More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1764 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1764  SecD export membrane protein  100 
 
 		 488 aa  914    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00179292  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  39.7 
 
 		 535 aa  340  5e-92  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  38.65 
 
 		 534 aa  325  1e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  36.59 
 
 		 533 aa  320  5e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  36.84 
 
 		 532 aa  318  1e-85  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1796  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  38.76 
 
 		 856 aa  317  4e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3172  preprotein translocase subunit SecD  37.78 
 
 		 533 aa  313  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.881845  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4406  preprotein translocase subunit SecD  37.03 
 
 		 533 aa  312  1e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.638067  normal  0.207578 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2777  preprotein translocase subunit SecD  38.43 
 
 		 533 aa  311  2e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.626907  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  36.52 
 
 		 535 aa  308  1.0000000000000001e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2732  preprotein translocase subunit SecD  37.41 
 
 		 533 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.735593  normal  0.282861 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.47 
 
 		 853 aa  290  4e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2276  protein-export membrane protein SecD  37.08 
 
 		 534 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.394363  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2658  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.45 
 
 		 856 aa  287  4e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1001  protein-export membrane protein SecD  35.33 
 
 		 531 aa  286  5e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.541747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2855  protein-export membrane protein SecD  34.46 
 
 		 532 aa  284  3.0000000000000004e-75  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.20247 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2491  protein-export membrane protein SecD  36.76 
 
 		 534 aa  283  6.000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.743414  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2188  protein-export membrane protein SecD  37.17 
 
 		 534 aa  279  9e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.521622  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  34.98 
 
 		 525 aa  278  2e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  34.79 
 
 		 554 aa  272  1e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  35.41 
 
 		 556 aa  271  2e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1416  preprotein translocase subunit SecD  35.91 
 
 		 554 aa  270  2.9999999999999997e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.457453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  37.17 
 
 		 554 aa  271  2.9999999999999997e-71  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4747  protein-export membrane protein SecD  35.07 
 
 		 533 aa  270  4e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.122054  normal  0.0344397 
 
 
-
 
NC_004310  BR1324  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.38 
 
 		 845 aa  269  8e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0375911  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1284  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.19 
 
 		 844 aa  267  4e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4228  protein-export membrane protein SecD  34.94 
 
 		 532 aa  266  7e-70  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.250212  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.47 
 
 		 848 aa  265  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4598  protein-export membrane protein SecD  34.75 
 
 		 532 aa  265  2e-69  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.278601  normal  0.122779 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.85 
 
 		 849 aa  263  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3108  preprotein translocase subunit SecD  34.65 
 
 		 532 aa  263  4.999999999999999e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.2173 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  35.74 
 
 		 554 aa  263  8e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2810  preprotein translocase subunit SecD  37.45 
 
 		 621 aa  260  4e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6059  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.56 
 
 		 839 aa  259  1e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1860  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.88 
 
 		 844 aa  258  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  35.52 
 
 		 554 aa  258  2e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  35.52 
 
 		 554 aa  258  2e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2835  preprotein translocase subunit SecD  36.45 
 
 		 616 aa  258  2e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  34.74 
 
 		 843 aa  256  5e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40460  preprotein translocase subunit SecD  35.67 
 
 		 622 aa  254  2.0000000000000002e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1714  preprotein translocase subunit SecD  32.34 
 
 		 537 aa  254  4.0000000000000004e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2715  preprotein translocase subunit SecD  36.49 
 
 		 626 aa  252  9.000000000000001e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.177706 
 
 
-
 
NC_002978  WD0086  preprotein translocase subunit SecD  31.14 
 
 		 501 aa  251  2e-65  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.509625  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1899  protein-export membrane protein SecD  34.36 
 
 		 551 aa  251  2e-65  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.680962  normal  0.478196 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2959  preprotein translocase subunit SecD  35.43 
 
 		 629 aa  250  3e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2549  preprotein translocase subunit SecD  35.43 
 
 		 629 aa  249  6e-65  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.370381  normal  0.188242 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  32.52 
 
 		 531 aa  249  6e-65  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  34.43 
 
 		 535 aa  249  9e-65  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1240  protein translocase subunit  33.77 
 
 		 622 aa  248  2e-64  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00253338  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1230  preprotein translocase subunit SecD  34.18 
 
 		 622 aa  248  2e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.888537 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  32.75 
 
 		 530 aa  248  2e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1291  protein-export membrane protein SecD  33.77 
 
 		 622 aa  247  3e-64  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  unclonable  0.00000000000000635694  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  35.4 
 
 		 533 aa  247  3e-64  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000256259  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14630  preprotein translocase subunit SecD  33.33 
 
 		 620 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0878  preprotein translocase subunit SecD  34.8 
 
 		 620 aa  246  6e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.16793 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1415  protein-export membrane protein SecD  33.99 
 
 		 622 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.634858  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4343  preprotein translocase subunit SecD  34.61 
 
 		 620 aa  245  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.150095  hitchhiker  0.0000000819724 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1292  preprotein translocase subunit SecD  33.33 
 
 		 620 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1313  preprotein translocase subunit SecD  33.81 
 
 		 616 aa  244  1.9999999999999999e-63  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.198401  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3518  preprotein translocase subunit SecD  33.21 
 
 		 622 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0852936  normal  0.362188 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4619  preprotein translocase subunit SecD  33.78 
 
 		 623 aa  244  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.655295  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2645  preprotein translocase subunit SecD  34.61 
 
 		 616 aa  243  3.9999999999999997e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00285631  hitchhiker  0.000483823 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0835  preprotein translocase subunit SecD  34.23 
 
 		 620 aa  242  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.707354  normal  0.49969 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0865  preprotein translocase subunit SecD  33.84 
 
 		 620 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0679979  normal  0.748339 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2946  preprotein translocase subunit SecD  37.53 
 
 		 621 aa  239  1e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  32.14 
 
 		 530 aa  238  2e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4644  preprotein translocase subunit SecD  34.17 
 
 		 632 aa  237  4e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2527  preprotein translocase subunit SecD  34.3 
 
 		 681 aa  237  4e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  33.78 
 
 		 533 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1106  preprotein translocase subunit SecD  29.54 
 
 		 505 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.737656  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  32.07 
 
 		 533 aa  236  9e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0941  preprotein translocase subunit SecD  34.27 
 
 		 625 aa  235  1.0000000000000001e-60  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.566023 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0883  preprotein translocase subunit SecD  29.42 
 
 		 508 aa  234  4.0000000000000004e-60  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3355  preprotein translocase subunit SecD  34.76 
 
 		 632 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4005  preprotein translocase subunit SecD  34.76 
 
 		 632 aa  233  5e-60  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  32.09 
 
 		 532 aa  233  6e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1230  preprotein translocase subunit SecD  32.1 
 
 		 614 aa  233  8.000000000000001e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.181896  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  31.4 
 
 		 532 aa  232  9e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2079  preprotein translocase protein SecD  36.71 
 
 		 604 aa  232  1e-59  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  32.96 
 
 		 533 aa  232  1e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3280  preprotein translocase subunit SecD  34.52 
 
 		 625 aa  230  5e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.527735  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2066  preprotein translocase subunit SecD  35.7 
 
 		 623 aa  229  9e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.666611  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1331  protein-export membrane protein SecD  35.44 
 
 		 625 aa  228  1e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0264501  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3409  preprotein translocase subunit SecD  35.37 
 
 		 621 aa  228  2e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.768129  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  31.02 
 
 		 530 aa  228  2e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0878  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  32.69 
 
 		 834 aa  227  3e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.335263  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1277  preprotein translocase subunit SecD  34.49 
 
 		 625 aa  227  4e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000238254  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  33.81 
 
 		 533 aa  226  5.0000000000000005e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0181  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.59 
 
 		 844 aa  226  6e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0277  preprotein translocase subunit SecD  35.82 
 
 		 626 aa  225  2e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.130868  normal  0.176148 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1108  preprotein translocase subunit SecD  34.3 
 
 		 625 aa  225  2e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0562212  normal  0.23819 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1218  preprotein translocase subunit SecD  36.6 
 
 		 621 aa  224  2e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.518755 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  31.88 
 
 		 534 aa  224  3e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  33.08 
 
 		 532 aa  224  4e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1694  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  33.46 
 
 		 846 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0344  preprotein translocase subunit SecD  35.5 
 
 		 633 aa  223  4.9999999999999996e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2350  preprotein translocase subunit SecD  34.8 
 
 		 618 aa  222  9.999999999999999e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.951904  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0701  preprotein translocase subunit SecD  34.06 
 
 		 687 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.599175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1407  secretion protein SecD  33.14 
 
 		 622 aa  222  9.999999999999999e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0970542  normal  0.495357 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3866  preprotein translocase subunit SecD  33.53 
 
 		 626 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>