More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3203 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_2787  ribonuclease R  49.93 
 
 		 752 aa  639    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3536  ribonuclease R  49.67 
 
 		 781 aa  666    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.589347  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0605  VacB/RNase II family exoribonuclease  50.49 
 
 		 783 aa  658    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3416  ribonuclease R  51.54 
 
 		 791 aa  648    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.076864  normal  0.337145 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1713  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  51.58 
 
 		 782 aa  638    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.631532  normal  0.56941 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1126  RNAse R  49.93 
 
 		 752 aa  641    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2830  ribonuclease R  51.86 
 
 		 782 aa  689    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.120928  normal  0.835648 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3672  ribonuclease R  48.74 
 
 		 787 aa  640    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.330393  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1386  ribonuclease R  47.4 
 
 		 790 aa  644    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.365928 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3203  RNAse R  100 
 
 		 842 aa  1664    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.62845  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0570  ribonuclease R  50.49 
 
 		 783 aa  657    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.864395  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2418  exoribonuclease R  49.87 
 
 		 783 aa  656    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0155442  normal  0.184337 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2238  ribonuclease R  50.55 
 
 		 790 aa  647    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.37194  normal  0.0587886 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3034  ribonuclease R  49.67 
 
 		 781 aa  658    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0258557  normal  0.241672 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1294  ribonuclease R  47.77 
 
 		 790 aa  637    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.501938  decreased coverage  0.00167989 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2438  ribonuclease R  50.19 
 
 		 790 aa  652    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.404679  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4734  ribonuclease R  49.62 
 
 		 792 aa  652    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2994  RNAse R  49.72 
 
 		 761 aa  647    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.390398 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0037  ribonuclease R  51.82 
 
 		 745 aa  654    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0050  ribonuclease R  51.56 
 
 		 750 aa  635    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0931  ribonuclease R  48.51 
 
 		 789 aa  633  1e-180  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1646  ribonuclease R  49.73 
 
 		 781 aa  634  1e-180  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.353487 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3846  ribonuclease R  50.34 
 
 		 787 aa  630  1e-179  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0372876 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1755  ribonuclease R  47.33 
 
 		 792 aa  629  1e-178  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1502  ribonuclease R  48.78 
 
 		 777 aa  626  1e-178  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.68898  normal  0.0835717 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1353  ribonuclease R  48.5 
 
 		 765 aa  622  1e-177  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25106  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7411  ribonuclease R  48.62 
 
 		 762 aa  615  1e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00900108  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6672  ribonuclease R  48.41 
 
 		 762 aa  615  9.999999999999999e-175  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.594925 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3864  ribonuclease R  46.96 
 
 		 776 aa  603  1.0000000000000001e-171  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2337  ribonuclease R  49.13 
 
 		 795 aa  605  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.235553  normal  0.522411 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2657  ribonuclease R  48.65 
 
 		 788 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1281  ribonuclease R  47.76 
 
 		 754 aa  604  1.0000000000000001e-171  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.106141 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3572  ribonuclease R  49.01 
 
 		 773 aa  599  1e-170  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.923698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2380  ribonuclease R  48.25 
 
 		 788 aa  600  1e-170  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.736062 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0356  ribonuclease R  46.45 
 
 		 778 aa  598  1e-170  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2853  ribonuclease R  48.81 
 
 		 754 aa  600  1e-170  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0015  ribonuclease R  49.44 
 
 		 751 aa  568  1e-160  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.587853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0844  ribonuclease R  43.4 
 
 		 681 aa  554  1e-156  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.360488  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4048  RNAse R  44.86 
 
 		 769 aa  534  1e-150  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1231  ribonuclease R  42.05 
 
 		 766 aa  489  1e-137  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.982448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1948  ribonuclease R  42.66 
 
 		 759 aa  464  1e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.45898  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  38.08 
 
 		 1055 aa  426  1e-118  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  39.39 
 
 		 758 aa  426  1e-118  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  40.08 
 
 		 842 aa  426  1e-117  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  36.23 
 
 		 818 aa  422  1e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  39.89 
 
 		 842 aa  421  1e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1293  ribonuclease R  38.09 
 
 		 819 aa  421  1e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.611528  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  39.81 
 
 		 836 aa  414  1e-114  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  36.95 
 
 		 758 aa  416  1e-114  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  35.12 
 
 		 804 aa  415  1e-114  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  37.41 
 
 		 857 aa  411  1e-113  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  37.28 
 
 		 857 aa  409  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  36.54 
 
 		 805 aa  407  1.0000000000000001e-112  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2897  ribonuclease R  37.82 
 
 		 722 aa  408  1.0000000000000001e-112  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  40.06 
 
 		 838 aa  409  1.0000000000000001e-112  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  36.29 
 
 		 840 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  37.38 
 
 		 857 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1228  exoribonuclease RNase R  36.94 
 
 		 871 aa  403  1e-111  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00057752  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  36.38 
 
 		 859 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0767  exoribonuclease R  35.97 
 
 		 822 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.630081  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1072  ribonuclease R  36.38 
 
 		 864 aa  397  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  35.69 
 
 		 821 aa  397  1e-109  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  35.92 
 
 		 735 aa  394  1e-108  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2519  ribonuclease R  37.2 
 
 		 895 aa  394  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00000714577  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  34.39 
 
 		 828 aa  394  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1976  ribonuclease R  37.01 
 
 		 755 aa  392  1e-107  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1798  ribonuclease R  36.97 
 
 		 838 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0807236  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  34.39 
 
 		 819 aa  392  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  36.31 
 
 		 877 aa  392  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1970  ribonuclease R  36.97 
 
 		 896 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  35.96 
 
 		 834 aa  390  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1522  ribonuclease R  36.56 
 
 		 827 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.351431  normal  0.0857248 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4688  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II/ribonuclease R  36.42 
 
 		 828 aa  390  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00492754  normal  0.623158 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1816  ribonuclease R  36.97 
 
 		 886 aa  391  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  35.61 
 
 		 824 aa  390  1e-107  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1054  RNAse R  35.46 
 
 		 937 aa  391  1e-107  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.947842  normal  0.977325 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1066  ribonuclease R  36.56 
 
 		 827 aa  391  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.152985  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0145  ribonuclease R  36.97 
 
 		 838 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0667377  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  34.77 
 
 		 834 aa  392  1e-107  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1747  ribonuclease R  36.97 
 
 		 896 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.906345  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1938  ribonuclease R  37.5 
 
 		 829 aa  391  1e-107  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.751615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1546  ribonuclease R  36.56 
 
 		 827 aa  391  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0569328  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1021  ribonuclease R  36.97 
 
 		 838 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.204339  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  36.02 
 
 		 813 aa  388  1e-106  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4650  exoribonuclease R  35.98 
 
 		 813 aa  387  1e-106  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.526461 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1263  ribonuclease R  36.9 
 
 		 812 aa  388  1e-106  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3834  exoribonuclease R  35.98 
 
 		 813 aa  387  1e-106  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000264601 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2072  RNAse R  35.2 
 
 		 870 aa  387  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  35.14 
 
 		 833 aa  389  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3791  exoribonuclease R  35.4 
 
 		 844 aa  388  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4738  exoribonuclease R  35.98 
 
 		 813 aa  387  1e-106  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.604978  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1192  ribonuclease R  35.55 
 
 		 749 aa  387  1e-106  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  35.57 
 
 		 830 aa  387  1e-106  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0692  exoribonuclease R  35.4 
 
 		 844 aa  388  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  34.64 
 
 		 808 aa  387  1e-106  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1447  ribonuclease R  34.61 
 
 		 817 aa  388  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  35.98 
 
 		 813 aa  387  1e-106  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4765  exoribonuclease R  35.37 
 
 		 812 aa  386  1e-106  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.57696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  35.98 
 
 		 813 aa  387  1e-106  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1468  ribonuclease R  34.61 
 
 		 817 aa  388  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.136516  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>