More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A3066 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A3066  phage integrase  100 
 
 		 341 aa  712    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2882  phage integrase  99.12 
 
 		 341 aa  706    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.948794  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2951  phage integrase  66.47 
 
 		 336 aa  493  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.339524  hitchhiker  3.4545800000000002e-18 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3152  integrase family protein  59.71 
 
 		 352 aa  409  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3514  phage integrase family protein  55.19 
 
 		 336 aa  378  1e-104  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.123025  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00832  hypothetical protein  54.44 
 
 		 338 aa  375  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0428035  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0909  phage integrase family site specific recombinase  54.14 
 
 		 343 aa  375  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.046478  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1340  phage integrase family protein  52.8 
 
 		 339 aa  372  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.755571  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2795  integrase family protein  54.14 
 
 		 350 aa  374  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0861235  normal  0.105042 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1079  integrase  53.78 
 
 		 343 aa  372  1e-102  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3507  phage integrase family protein  52.96 
 
 		 345 aa  368  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000014558 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2649  integrase family protein  55.65 
 
 		 333 aa  360  2e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.413706  hitchhiker  0.000000656425 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2622  integrase family protein  52.82 
 
 		 335 aa  360  3e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.647869  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2307  integrase family protein  52.8 
 
 		 335 aa  355  5.999999999999999e-97  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109793  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00815  integrase for prophage  53.18 
 
 		 314 aa  334  1e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0720843  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1008  phage integrase  49.85 
 
 		 347 aa  317  2e-85  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05002  integrase  46.7 
 
 		 345 aa  301  1e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0882  integrase family protein  49.67 
 
 		 313 aa  292  5e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48880  putative bacteriophage integrase  42.9 
 
 		 338 aa  271  9e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000942528  hitchhiker  0.000000101575 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0900  phage integrase family site specific recombinase  45.45 
 
 		 334 aa  271  1e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.198351  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2932  integrase family protein  41.92 
 
 		 318 aa  266  4e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5040  prophage CP-933T integrase  42.45 
 
 		 371 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.530892  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0716  integrase  41.04 
 
 		 394 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5364  integrase  42.73 
 
 		 332 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.301624  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2110  phage integrase family protein  41.18 
 
 		 335 aa  252  7e-66  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.717737  hitchhiker  0.00928356 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0981  phage integrase family site specific recombinase  39.83 
 
 		 331 aa  249  6e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.896677  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4348  site-specific recombinase, phage integrase family  39.29 
 
 		 326 aa  249  7e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.175546  hitchhiker  0.00000000567763 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0269  integrase family protein  40.18 
 
 		 405 aa  246  4e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3848  integrase family protein  40.53 
 
 		 327 aa  244  9.999999999999999e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250043  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1917  integrase  40.77 
 
 		 375 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4307  phage integrase family site specific recombinase  39.7 
 
 		 326 aa  242  7.999999999999999e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0756066  hitchhiker  0.00146275 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2810  integrase  37.61 
 
 		 336 aa  223  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3066  integrase  37.8 
 
 		 337 aa  219  5e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0315896  hitchhiker  0.000000103666 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53570  putative integrase  44.36 
 
 		 258 aa  200  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000326616  decreased coverage  0.0000890956 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0092  Fels-2 prophage protein  50.87 
 
 		 191 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000678287  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3056  integrase family protein  71.58 
 
 		 164 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0372474 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1314  phage integrase  57.02 
 
 		 121 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0188949  normal  0.27853 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1313  putative integrase  38.92 
 
 		 172 aa  122  7e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0718359  normal  0.288713 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63440  bacteriophage integrase  50.45 
 
 		 126 aa  116  6e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  24.93 
 
 		 337 aa  93.2  6e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  28.01 
 
 		 367 aa  91.7  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  28.51 
 
 		 290 aa  87.4  3e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  30.12 
 
 		 251 aa  85.1  0.000000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  31.67 
 
 		 359 aa  85.5  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  32.57 
 
 		 353 aa  83.6  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0636  phage integrase family site specific recombinase  28.57 
 
 		 308 aa  79.7  0.00000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0631  phage integrase family site specific recombinase  28.57 
 
 		 308 aa  79.7  0.00000000000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.45439  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  32.94 
 
 		 172 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  30.94 
 
 		 308 aa  77  0.0000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  29.3 
 
 		 334 aa  75.9  0.0000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  29.41 
 
 		 295 aa  75.5  0.000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1823  integrase family protein  33.12 
 
 		 253 aa  75.9  0.000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.987007  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2647  phage integrase family protein  28.15 
 
 		 315 aa  75.1  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  30.7 
 
 		 402 aa  75.9  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0083  site-specific tyrosine recombinase XerC  34.48 
 
 		 322 aa  75.9  0.000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1722  hypothetical protein  25.42 
 
 		 339 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.178853  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1522  phage integrase family site specific recombinase  26.82 
 
 		 339 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28710  site-specific recombinase XerD  25.82 
 
 		 370 aa  74.3  0.000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.870092  normal  0.942592 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  26.07 
 
 		 307 aa  73.9  0.000000000004  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2735  tyrosine recombinase XerD  30.09 
 
 		 328 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.206607 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  26.35 
 
 		 337 aa  73.6  0.000000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3598  site-specific tyrosine recombinase XerD  33.75 
 
 		 317 aa  73.2  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  29.91 
 
 		 297 aa  73.2  0.000000000006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  27.6 
 
 		 421 aa  73.2  0.000000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2512  tyrosine recombinase XerD  29.63 
 
 		 328 aa  72.8  0.000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.234856 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  30.28 
 
 		 330 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3891  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.79 
 
 		 317 aa  72.4  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.125291  decreased coverage  0.00274094 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  31.11 
 
 		 275 aa  72  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  28.44 
 
 		 397 aa  72  0.00000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  27.85 
 
 		 302 aa  72.4  0.00000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1780  phage integrase family protein  33.76 
 
 		 256 aa  71.6  0.00000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000232909  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  29.77 
 
 		 302 aa  71.6  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2090  transport protein  31.28 
 
 		 353 aa  71.2  0.00000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0326537  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  32.39 
 
 		 407 aa  71.6  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2544  tyrosine recombinase XerC  29.29 
 
 		 318 aa  71.6  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774585  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0105  hydrogenase expression/formation protein  31.28 
 
 		 354 aa  71.2  0.00000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2692  tyrosine recombinase XerD  30.81 
 
 		 295 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.457784  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  26.3 
 
 		 337 aa  70.9  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0169  phage integrase family protein  28.91 
 
 		 282 aa  70.9  0.00000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0558238  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.61 
 
 		 313 aa  70.9  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2440  tyrosine recombinase XerD  27.96 
 
 		 332 aa  70.9  0.00000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.691328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  27.98 
 
 		 404 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0669  phage integrase family protein  28.63 
 
 		 343 aa  70.5  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  25.19 
 
 		 386 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1991  metallo-beta-lactamase family protein  30.41 
 
 		 353 aa  70.5  0.00000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1134  tyrosine recombinase XerD  30.81 
 
 		 308 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0533377  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0722  phage integrase family protein  28.85 
 
 		 306 aa  70.1  0.00000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0599364 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  29.31 
 
 		 311 aa  70.1  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0116  Phage integrase, N-terminal SAM- like  30.85 
 
 		 309 aa  70.1  0.00000000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  30.17 
 
 		 311 aa  70.1  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7637  integrase family protein  26.24 
 
 		 425 aa  70.1  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1349  integrase family protein  28.98 
 
 		 291 aa  70.1  0.00000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0401  integrase family protein  30.15 
 
 		 304 aa  69.7  0.00000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.966282 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0747  tyrosine recombinase XerD  26.6 
 
 		 303 aa  69.7  0.00000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000635712  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0950  phage integrase family site specific recombinase  30.54 
 
 		 354 aa  69.3  0.0000000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0218535  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1633  Phage integrase  29.08 
 
 		 368 aa  68.6  0.0000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.576304  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1012  phage integrase family site specific recombinase  30.54 
 
 		 354 aa  68.9  0.0000000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000959514  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0843  phage integrase family site specific recombinase  30.17 
 
 		 354 aa  68.9  0.0000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00824905  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0879  phage integrase family site specific recombinase  30.54 
 
 		 354 aa  69.3  0.0000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.159654  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_04371  hypothetical protein  29.92 
 
 		 321 aa  68.6  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>