198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3126 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3126  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 176 aa  355  9.999999999999999e-98  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0151301 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1760  2'-5' RNA ligase  48 
 
 		 174 aa  160  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.907021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2974  putative 2'-5' RNA ligase  45.93 
 
 		 175 aa  140  8e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0703  2'-5' RNA ligase  46.51 
 
 		 173 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3794  phosphoesterase HXTX  44.15 
 
 		 199 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000338063 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3896  2'-5' RNA ligase  39.19 
 
 		 224 aa  136  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0415456  normal  0.638884 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0580  2'-5' RNA ligase  43.96 
 
 		 181 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3871  2'-5' RNA ligase  43.41 
 
 		 181 aa  128  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0606151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3688  2'-5' RNA ligase  42.86 
 
 		 181 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3745  2'-5' RNA ligase  42.31 
 
 		 181 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.877647  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0627  putative 2'-5' RNA ligase  41.18 
 
 		 185 aa  91.7  5e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3410  2'-5' RNA ligase  42.19 
 
 		 190 aa  87.8  6e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816673  normal  0.509514 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3167  2',5' RNA ligase  35.47 
 
 		 212 aa  87  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.592975  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0620  2'-5' RNA ligase  42.71 
 
 		 190 aa  87.4  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.5382  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0619  2'-5' RNA ligase  42.71 
 
 		 190 aa  85.1  4e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000149987  normal  0.458394 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00469  2,5 RNA ligase  35.92 
 
 		 217 aa  82.8  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3273  putative 2'-5' RNA ligase  28.98 
 
 		 206 aa  81.6  0.000000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.543044  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0923  2',5' RNA ligase  33.72 
 
 		 177 aa  80.9  0.000000000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3455  2'-5' RNA ligase  34.86 
 
 		 176 aa  80.5  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00917798  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0150  2'-5' RNA ligase  34.86 
 
 		 176 aa  80.5  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345552  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0158  2'-5' RNA ligase  34.86 
 
 		 176 aa  80.9  0.00000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0758236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0156  2'-5' RNA ligase  35.23 
 
 		 176 aa  80.5  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.177994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0151  2'-5' RNA ligase  34.86 
 
 		 176 aa  80.5  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000646366  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00146  2'-5' RNA ligase  34.86 
 
 		 176 aa  80.1  0.00000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00154345  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0386  2'-5' RNA ligase, putative  37.28 
 
 		 190 aa  79.7  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00145  hypothetical protein  34.86 
 
 		 176 aa  80.1  0.00000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00128631  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1034  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 177 aa  79  0.00000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.427005  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3983  2'-5' RNA ligase  34.09 
 
 		 180 aa  79  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000701591  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0138  2'-5' RNA ligase  34.48 
 
 		 176 aa  78.6  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0169609  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0216  2'-5' RNA ligase  34.48 
 
 		 176 aa  77.4  0.00000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0204  2'-5' RNA ligase  34.48 
 
 		 176 aa  77.4  0.00000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0222  2'-5' RNA ligase  34.48 
 
 		 176 aa  77.4  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.367161  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23030  2-5 RNA ligase protein  33.91 
 
 		 176 aa  77.4  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0220  2'-5' RNA ligase  34.48 
 
 		 176 aa  77.4  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3512  2'-5' RNA ligase  34.29 
 
 		 176 aa  76.6  0.0000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0807667  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2817  2'-5' RNA ligase  34.29 
 
 		 176 aa  76.6  0.0000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.433451  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1002  2'-5' RNA ligase  32.2 
 
 		 191 aa  76.3  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.018778  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3271  2'-5' RNA ligase  32.58 
 
 		 181 aa  76.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3466  2'-5' RNA ligase  32.2 
 
 		 191 aa  75.9  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3336  2'-5' RNA ligase  32.2 
 
 		 191 aa  75.9  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00058753  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0205  2'-5' RNA ligase  33.91 
 
 		 176 aa  75.9  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0487  2'-5' RNA ligase  29.71 
 
 		 176 aa  72.8  0.000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1166  2'-5' RNA ligase  34.29 
 
 		 176 aa  73.6  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.280308  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2424  2'-5' RNA ligase  32 
 
 		 181 aa  72.4  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2125  2',5' RNA ligase  31.03 
 
 		 195 aa  72.4  0.000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0687  2'-5' RNA ligase  32.39 
 
 		 184 aa  72  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00185494  normal  0.60336 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0847  2'-5' RNA ligase  30.36 
 
 		 173 aa  72  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0724174  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2212  2'-5' RNA ligase  30.81 
 
 		 186 aa  71.2  0.000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3112  2'-5' RNA ligase  34.1 
 
 		 176 aa  70.9  0.000000000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.128685  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0528  2',5' RNA ligase  28.96 
 
 		 178 aa  70.1  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2064  2'-5' RNA ligase  31.43 
 
 		 181 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0189  2'-5' RNA ligase  30.81 
 
 		 179 aa  68.2  0.00000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0810981  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3240  2',5' RNA ligase  32.37 
 
 		 174 aa  67.8  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3649  2',5' RNA ligase  30.6 
 
 		 199 aa  67  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  32.84 
 
 		 186 aa  67  0.0000000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0512  2'-5' RNA ligase  31.95 
 
 		 182 aa  65.9  0.0000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.504657 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2116  2',5' RNA ligase  28.81 
 
 		 179 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529013  normal  0.178928 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1922  2'-5' RNA ligase  30.98 
 
 		 177 aa  64.7  0.0000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3075  2'-5' RNA ligase  30.29 
 
 		 181 aa  64.3  0.0000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0533  2',5' RNA ligase  29.51 
 
 		 178 aa  64.3  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.883714  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  30.65 
 
 		 178 aa  64.3  0.0000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  28.8 
 
 		 178 aa  63.2  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02479  3'-5' RNA ligase  27.33 
 
 		 173 aa  62.8  0.000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3349  2'-5' RNA ligase  30.6 
 
 		 199 aa  62.4  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0390  putative 2'-5' RNA ligase  28.8 
 
 		 179 aa  61.2  0.000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.117956  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0832  2'-5' RNA ligase  28.04 
 
 		 177 aa  61.2  0.000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.658836  normal  0.059604 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0959  2'-5' RNA ligase  25.42 
 
 		 187 aa  60.8  0.000000009  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000732376  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2521  2'-5' RNA ligase  27.51 
 
 		 186 aa  60.1  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000915911  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1462  2'-5' RNA ligase  26.59 
 
 		 194 aa  60.5  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.982086  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  28.42 
 
 		 191 aa  60.1  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  28.8 
 
 		 178 aa  60.1  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0937  2'-5' RNA ligase  24.86 
 
 		 187 aa  59.7  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0035  2',5' RNA ligase, putative  31.88 
 
 		 179 aa  58.9  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  28.42 
 
 		 179 aa  58.5  0.00000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  30.65 
 
 		 178 aa  58.5  0.00000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0159  2'-5' RNA ligase  33.14 
 
 		 184 aa  58.5  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3712  2'-5' RNA ligase  28.73 
 
 		 186 aa  58.2  0.00000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1982  2'-5' RNA ligase  26.86 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2732  hypothetical protein  28.73 
 
 		 186 aa  57.8  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6095  2',5' RNA ligase  26.86 
 
 		 207 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0652023  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3219  hypothetical protein  28.73 
 
 		 186 aa  57.8  0.00000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1770  hypothetical protein  28.73 
 
 		 186 aa  57.8  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3686  2'-5' RNA ligase  28.73 
 
 		 186 aa  57.8  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2784  2'-5' RNA ligase  28.73 
 
 		 186 aa  57.8  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0826  2'-5' RNA ligase  28.49 
 
 		 187 aa  57.8  0.00000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2282  2'-5' RNA ligase  27.62 
 
 		 188 aa  57.4  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000216572  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2006  2'-5' RNA ligase  26.4 
 
 		 207 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2912  2'-5' RNA ligase  35.16 
 
 		 179 aa  57  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3743  2'-5' RNA ligase  28.18 
 
 		 186 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2364  hypothetical protein  27.96 
 
 		 207 aa  56.6  0.0000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.156809 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1781  2'-5' RNA ligase  29.29 
 
 		 180 aa  56.6  0.0000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2786  2'-5' RNA ligase  28.33 
 
 		 214 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0283  2',5' RNA ligase  29.35 
 
 		 188 aa  56.6  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0277228 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0326  2'-5' RNA ligase  31.07 
 
 		 182 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  29.73 
 
 		 188 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27110  2'-5' RNA ligase  30.06 
 
 		 182 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  23.12 
 
 		 189 aa  55.5  0.0000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3055  2',5' RNA ligase  30.17 
 
 		 180 aa  55.5  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1790  2'-5' RNA ligase  31.01 
 
 		 182 aa  55.1  0.0000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  28.42 
 
 		 188 aa  54.7  0.0000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>