More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1425 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1425  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 247 aa  485  1e-136  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1448  diguanylate cyclase  74.21 
 
 		 252 aa  341  5e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4653  diguanylate cyclase  71.25 
 
 		 242 aa  298  7e-80  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3959  diguanylate cyclase  70.11 
 
 		 227 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.269646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1237  diguanylate cyclase  65.38 
 
 		 227 aa  231  5e-60  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6847  diguanylate cyclase  64.77 
 
 		 242 aa  214  9.999999999999999e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0905  diguanylate cyclase  40.78 
 
 		 239 aa  127  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0585872 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1356  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.34 
 
 		 469 aa  117  9.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0103903  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1539  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.79 
 
 		 681 aa  118  9.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0594257 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2568  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 254 aa  115  5e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0712  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 523 aa  114  2.0000000000000002e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.81 
 
 		 324 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.504833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2805  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 236 aa  109  3e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.726204  normal  0.387546 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1163  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.66 
 
 		 325 aa  109  4.0000000000000004e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.538197 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.88 
 
 		 994 aa  109  5e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3792  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.95 
 
 		 893 aa  109  5e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.226695 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3905  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.95 
 
 		 893 aa  109  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.801054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.37 
 
 		 820 aa  106  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3975  GGDEF  39.88 
 
 		 523 aa  105  5e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.456822  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  34.68 
 
 		 319 aa  105  5e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2409  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.88 
 
 		 729 aa  105  6e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.798311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.12 
 
 		 312 aa  105  6e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  39.75 
 
 		 811 aa  104  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.87 
 
 		 587 aa  104  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2363  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 214 aa  104  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.630601  normal  0.137832 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0076  GGDEF domain-containing protein  30.11 
 
 		 524 aa  104  1e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.790276  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1737  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 390 aa  105  1e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0222793  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  37.57 
 
 		 609 aa  103  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  35.26 
 
 		 709 aa  104  2e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.02 
 
 		 464 aa  103  3e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0936  GGDEF domain-containing protein  35.26 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000986982  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1872  diguanylate cyclase  39.78 
 
 		 586 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10295  normal  0.872274 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 451 aa  102  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0381  hypothetical protein  40.76 
 
 		 323 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  41.56 
 
 		 769 aa  103  4e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3012  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 428 aa  103  4e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000172152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3459  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 324 aa  102  4e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.79 
 
 		 304 aa  102  4e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3483  diguanylate cyclase  39 
 
 		 409 aa  102  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0776435  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2249  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and Chase sensor(s)  41.76 
 
 		 908 aa  102  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.13 
 
 		 958 aa  102  5e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3387  diguanylate cyclase  33.15 
 
 		 442 aa  102  5e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0570  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 324 aa  102  7e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0571  diguanylate cyclase  32.57 
 
 		 324 aa  102  7e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30 
 
 		 317 aa  102  8e-21  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 381 aa  102  8e-21  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0034  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 433 aa  102  8e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.523887  normal  0.941955 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2535  diguanylate cyclase  38.17 
 
 		 1099 aa  101  9e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.12937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1676  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.65 
 
 		 1021 aa  101  9e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.267843  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0545  response regulator  40.36 
 
 		 575 aa  101  1e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0226  PAS sensor diguanylate cyclase and phophodiesterase  39.49 
 
 		 591 aa  100  1e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3161  response regulator  41.36 
 
 		 576 aa  101  1e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0589  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.65 
 
 		 305 aa  101  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.352095  hitchhiker  0.000774187 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  37.71 
 
 		 432 aa  101  1e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5747  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 261 aa  101  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4714  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  38.34 
 
 		 684 aa  100  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0509  diguanylate cyclase  35.8 
 
 		 498 aa  100  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00480754 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.51 
 
 		 975 aa  100  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0655  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 172 aa  100  2e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00000725118  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0529  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.63 
 
 		 575 aa  100  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0896  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.07 
 
 		 397 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.225893  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1675  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.22 
 
 		 528 aa  100  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0159  diguanylate cyclase  36.84 
 
 		 368 aa  100  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.945874  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1378  diguanylate cyclase with GAF sensor  38.07 
 
 		 397 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.696057  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  41.82 
 
 		 400 aa  99.8  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  32.95 
 
 		 320 aa  99.8  3e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 407 aa  100  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0983  GGDEF family protein  37.08 
 
 		 443 aa  100  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03147  hypothetical protein  38.92 
 
 		 450 aa  99.8  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.601264  normal  0.330645 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  38.41 
 
 		 812 aa  99.8  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1707  sensory box-containing diguanylate cyclase, putative  40.49 
 
 		 1057 aa  99.8  4e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.04 
 
 		 1078 aa  99.8  4e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03790  sensory box GGDEF domain-containing protein  40.13 
 
 		 323 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.228486 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0655  diguanylate cyclase  38.64 
 
 		 263 aa  99.8  4e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  37.29 
 
 		 446 aa  99.8  4e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  36.97 
 
 		 322 aa  99.4  5e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.05 
 
 		 1508 aa  99.4  5e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2931  diguanylate cyclase  37.43 
 
 		 432 aa  99.4  5e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3954  PAS:GGDEF:hemerythrin HHE cation binding region  32.49 
 
 		 667 aa  99.4  5e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.567366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3327  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  37.58 
 
 		 693 aa  99.4  5e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.166514  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  37.42 
 
 		 361 aa  99.4  5e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.12 
 
 		 738 aa  99.4  5e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.05 
 
 		 1508 aa  99.4  5e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2511  sensory box/GGDEF family protein  38.89 
 
 		 873 aa  99  6e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.064044  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.05 
 
 		 1508 aa  99  6e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0076  diguanylate cyclase  33.19 
 
 		 444 aa  99  6e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  39.05 
 
 		 1508 aa  99  6e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3523  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  34.36 
 
 		 1079 aa  99  6e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  31.79 
 
 		 319 aa  99  6e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  40.76 
 
 		 1120 aa  99  6e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 638 aa  98.6  8e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3445  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.1 
 
 		 1094 aa  98.6  9e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2681  putative sensor protein  35.37 
 
 		 1117 aa  98.6  9e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.968854 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  32.22 
 
 		 565 aa  98.6  9e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1660  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.19 
 
 		 698 aa  98.2  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.771152 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  33.53 
 
 		 220 aa  98.2  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  38.82 
 
 		 381 aa  97.8  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3414  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.21 
 
 		 673 aa  98.2  1e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3485  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.51 
 
 		 572 aa  97.8  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>