More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sbal_1467 on replicon NC_009052
Organism: Shewanella baltica OS155



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011663  Sbal223_2885  diguanylate cyclase  99.66 
 
 
296 aa  614  1e-175  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.101841  normal  0.0224227 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1467  diguanylate cyclase  100 
 
 
296 aa  615  1e-175  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1462  diguanylate cyclase  99.32 
 
 
296 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1498  diguanylate cyclase  99.32 
 
 
296 aa  612  9.999999999999999e-175  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1646  GGDEF family protein  84.75 
 
 
296 aa  531  1e-150  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2624  diguanylate cyclase  85.42 
 
 
296 aa  531  1e-150  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00868311 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2691  diguanylate cyclase  85.08 
 
 
296 aa  530  1e-149  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000361168 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2798  diguanylate cyclase  83.73 
 
 
296 aa  524  1e-148  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.400651 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1365  diguanylate cyclase  80 
 
 
292 aa  462  1e-129  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2615  GGDEF domain-containing protein  59.59 
 
 
294 aa  368  1e-101  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1292  diguanylate cyclase  57 
 
 
293 aa  357  9.999999999999999e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1158  GGDEF family protein  56.67 
 
 
303 aa  345  7e-94  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3264  diguanylate cyclase  52.05 
 
 
293 aa  343  2e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.399065 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3144  diguanylate cyclase  56.55 
 
 
293 aa  338  8e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0138682 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2868  diguanylate cyclase  54.48 
 
 
293 aa  335  3.9999999999999995e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.901439  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2618  diguanylate cyclase  53.56 
 
 
295 aa  306  3e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1269  diguanylate cyclase  30.39 
 
 
287 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01390  diguanylate cyclase  31.83 
 
 
299 aa  130  3e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2258  diguanylate cyclase  38.37 
 
 
353 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000122425  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1592  GGDEF domain-containing protein  28.35 
 
 
305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1739  GGDEF domain protein  31.99 
 
 
308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3653  GGDEF  30.91 
 
 
308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.203802  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1678  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.05 
 
 
612 aa  124  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.477246 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0136  diguanylate cyclase  42.17 
 
 
1428 aa  123  4e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0689  putative diguanylate cyclase  29.86 
 
 
306 aa  122  8e-27  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3583  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.07 
 
 
322 aa  120  3e-26  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000864033 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  37.36 
 
 
1515 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  37.97 
 
 
483 aa  119  6e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1723  response regulator receiver domain-containing protein  35 
 
 
325 aa  119  7e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3603  GGDEF domain-containing protein  40.85 
 
 
570 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.71 
 
 
1504 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  42.2 
 
 
498 aa  118  9e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  38.61 
 
 
489 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1760  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.13 
 
 
473 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.554911  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  37.97 
 
 
482 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.71 
 
 
1504 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  40.12 
 
 
523 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.71 
 
 
1505 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  37.97 
 
 
482 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1381  GGDEF domain/HD domain-containing protein  39.39 
 
 
792 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1162  GGDEF domain protein  39.39 
 
 
836 aa  116  3.9999999999999997e-25  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.359678  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.71 
 
 
1511 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4084  diguanylate cyclase  29.89 
 
 
308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.647137 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.78 
 
 
1508 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.78 
 
 
1508 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1775  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.96 
 
 
468 aa  116  5e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.410369  normal  0.0147653 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.78 
 
 
1508 aa  116  5e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  36.78 
 
 
1508 aa  116  6e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.84 
 
 
772 aa  115  7.999999999999999e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  39.39 
 
 
841 aa  115  7.999999999999999e-25  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  38.01 
 
 
308 aa  114  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  38.95 
 
 
624 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2203  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.34 
 
 
554 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0309516  normal  0.310474 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0319  two component diguanylate cyclase  37.29 
 
 
661 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.56 
 
 
1079 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4812  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.53 
 
 
1423 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.330918  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1864  putative diguanylate cyclase  39.05 
 
 
882 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.327534  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1301  diguanylate cyclase  37.65 
 
 
331 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.298458  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1721  diguanylate cyclase  37.22 
 
 
483 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.176219  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.27 
 
 
314 aa  113  3e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4307  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  37.43 
 
 
708 aa  113  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0245048  normal  0.0798721 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44470  transmembrane sensor cyclic di-GMP signal transduction protein  35.85 
 
 
513 aa  113  4.0000000000000004e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72420  GGDEF domain-containing protein  37.72 
 
 
671 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0411466  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1905  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  35.93 
 
 
568 aa  112  5e-24  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00246734  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2937  signal transduction protein  37.31 
 
 
1141 aa  113  5e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000239358  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0529  diguanylate cyclase  38.92 
 
 
614 aa  112  5e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  41.57 
 
 
738 aa  113  5e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  41.29 
 
 
432 aa  112  6e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  39.87 
 
 
432 aa  112  6e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2333  hypothetical protein  36.47 
 
 
565 aa  112  6e-24  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1834  diguanylate cyclase  39.05 
 
 
525 aa  112  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.245567  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3190  diguanylate cyclase  44.3 
 
 
852 aa  112  6e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.43423  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  38.92 
 
 
456 aa  112  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  36.63 
 
 
1502 aa  112  6e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  36.42 
 
 
488 aa  112  6e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.05 
 
 
801 aa  112  7.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3440  diguanylate cyclase  37.99 
 
 
557 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0125075  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1952  hypothetical protein  31.4 
 
 
306 aa  112  9e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00612967  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0440  hypothetical protein  33.71 
 
 
356 aa  112  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0416  hypothetical protein  33.71 
 
 
356 aa  111  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  36.67 
 
 
464 aa  111  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.55 
 
 
322 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.55 
 
 
322 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1139  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.51 
 
 
883 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.00209756  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  39.13 
 
 
634 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2249  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  36.14 
 
 
908 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.65 
 
 
693 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166514  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3853  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.49 
 
 
902 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.769639  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1753  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  35.08 
 
 
1073 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3099  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.9 
 
 
1038 aa  110  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.754272  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.71 
 
 
355 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1298  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.88 
 
 
353 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000090214  hitchhiker  0.00354722 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0202  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.52 
 
 
1054 aa  110  2.0000000000000002e-23  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.62 
 
 
351 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.42 
 
 
454 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00781234  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1750  response regulator PleD  39.24 
 
 
457 aa  110  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.263569  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2315  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.52 
 
 
458 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23130  sensory box GGDEF domain-containing protein  30.71 
 
 
307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.561543  decreased coverage  0.0000866239 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  36.05 
 
 
1486 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4930  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.49 
 
 
887 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.221023 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>