More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03087 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03087  putative cation-efflux system signal peptide protein  100 
 
 		 375 aa  728    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2968  RND family efflux transporter MFP subunit  67.38 
 
 		 413 aa  397  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222457 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2621  secretion protein HlyD  54.18 
 
 		 367 aa  310  2e-83  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  54.65 
 
 		 351 aa  307  2.0000000000000002e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.8 
 
 		 357 aa  300  3e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7282  HlyD family secretion protein  45.65 
 
 		 377 aa  286  2.9999999999999996e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.548499  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5660  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.81 
 
 		 371 aa  266  4e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.852771  normal  0.84907 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  46.2 
 
 		 391 aa  242  1e-62  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  44.61 
 
 		 392 aa  236  5.0000000000000005e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  44.41 
 
 		 383 aa  231  2e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.83 
 
 		 410 aa  226  6e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  45 
 
 		 396 aa  223  4e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.55 
 
 		 390 aa  223  4.9999999999999996e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  44.55 
 
 		 390 aa  222  8e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3965  RND family efflux transporter MFP subunit  44.08 
 
 		 362 aa  221  9.999999999999999e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000185194 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  44.04 
 
 		 378 aa  219  5e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  43.56 
 
 		 394 aa  212  7.999999999999999e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3472  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.78 
 
 		 379 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000321827  normal  0.111591 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4544  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.78 
 
 		 379 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.80936 
 
 
-
 
NC_003296  RS01779  transporter lipoprotein transmembrane  42 
 
 		 1405 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  34.42 
 
 		 386 aa  166  9e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  37.97 
 
 		 363 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2400  secretion protein HlyD  30.93 
 
 		 440 aa  145  8.000000000000001e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.705753 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  35.2 
 
 		 391 aa  133  5e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  33.8 
 
 		 413 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  36.39 
 
 		 427 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32 
 
 		 413 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2353  RND family efflux transporter MFP subunit  31.29 
 
 		 442 aa  127  3e-28  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2084  RND efflux membrane fusion protein  32.33 
 
 		 427 aa  124  4e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.76 
 
 		 413 aa  124  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  30.89 
 
 		 378 aa  121  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2854  cation efflux transporter  35.31 
 
 		 386 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.405755  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0807  RND family efflux transporter MFP subunit  33.99 
 
 		 358 aa  116  6.9999999999999995e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.347683 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1439  RND family efflux transporter MFP subunit  32.87 
 
 		 390 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0228236 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  31.72 
 
 		 609 aa  114  2.0000000000000002e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1504  RND family efflux transporter MFP subunit  33.15 
 
 		 397 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0583737 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  28.93 
 
 		 395 aa  110  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  32.93 
 
 		 409 aa  109  6e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.97 
 
 		 414 aa  108  1e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440743  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1149  RND family efflux transporter MFP subunit  32.88 
 
 		 426 aa  108  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4289  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 		 402 aa  107  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0321009 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  33.33 
 
 		 402 aa  107  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316668 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  28.73 
 
 		 354 aa  106  7e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  33.03 
 
 		 385 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.7 
 
 		 397 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  32.37 
 
 		 366 aa  105  2e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.01 
 
 		 396 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.72 
 
 		 396 aa  103  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  33.25 
 
 		 389 aa  103  4e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  30.35 
 
 		 351 aa  103  5e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  32.73 
 
 		 408 aa  103  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  30.53 
 
 		 381 aa  101  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  30.08 
 
 		 351 aa  101  2e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  31.23 
 
 		 354 aa  100  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1311  HlyD family secretion protein  29.88 
 
 		 357 aa  100  6e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  29.33 
 
 		 397 aa  99.8  8e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0040  secretion protein HlyD  32.84 
 
 		 389 aa  99.4  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.59 
 
 		 380 aa  99  1e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  31.85 
 
 		 354 aa  97.8  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  33.09 
 
 		 340 aa  98.6  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  30.33 
 
 		 347 aa  98.6  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1672  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.92 
 
 		 359 aa  98.6  2e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  31.21 
 
 		 354 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.21 
 
 		 354 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  31.21 
 
 		 354 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.97 
 
 		 383 aa  98.6  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.65 
 
 		 376 aa  97.8  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3735  RND family efflux transporter MFP subunit  28.13 
 
 		 410 aa  97.1  4e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4745  RND family efflux transporter MFP subunit  30.41 
 
 		 393 aa  97.4  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.19985 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  27.17 
 
 		 354 aa  97.1  5e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0627  RND family efflux transporter MFP subunit  28.98 
 
 		 405 aa  97.1  5e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0212  secretion protein HlyD  27.76 
 
 		 364 aa  96.7  6e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.59943 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0650  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.98 
 
 		 410 aa  96.7  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  31.58 
 
 		 354 aa  96.3  8e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4015  hypothetical protein  28.75 
 
 		 435 aa  96.3  8e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0654  RND family efflux transporter MFP subunit  28.13 
 
 		 410 aa  96.3  8e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5381  RND family efflux transporter MFP subunit  31.28 
 
 		 364 aa  95.5  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.996751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.12 
 
 		 349 aa  95.9  1e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1640  CmeA  27 
 
 		 386 aa  95.9  1e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  31.01 
 
 		 358 aa  94.7  2e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  31.08 
 
 		 404 aa  94.4  3e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.25 
 
 		 380 aa  94.4  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  29.43 
 
 		 365 aa  94  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  28.62 
 
 		 359 aa  93.6  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  28.57 
 
 		 363 aa  93.2  6e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.49 
 
 		 387 aa  93.6  6e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  26.92 
 
 		 350 aa  93.2  7e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  30.66 
 
 		 358 aa  93.2  7e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  30.38 
 
 		 419 aa  92.8  9e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.08 
 
 		 355 aa  92.8  9e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  28.95 
 
 		 397 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  29.52 
 
 		 365 aa  92  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  29.52 
 
 		 365 aa  92  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.03 
 
 		 455 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  29.82 
 
 		 367 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  25.92 
 
 		 372 aa  91.7  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  25.92 
 
 		 372 aa  92  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  30.97 
 
 		 380 aa  92  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  26.65 
 
 		 367 aa  91.3  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2360  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.14 
 
 		 380 aa  91.7  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.347608  normal  0.0362221 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>