More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_0238 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008048  Sala_0238  diguanylate cyclase  100 
 
 
408 aa  810    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.146038  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49890  hypothetical protein  41.31 
 
 
435 aa  298  9e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.943756 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4249  hypothetical protein  41.06 
 
 
434 aa  290  2e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4668  diguanylate cyclase  38.96 
 
 
423 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.665798  normal  0.140275 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4534  diguanylate cyclase  38.96 
 
 
423 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0836312  normal  0.746207 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0692  diguanylate cyclase  40.25 
 
 
422 aa  287  2e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4670  GGDEF domain-containing protein  38.71 
 
 
423 aa  286  5e-76  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.406009 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0673  diguanylate cyclase  37.88 
 
 
415 aa  281  2e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.685567 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0764  diguanylate cyclase  39.55 
 
 
424 aa  279  5e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.52083  normal  0.111389 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2245  diguanylate cyclase  40.92 
 
 
426 aa  273  4.0000000000000004e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.310334 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5027  diguanylate cyclase  39.9 
 
 
422 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.750126  normal  0.244127 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3340  diguanylate cyclase  39.9 
 
 
422 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5257  diguanylate cyclase  39.39 
 
 
422 aa  262  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4956  diguanylate cyclase  38.73 
 
 
422 aa  257  3e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.888162 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2222  GGDEF  41.52 
 
 
424 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4436  diguanylate cyclase  39.71 
 
 
422 aa  252  7e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.397497  hitchhiker  0.000180692 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0820  GGDEF domain-containing protein  36.8 
 
 
433 aa  252  7e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3487  GGDEF domain-containing protein  36.8 
 
 
425 aa  252  9.000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3616  diguanylate cyclase  36.8 
 
 
436 aa  252  9.000000000000001e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0644  diguanylate cyclase  39.41 
 
 
422 aa  249  6e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.596641  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3617  diguanylate cyclase  40.69 
 
 
422 aa  238  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3483  diguanylate cyclase  33.92 
 
 
409 aa  215  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0776435  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0933  diguanylate cyclase  33.66 
 
 
423 aa  213  5.999999999999999e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3083  diguanylate cyclase  33.33 
 
 
406 aa  192  8e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.072436 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2756  hypothetical protein  31.73 
 
 
407 aa  187  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0689329  decreased coverage  0.00382869 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02493  predicted diguanylate cyclase  31.47 
 
 
408 aa  186  7e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.196527  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1079  hypothetical protein  31.47 
 
 
408 aa  186  7e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.217552  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02457  hypothetical protein  31.47 
 
 
408 aa  186  7e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.150678  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2763  hypothetical protein  31.47 
 
 
407 aa  186  8e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000512321  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1070  diguanylate cyclase  31.47 
 
 
407 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0137194  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2888  hypothetical protein  31.47 
 
 
407 aa  185  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00499837  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2867  hypothetical protein  34.21 
 
 
379 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00679598 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3843  hypothetical protein  31.47 
 
 
407 aa  182  7e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156897  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2886  hypothetical protein  33.75 
 
 
406 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153308  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2817  hypothetical protein  33.75 
 
 
406 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.890106  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2888  hypothetical protein  34.47 
 
 
379 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.186144  normal  0.300292 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3000  hypothetical protein  34.47 
 
 
379 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1283  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.55 
 
 
703 aa  147  3e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5950  diguanylate cyclase  38.84 
 
 
604 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.407449  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1329  diguanylate cyclase  46.11 
 
 
565 aa  144  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  47.13 
 
 
523 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  29.79 
 
 
721 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1509  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.94 
 
 
571 aa  140  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.44121  normal  0.0349148 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.26 
 
 
721 aa  139  6e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1297  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 
891 aa  138  1e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.112988  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3385  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.33 
 
 
677 aa  137  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.093446  hitchhiker  0.00322897 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2186  diguanylate cyclase  36.1 
 
 
604 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.419483  normal  0.336027 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0965  GGDEF domain-containing protein  32.87 
 
 
680 aa  133  5e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00724002  normal  0.0458332 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0638  diguanylate cyclase  40.62 
 
 
737 aa  132  7.999999999999999e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0991066 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0660  triosephosphate isomerase  41.98 
 
 
855 aa  132  7.999999999999999e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.146295  normal  0.430241 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3727  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.4 
 
 
748 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2841  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.17 
 
 
714 aa  130  3e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0729826  normal  0.310526 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1295  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.35 
 
 
568 aa  130  5.0000000000000004e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00252669 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.1 
 
 
709 aa  130  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1160  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.28 
 
 
878 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.68 
 
 
582 aa  129  1.0000000000000001e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.598305  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3694  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.05 
 
 
664 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.28 
 
 
878 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0662  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.05 
 
 
664 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0693  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.05 
 
 
664 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0782  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.57 
 
 
736 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1184  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.07 
 
 
738 aa  127  4.0000000000000003e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3557  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.04 
 
 
677 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.026762  decreased coverage  0.00000188852 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2096  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.68 
 
 
953 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000903564 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2926  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.25 
 
 
461 aa  127  5e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000284142  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3776  diguanylate cyclase  41.46 
 
 
427 aa  126  6e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.38 
 
 
685 aa  126  7e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2122  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.68 
 
 
953 aa  126  8.000000000000001e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0111685  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5430  diguanylate cyclase  35.12 
 
 
603 aa  126  8.000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.406809  normal  0.544805 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 
664 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2393  signal transduction protein  32.96 
 
 
817 aa  125  9e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.512634  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0574  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.78 
 
 
772 aa  126  9e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122166  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  46.25 
 
 
701 aa  125  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2823  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.37 
 
 
677 aa  125  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.992425  hitchhiker  0.00613346 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1231  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.8 
 
 
878 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3261  GGDEF domain-containing protein  39.57 
 
 
702 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.012427  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.24 
 
 
778 aa  125  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.479414  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.04 
 
 
947 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2171  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  40.34 
 
 
730 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1308  hypothetical protein  40.83 
 
 
792 aa  124  2e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3902  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.29 
 
 
990 aa  125  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.51 
 
 
620 aa  124  2e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  38.85 
 
 
937 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.65 
 
 
705 aa  124  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.263072  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  39.51 
 
 
937 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0054  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.7 
 
 
467 aa  124  3e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1641  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.1 
 
 
755 aa  124  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.130236 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4938  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.35 
 
 
1027 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.393519 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  39.49 
 
 
937 aa  124  3e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2678  diguanylate cyclase with GAF sensor  41.14 
 
 
515 aa  124  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0581  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.46 
 
 
659 aa  124  4e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1165  diguanylate cyclase  41.48 
 
 
517 aa  124  4e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1311  hypothetical protein  40.96 
 
 
792 aa  124  4e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0417  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.55 
 
 
1247 aa  124  4e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  38.24 
 
 
1244 aa  124  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2448  sensory box protein  42.35 
 
 
1036 aa  124  4e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.55 
 
 
1107 aa  124  4e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.269581  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1680  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.4 
 
 
1524 aa  124  4e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.482461  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.02 
 
 
768 aa  124  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1191  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.35 
 
 
836 aa  123  5e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.668547  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>