  111  5e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.864395  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>