290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2613 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010622  Bphy_2623  ribonuclease II  61.66 
 
 		 701 aa  792    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2779  hypothetical protein  89.26 
 
 		 693 aa  1204    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.100642 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3459  ribonuclease II (RNB)-like protein  61.82 
 
 		 692 aa  798    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2613  ribonuclease II  100 
 
 		 698 aa  1414    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.249804  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2495  ribonuclease II (RNB) family protein  61.66 
 
 		 692 aa  793    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.113784  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3497  ribonuclease II (RNB)-like protein  61.82 
 
 		 692 aa  798    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3023  ribonuclease II  99 
 
 		 698 aa  1405    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.58589  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2857  ribonuclease II  78.02 
 
 		 714 aa  1042    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.236401  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3494  ribonuclease II (RNB) family protein  62.39 
 
 		 639 aa  729    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3694  ribonuclease II  60.66 
 
 		 695 aa  784    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.826772 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0580  ribonuclease II  61.29 
 
 		 696 aa  792    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000257704 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0537  ribonuclease II  59.33 
 
 		 696 aa  794    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.731192 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1170  ribonuclease II  61.06 
 
 		 637 aa  729    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3290  ribonuclease II (RNB)-like protein  61.66 
 
 		 692 aa  793    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0538  putative ribonuclease II  61.72 
 
 		 709 aa  791    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2773  ribonuclease II  59.23 
 
 		 690 aa  795    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3056  ribonuclease II  77.54 
 
 		 712 aa  1033    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.235713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0415  ribonuclease II (RNB) family protein  61.66 
 
 		 692 aa  793    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0351971  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0129  ribonuclease II  61.13 
 
 		 694 aa  790    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0513  ribonuclease II  61.29 
 
 		 696 aa  791    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1275  ribonuclease II (RNB) family protein  61.66 
 
 		 692 aa  793    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3420  ribonuclease II  58.72 
 
 		 705 aa  789    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108028 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0612  ribonuclease II  61.13 
 
 		 694 aa  790    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0215  ribonuclease II  49.26 
 
 		 676 aa  622  1e-177  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0236  ribonuclease II  47.95 
 
 		 680 aa  605  1.0000000000000001e-171  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3678  ribonuclease II  49.21 
 
 		 635 aa  588  1e-166  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3980  ribonuclease II  48.93 
 
 		 705 aa  575  1.0000000000000001e-163  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000301096 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1484  ribonuclease II  49.54 
 
 		 692 aa  574  1.0000000000000001e-162  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.35292  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1089  ribonuclease II  48.21 
 
 		 691 aa  573  1.0000000000000001e-162  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.554562 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3199  hypothetical protein  49.05 
 
 		 685 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0554772 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3654  ribonuclease II  47.55 
 
 		 695 aa  570  1e-161  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.55944  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0843  ribonuclease II  47.85 
 
 		 693 aa  570  1e-161  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.16653 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3909  ribonuclease II  47.35 
 
 		 637 aa  564  1.0000000000000001e-159  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3405  ribonuclease II  47.98 
 
 		 707 aa  564  1.0000000000000001e-159  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.185041 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2575  ribonuclease II  48.11 
 
 		 619 aa  558  1e-157  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.103427 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3411  ribonuclease II  47.06 
 
 		 695 aa  555  1e-156  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2964  ribonuclease II  45.65 
 
 		 723 aa  551  1e-155  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0536  ribonuclease II  45.14 
 
 		 617 aa  544  1e-153  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2195  ribonuclease II  44.93 
 
 		 702 aa  542  1e-153  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.914226 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0937  ribonuclease II  46.53 
 
 		 686 aa  519  1e-146  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.371224  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1234  ribonuclease II  44.88 
 
 		 622 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.334774 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0901  Exoribonuclease II  26.94 
 
 		 671 aa  125  2e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.76792 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2513  Exoribonuclease II  31.72 
 
 		 659 aa  117  5e-25  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.163256  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0448  exoribonuclease II  26.85 
 
 		 666 aa  117  6e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0154818  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1686  Exoribonuclease II  25.69 
 
 		 671 aa  117  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1668  Exoribonuclease II  25.69 
 
 		 671 aa  117  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3730  exoribonuclease II  26.63 
 
 		 674 aa  108  4e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0886266 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1229  Exoribonuclease II  25.17 
 
 		 676 aa  102  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009363  OSTLU_34816  predicted protein  25.11 
 
 		 645 aa  101  4e-20  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0611822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0032  ribonuclease II  28.54 
 
 		 469 aa  101  4e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.011152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0179  ribonuclease II  28.4 
 
 		 698 aa  100  7e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.35632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1124  exoribonuclease II  26.36 
 
 		 670 aa  99.8  1e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0728  exoribonuclease II  26.15 
 
 		 680 aa  100  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2285  ribonuclease II  27.99 
 
 		 689 aa  96.3  2e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_08961  ribonuclease II  24.87 
 
 		 427 aa  95.9  2e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000321128 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1322  ribonuclease II  24.02 
 
 		 686 aa  92.8  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  decreased coverage  0.0000561831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0173  RNB-like family protein  28.73 
 
 		 698 aa  91.7  4e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0103  ribonuclease II  28.32 
 
 		 735 aa  87.8  6e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5174  exoribonuclease II  28.12 
 
 		 683 aa  87.4  8e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1225  exoribonuclease II  27.98 
 
 		 646 aa  84.7  0.000000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2638  exoribonuclease II  26.76 
 
 		 644 aa  84  0.000000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.76344  normal  0.010179 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0341  exoribonuclease R/ribonuclease II  23.84 
 
 		 424 aa  81.3  0.00000000000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0618885  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1943  ribonuclease II  26.63 
 
 		 735 aa  81.3  0.00000000000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3021  ribonuclease II  25.38 
 
 		 680 aa  80.9  0.00000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_10141  ribonuclease II  24.4 
 
 		 424 aa  80.1  0.0000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.192096  hitchhiker  0.0013759 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1120  RNAse R  25.45 
 
 		 646 aa  79.3  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000276354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001524  exoribonuclease II  26.11 
 
 		 667 aa  75.9  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000001616  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14771  ribonuclease II  26.87 
 
 		 683 aa  74.7  0.000000000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0883756 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2219  ribonuclease R  24.76 
 
 		 863 aa  73.9  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.892711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  26.07 
 
 		 709 aa  72  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1336  ribonuclease II  26.7 
 
 		 676 aa  72  0.00000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.203025 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1710  exoribonuclease II  26.73 
 
 		 657 aa  71.6  0.00000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.128406  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1743  exoribonuclease II  25.44 
 
 		 643 aa  71.2  0.00000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1371  RNB-like family protein  25.91 
 
 		 623 aa  70.5  0.0000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2388  ribonuclease R  25.13 
 
 		 815 aa  70.5  0.0000000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0460  ribonuclease R  23.26 
 
 		 1182 aa  69.7  0.0000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.893993  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1009  Exoribonuclease II  22.09 
 
 		 581 aa  68.9  0.0000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0967775  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0438  exoribonuclease II  23.26 
 
 		 671 aa  68.9  0.0000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2631  exoribonuclease II  25.08 
 
 		 644 aa  68.6  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.950688  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4448  ribonuclease II  27.16 
 
 		 617 aa  68.6  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.345616 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2339  exoribonuclease II  24.92 
 
 		 644 aa  68.6  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00185583 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1399  exoribonuclease II  24.92 
 
 		 644 aa  68.6  0.0000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0060132  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1841  exoribonuclease II  24.92 
 
 		 644 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.816503  hitchhiker  0.00000000000000293222 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2360  exoribonuclease II  24.92 
 
 		 644 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00712354  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1491  exoribonuclease II  24.92 
 
 		 644 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0726624  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1923  exoribonuclease II  24.92 
 
 		 644 aa  68.2  0.0000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0111084  hitchhiker  0.000000000153264 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1520  exoribonuclease II  24.92 
 
 		 644 aa  68.2  0.0000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0661  exoribonuclease II  28.63 
 
 		 659 aa  67.8  0.0000000007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0482  ribonuclease R  27.09 
 
 		 791 aa  67.4  0.0000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01263  exoribonuclease II  24.62 
 
 		 644 aa  67.4  0.0000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01274  hypothetical protein  24.62 
 
 		 644 aa  67.4  0.0000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0549  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  23.89 
 
 		 783 aa  66.6  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.442665 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  23.3 
 
 		 706 aa  66.6  0.000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2016  exoribonuclease II  26.51 
 
 		 644 aa  65.9  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.134803  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0297  exoribonuclease II  25.82 
 
 		 645 aa  66.6  0.000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1502  ribonuclease R  22.42 
 
 		 751 aa  66.2  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.211368  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1292  ribonuclease R  22.42 
 
 		 751 aa  65.9  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000149292  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1887  exoribonuclease II  23.95 
 
 		 644 aa  65.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0154652  hitchhiker  0.00000000880902 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1630  exoribonuclease II  23.95 
 
 		 644 aa  65.5  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000100585 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2180  exoribonuclease II  25.73 
 
 		 644 aa  65.9  0.000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00801772 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>