More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3587 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3587  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 319 aa  645    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0575  secretion protein HlyD  68.54 
 
 		 413 aa  437  1e-121  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0555  RND family efflux transporter MFP subunit  63.72 
 
 		 433 aa  430  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3792  efflux transporter, RND family, MFP subunit  63.75 
 
 		 440 aa  425  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4082  RND family efflux transporter MFP subunit  65 
 
 		 455 aa  424  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0540  RND family efflux transporter MFP subunit  64.38 
 
 		 459 aa  427  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.547771  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0477  RND family efflux transporter MFP subunit  63.35 
 
 		 440 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  63.12 
 
 		 423 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3357  RND family efflux transporter MFP subunit  64.67 
 
 		 409 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.748521  hitchhiker  0.00540648 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0517  RND family efflux transporter MFP subunit  63.04 
 
 		 426 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0519  cation efflux protein, putative  62.04 
 
 		 433 aa  413  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3974  RND family efflux transporter MFP subunit  64.06 
 
 		 440 aa  410  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3189  secretion protein HlyD  64.24 
 
 		 401 aa  407  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3514  RND family efflux transporter MFP subunit  60.42 
 
 		 430 aa  408  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0517  RND family efflux transporter MFP subunit  61.06 
 
 		 430 aa  402  1e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3342  RND family efflux transporter MFP subunit  63.49 
 
 		 421 aa  396  1e-109  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02033  Secretion protein HlyD  36.14 
 
 		 435 aa  188  9e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.31595  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1427  secretion protein HlyD  36.16 
 
 		 433 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2868  RND family efflux transporter MFP subunit  33.02 
 
 		 448 aa  171  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4431  RND family efflux transporter MFP subunit  32.22 
 
 		 683 aa  96.3  6e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.746059 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  26.27 
 
 		 407 aa  89.7  6e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  31.14 
 
 		 552 aa  88.2  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  28.09 
 
 		 546 aa  86.7  5e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  27.97 
 
 		 401 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  27.42 
 
 		 504 aa  84.3  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  27.86 
 
 		 397 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  27.27 
 
 		 423 aa  82  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  27.1 
 
 		 422 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  27.94 
 
 		 538 aa  82.4  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  27.08 
 
 		 386 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  28.47 
 
 		 500 aa  81.6  0.00000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4121  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmyB  27.89 
 
 		 384 aa  81.6  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.94 
 
 		 537 aa  80.5  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4295  secretion protein HlyD  29.7 
 
 		 368 aa  80.1  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.369293  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2393  RND family efflux transporter MFP subunit  27.3 
 
 		 525 aa  80.5  0.00000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  26.64 
 
 		 491 aa  80.1  0.00000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2440  secretion protein HlyD  29.03 
 
 		 408 aa  79.7  0.00000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 		 489 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  26.65 
 
 		 489 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1148  RND family efflux transporter MFP subunit  28.47 
 
 		 373 aa  79  0.00000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  25.86 
 
 		 424 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 489 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  26.52 
 
 		 424 aa  78.2  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3072  RND family efflux transporter MFP subunit  27.91 
 
 		 404 aa  78.2  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.569417  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  26.33 
 
 		 491 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4857  cation efflux system protein CusB  27.36 
 
 		 529 aa  77.4  0.0000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  25.62 
 
 		 488 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  26.8 
 
 		 537 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  25.3 
 
 		 410 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  29.3 
 
 		 545 aa  77  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1553  RND family efflux transporter MFP subunit  30.97 
 
 		 715 aa  76.6  0.0000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  25.62 
 
 		 410 aa  76.6  0.0000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1536  secretion protein HlyD  27.7 
 
 		 625 aa  75.9  0.0000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  27.62 
 
 		 537 aa  75.1  0.000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4189  secretion protein HlyD  28.05 
 
 		 432 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.934665 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.15 
 
 		 465 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0142  secretion protein HlyD  29.51 
 
 		 357 aa  74.7  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.133339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1071  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.99 
 
 		 454 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4405  secretion protein HlyD  28.62 
 
 		 550 aa  74.3  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.164815  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.13 
 
 		 427 aa  74.3  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.44 
 
 		 428 aa  73.9  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  25.89 
 
 		 629 aa  73.9  0.000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  26.64 
 
 		 523 aa  73.2  0.000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1763  Membrane Fusion Protein cluster 2 protein  26.73 
 
 		 520 aa  73.2  0.000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.305253 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.73 
 
 		 412 aa  72.8  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5981  cation proton antiporter efflux protein CzcB  26.73 
 
 		 520 aa  73.2  0.000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000176523  normal  0.0829956 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6824  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.62 
 
 		 627 aa  72.4  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  26.15 
 
 		 459 aa  72  0.00000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.205065  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0135  RND family efflux transporter MFP subunit  25.08 
 
 		 455 aa  72  0.00000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.301436  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.2 
 
 		 607 aa  71.6  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.537519  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.15 
 
 		 456 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3561  secretion protein HlyD  25.07 
 
 		 413 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.398677 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2684  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.76 
 
 		 409 aa  71.2  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.605498  normal  0.119543 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  27.68 
 
 		 468 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1389  RND family efflux transporter MFP subunit  29.02 
 
 		 502 aa  70.9  0.00000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545507 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3363  RND family efflux transporter MFP subunit  28.84 
 
 		 483 aa  70.1  0.00000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.640634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  28.31 
 
 		 473 aa  70.5  0.00000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  27.04 
 
 		 466 aa  70.1  0.00000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3050  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.91 
 
 		 406 aa  70.1  0.00000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.132301  normal  0.0180542 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.18 
 
 		 368 aa  69.3  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.334759  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9868  Membrane-fusion protein  26.55 
 
 		 475 aa  69.3  0.00000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  28.31 
 
 		 451 aa  68.6  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  24.85 
 
 		 418 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0277  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.41 
 
 		 627 aa  68.9  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.96943  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2719  heavy metal efflux system protein, putative  27.04 
 
 		 365 aa  68.6  0.0000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0333968  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0474  RND family efflux transporter MFP subunit  27.74 
 
 		 545 aa  68.9  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0677608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0171  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.08 
 
 		 438 aa  68.9  0.0000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.538499  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1529  secretion protein HlyD  27.14 
 
 		 467 aa  68.9  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3973  RND family efflux transporter MFP subunit  27.57 
 
 		 473 aa  68.9  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.181102 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  25.62 
 
 		 472 aa  68.6  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  23.77 
 
 		 398 aa  68.6  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4832  RND family efflux transporter MFP subunit  28.73 
 
 		 472 aa  68.2  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0873289 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  25.95 
 
 		 416 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  25.95 
 
 		 416 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1779  secretion protein HlyD  24 
 
 		 427 aa  67.4  0.0000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0975048  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1081  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.63 
 
 		 468 aa  67.4  0.0000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3556  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.57 
 
 		 433 aa  67.4  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  25.95 
 
 		 416 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.07 
 
 		 460 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  26.25 
 
 		 379 aa  67.4  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>