More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2953 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2953  diguanylate cyclase  100 
 
 		 526 aa  1083    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.216564  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3501  diguanylate cyclase  53.61 
 
 		 526 aa  600  1e-170  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.493056  normal  0.115232 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3724  diguanylate cyclase  53.99 
 
 		 526 aa  578  1.0000000000000001e-163  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.892379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2608  GGDEF domain-containing protein  46.54 
 
 		 524 aa  475  1e-133  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0201696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3981  diguanylate cyclase  32.73 
 
 		 520 aa  312  1e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1662  GGDEF domain-containing protein  28.52 
 
 		 533 aa  213  9e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1874  GGDEF family protein  28.73 
 
 		 505 aa  160  5e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2912  diguanylate cyclase  26.54 
 
 		 540 aa  151  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3141  diguanylate cyclase  28.12 
 
 		 542 aa  151  3e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.673343  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2357  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 252 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  36.59 
 
 		 347 aa  130  8.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2591  GGDEF domain protein  37.93 
 
 		 528 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.200767  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2281  GGDEF  37.36 
 
 		 555 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000303682  normal  0.0271008 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0748  response regulator receiver protein  38.65 
 
 		 312 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00826  putative transmembrane protein  40.32 
 
 		 488 aa  127  5e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.61367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0028  diguanylate cyclase  36.15 
 
 		 527 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.789293 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 310 aa  126  9e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00828  putative transmembrane protein  36.41 
 
 		 512 aa  126  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.33694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3800  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 553 aa  125  1e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3566  diguanylate cyclase  32.79 
 
 		 561 aa  126  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0665818  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2661  diguanylate cyclase  31.87 
 
 		 644 aa  125  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.646845  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1716  diguanylate cyclase  33.59 
 
 		 349 aa  125  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839353 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2495  diguanylate cyclase  40 
 
 		 422 aa  125  3e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4336  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 310 aa  124  4e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4565  diguanylate cyclase  36.15 
 
 		 521 aa  124  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.267028  normal  0.0465187 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5189  diguanylate cyclase  36.15 
 
 		 521 aa  124  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16500  two-component response regulator  36.67 
 
 		 347 aa  124  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.67066  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5670  diguanylate cyclase  36.15 
 
 		 521 aa  124  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0236259 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  32.38 
 
 		 556 aa  124  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.42 
 
 		 310 aa  123  6e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4015  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 315 aa  123  9e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  36.13 
 
 		 987 aa  122  9.999999999999999e-27  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1471  diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 339 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.435801  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1391  diguanylate cyclase  42.6 
 
 		 353 aa  122  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.723857  hitchhiker  0.0000000000000157902 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.36 
 
 		 843 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0610  two component response regulator  41.08 
 
 		 649 aa  121  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4944  diguanylate cyclase  36.23 
 
 		 520 aa  121  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0582678 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1597  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.85 
 
 		 313 aa  120  7e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1436  two-component response regulator  36.61 
 
 		 327 aa  119  9e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.462819  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3991  diguanylate cyclase  32.72 
 
 		 505 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.613369 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4030  diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 498 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2785  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 519 aa  119  9.999999999999999e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4104  diguanylate cyclase  32.72 
 
 		 505 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.340706 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1946  diguanylate cyclase  32.96 
 
 		 368 aa  118  1.9999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0707577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 520 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3032  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 547 aa  119  1.9999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00930  hypothetical protein  40 
 
 		 581 aa  118  3e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3188  diguanylate cyclase  33.65 
 
 		 529 aa  117  3e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.210299 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1949  sensory box/GGDEF family protein  42.33 
 
 		 579 aa  118  3e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.773832  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1221  diguanylate cyclase  38.24 
 
 		 519 aa  117  3e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0799  diguanylate cyclase  40.3 
 
 		 538 aa  118  3e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0186826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3671  putative signaling protein  31.4 
 
 		 480 aa  118  3e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2667  diguanylate cyclase  34.16 
 
 		 522 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.548675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0401  GGDEF domain-containing protein  39.34 
 
 		 507 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3669  diguanylate cyclase  36.16 
 
 		 300 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0119902  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0052  response regulator protein  36.73 
 
 		 299 aa  117  5e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.189873  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1348  diguanylate cyclase  34.57 
 
 		 515 aa  117  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3005  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 303 aa  117  6.9999999999999995e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000288968 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3068  diguanylate cyclase  36.21 
 
 		 516 aa  116  7.999999999999999e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608977 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3172  diguanylate cyclase  38.76 
 
 		 518 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3819  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 660 aa  116  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35 
 
 		 337 aa  116  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2146  cellulose synthesis regulatory protein  39.31 
 
 		 570 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.256949  normal  0.163286 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1253  cellulose synthesis regulatory protein  39.31 
 
 		 570 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.839594 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1132  cellulose synthesis regulatory protein  39.31 
 
 		 570 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000012809  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2204  cellulose synthesis regulatory protein  39.31 
 
 		 570 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.315572  normal  0.912149 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 308 aa  116  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3770  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 660 aa  116  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0998  PleD  41.01 
 
 		 511 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.684124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2150  cellulose synthesis regulatory protein  39.31 
 
 		 570 aa  116  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.297138  normal  0.0131316 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004464  sensory box/GGDEF family protein  39.68 
 
 		 582 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.845527  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1309  GGDEF  38.51 
 
 		 334 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00365402 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1840  putative transmembrane transcriptional sensor regulator  39.08 
 
 		 506 aa  115  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0399375  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2825  GGDEF domain-containing protein  38.8 
 
 		 487 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.819973  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2930  diguanylate cyclase  33.68 
 
 		 515 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.827018  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7079  serine/threonine protein kinase  41.11 
 
 		 1643 aa  114  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0097  GGDEF domain-containing protein  38.8 
 
 		 487 aa  114  5e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1535  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 487 aa  114  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.26 
 
 		 340 aa  114  5e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1077  GGDEF domain-containing protein  38.8 
 
 		 528 aa  114  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.918636  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2678  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 487 aa  114  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0218  diguanylate cyclase  37.8 
 
 		 304 aa  114  5e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1122  GGDEF domain-containing protein  39.31 
 
 		 506 aa  114  5e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.014859  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1257  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 487 aa  114  5e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0115  diguanylate cyclase  38.8 
 
 		 487 aa  114  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.418458  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0984  GGDEF domain-containing protein  38.51 
 
 		 489 aa  113  6e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.184695  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4642  serine/threonine protein kinase  37.95 
 
 		 1629 aa  114  6e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  36.32 
 
 		 320 aa  114  6e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0315  GGDEF domain-containing protein  38.51 
 
 		 484 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.237701  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1511  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 416 aa  113  7.000000000000001e-24  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00199134  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0250  GGDEF domain-containing protein  38.51 
 
 		 489 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.164767  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1755  diguanylate cyclase  38.51 
 
 		 499 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1346  GGDEF domain-containing protein  38.51 
 
 		 499 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0669442  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0390  GGDEF domain-containing protein  38.51 
 
 		 499 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.817676  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0620  diguanylate cyclase  40.94 
 
 		 517 aa  113  9e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089586 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1341  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 319 aa  113  9e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  35.15 
 
 		 323 aa  113  1.0000000000000001e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1622  response regulator receiver protein  36.76 
 
 		 641 aa  113  1.0000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.923164  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3310  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 396 aa  111  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5691  diguanylate cyclase  32.46 
 
 		 512 aa  112  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>