169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_2719 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_2719  transcriptional regulator, TetR family  100 
 
 		 227 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0585  TetR family transcriptional regulator  52.88 
 
 		 215 aa  218  5e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.808799  normal  0.581317 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0559  TetR family transcriptional regulator  52.88 
 
 		 215 aa  218  6e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3750  TetR family transcriptional regulator  50.71 
 
 		 215 aa  210  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2719  TetR family transcriptional regulator  50.48 
 
 		 223 aa  209  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0181  TetR family transcriptional regulator  50.24 
 
 		 215 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0664  TetR family transcriptional regulator  50.24 
 
 		 215 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.783759  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0631  TetR family transcriptional regulator  50.24 
 
 		 215 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3085  regulatory protein, TetR  44.34 
 
 		 223 aa  186  2e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.355286  normal  0.26404 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1498  TetR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 244 aa  82.4  0.000000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1521  TetR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 244 aa  82.4  0.000000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 230 aa  80.1  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1498  TetR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 244 aa  80.5  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4050  transcriptional regulator, TetR family  29.19 
 
 		 221 aa  78.2  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0170602 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3639  transcriptional regulator, TetR family  30.6 
 
 		 234 aa  72.4  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6164  TetR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 285 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.406893 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5582  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 250 aa  68.9  0.00000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3954  transcriptional regulator, TetR family  30.92 
 
 		 183 aa  67  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00776564  normal  0.0886939 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0716  transcriptional regulator, TetR family  25.78 
 
 		 231 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0221174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2683  TetR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 218 aa  67  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2596  TetR family transcriptional regulator  27.1 
 
 		 257 aa  66.2  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.476942 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3544  transcriptional regulator, TetR family  28.26 
 
 		 258 aa  65.1  0.000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.164716  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  27.01 
 
 		 218 aa  63.5  0.000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1404  hypothetical protein  24.89 
 
 		 227 aa  63.9  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.245587  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1254  TetR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 223 aa  63.5  0.000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal  0.284076 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0683  transcriptional regulator, TetR family  25.24 
 
 		 233 aa  63.9  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124954 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  26.19 
 
 		 210 aa  63.5  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2997  transcriptional regulator, TetR family  27.52 
 
 		 239 aa  58.5  0.00000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00034517  decreased coverage  0.000048455 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  27.23 
 
 		 224 aa  57.8  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1602  transcriptional regulator  29.55 
 
 		 208 aa  57.8  0.0000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0331088  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0819  transcriptional regulator, TetR family  27.7 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  25 
 
 		 224 aa  57.4  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  30.08 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4458  transcriptional regulator, TetR family  30.09 
 
 		 263 aa  56.6  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0794126 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0522  transcriptional regulator, TetR family  26.34 
 
 		 259 aa  56.2  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0445084 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1898  transcriptional regulator, TetR family  24.63 
 
 		 225 aa  56.2  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00182667  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3400  transcriptional regulator, TetR family  32.26 
 
 		 248 aa  55.8  0.0000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.160802  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2976  regulatory protein TetR  26.76 
 
 		 199 aa  55.8  0.0000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04290  transcriptional regulator  35.34 
 
 		 230 aa  55.8  0.0000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0356089  normal  0.115644 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8986  putative transcriptional regulator, TetR family  27.21 
 
 		 220 aa  55.5  0.0000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3395  transcriptional regulator, TetR family  31.11 
 
 		 173 aa  55.1  0.0000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.542573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2637  putative transcriptional regulator, TetR family  32.14 
 
 		 220 aa  55.1  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000568428  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1048  transcriptional regulator, TetR family  26.67 
 
 		 232 aa  55.1  0.0000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0498897  normal  0.620598 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0437  TetR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 239 aa  54.7  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0043  tetracycline repressor protein R, class A  24.77 
 
 		 225 aa  55.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0104  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 207 aa  54.7  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000192911 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0152  tetracycline repressor protein, class A  24.77 
 
 		 225 aa  55.1  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0033  tetracycline repressor protein, class A  24.77 
 
 		 225 aa  55.1  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.370137  normal  0.333737 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2585  transcriptional regulator, TetR family  28.28 
 
 		 218 aa  53.5  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106012  normal  0.0213025 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0215  transcriptional regulator, TetR family  27.42 
 
 		 246 aa  53.9  0.000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.674801 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4689  transcriptional regulator, TetR family  25.57 
 
 		 259 aa  53.1  0.000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  25.84 
 
 		 228 aa  52.8  0.000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  24.49 
 
 		 240 aa  53.1  0.000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3985  hypothetical protein  29.46 
 
 		 228 aa  52.8  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.997476 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0578  TetR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 267 aa  52.8  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1243  TetR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 229 aa  51.2  0.00001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.176443 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0775  TetR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 185 aa  51.2  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00421215  hitchhiker  0.000834873 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1704  transcriptional regulator, TetR family  31.63 
 
 		 204 aa  51.6  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.326361  normal  0.417933 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21360  transcriptional regulator, TetR family  23.36 
 
 		 206 aa  51.2  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.127836  normal  0.357603 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2646  transcriptional regulator, TetR family  25.7 
 
 		 236 aa  50.4  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3851  TetR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 210 aa  50.8  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.197556  normal  0.870182 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0658  TetR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 211 aa  50.4  0.00002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2792  TetR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 190 aa  50.8  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.782155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3625  TetR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 190 aa  50.4  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.130567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 235 aa  50.8  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1945  putative transcriptional regulator, TetR family  26.03 
 
 		 268 aa  50.4  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.951149  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 250 aa  50.8  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  24.41 
 
 		 234 aa  50.1  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4938  regulatory protein, TetR  27.15 
 
 		 222 aa  49.7  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0214473 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1017  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 216 aa  50.1  0.00003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.056125 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1930  TetR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 206 aa  50.1  0.00003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.189169  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5957  transcriptional regulator, TetR family  25.34 
 
 		 229 aa  50.1  0.00003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.769485  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1690  transcriptional regulator, TetR family  23.67 
 
 		 222 aa  49.7  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.072365  hitchhiker  0.0000000604778 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8044  putative transcriptional regulator, TetR family  25.69 
 
 		 249 aa  49.7  0.00003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.467604  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 242 aa  49.7  0.00003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  27.14 
 
 		 211 aa  50.1  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6418  transcriptional regulator, TetR family  23.49 
 
 		 259 aa  49.3  0.00004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4181  TetR family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 240 aa  49.3  0.00005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.367396  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  24.6 
 
 		 218 aa  48.9  0.00006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  26.74 
 
 		 249 aa  48.9  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0732  TetR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 210 aa  48.5  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2378  transcriptional repressor TetR  23.44 
 
 		 260 aa  48.1  0.0001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0287531  normal  0.0684522 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0056  transcriptional regulator, TetR family  34.41 
 
 		 289 aa  47.8  0.0001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0279  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0763  TetR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 210 aa  48.1  0.0001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.756053  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0040  transcriptional regulator, TetR family  30.86 
 
 		 195 aa  48.1  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5105  transcriptional regulator, TetR family  26.44 
 
 		 223 aa  48.1  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000423081  normal  0.55194 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0683  TetR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 211 aa  47.8  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9231  tetR-family regulatory protein  28.42 
 
 		 247 aa  48.1  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.484933  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2574  transcriptional regulator, TetR family  26.79 
 
 		 203 aa  47.4  0.0002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0758263 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0817  TetR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 332 aa  47.4  0.0002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4137  putative transcriptional regulator, TetR family  28.91 
 
 		 263 aa  47.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0181128  normal  0.0240758 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4216  putative transcriptional regulator, TetR family  32.53 
 
 		 212 aa  47.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00833872  hitchhiker  0.000365538 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3348  TetR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 185 aa  47.4  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7217  putative transcriptional regulator, TetR family  32.46 
 
 		 247 aa  47.8  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.466124  normal  0.580256 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1040  regulatory protein TetR  28.47 
 
 		 219 aa  47.4  0.0002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.591621  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4572  putative transcriptional regulator, TetR family  26.42 
 
 		 223 aa  47  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145324  normal  0.111989 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  26.23 
 
 		 218 aa  46.2  0.0004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4098  TetR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 315 aa  46.2  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5638  TetR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 238 aa  46.6  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.491763  normal  0.336395 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>