More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4653 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4653  diguanylate cyclase  100 
 
 		 242 aa  470  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1448  diguanylate cyclase  72.65 
 
 		 252 aa  311  6.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1425  GGDEF domain-containing protein  71.67 
 
 		 247 aa  292  4e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3959  diguanylate cyclase  63.21 
 
 		 227 aa  227  1e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.269646  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1237  diguanylate cyclase  62.69 
 
 		 227 aa  227  2e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6847  diguanylate cyclase  61.93 
 
 		 242 aa  205  4e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0905  diguanylate cyclase  40 
 
 		 239 aa  126  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0585872 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1356  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.68 
 
 		 469 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0103903  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1211  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 381 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  35.96 
 
 		 320 aa  113  3e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0159  diguanylate cyclase  41.45 
 
 		 368 aa  112  4.0000000000000004e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.945874  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2568  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2763  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.37 
 
 		 820 aa  110  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2805  diguanylate cyclase  37.02 
 
 		 236 aa  109  5e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.726204  normal  0.387546 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1211  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.31 
 
 		 587 aa  108  9.000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0242812 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1539  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.59 
 
 		 681 aa  107  1e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0594257 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0283  hypothetical protein  35.23 
 
 		 709 aa  107  2e-22  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5944  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.67 
 
 		 745 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.120992 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0712  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 523 aa  106  4e-22  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0299  hypothetical protein  35.23 
 
 		 609 aa  105  5e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3905  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.51 
 
 		 893 aa  105  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.801054  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3792  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.51 
 
 		 893 aa  105  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.226695 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.88 
 
 		 994 aa  105  7e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3387  diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 442 aa  105  7e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.79 
 
 		 958 aa  105  8e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.47 
 
 		 441 aa  104  1e-21  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0983  GGDEF family protein  39.05 
 
 		 443 aa  104  1e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0076  diguanylate cyclase  39.46 
 
 		 444 aa  104  1e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0655  diguanylate cyclase  40 
 
 		 263 aa  104  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0529  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.51 
 
 		 575 aa  104  1e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2021  PAS sensor diguanylate cyclase/phophodiesterase  38.46 
 
 		 811 aa  103  2e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4329  diguanylate cyclase  34.62 
 
 		 320 aa  103  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.406414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 312 aa  103  3e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.57 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2588  response regulator receiver protein  39.29 
 
 		 568 aa  102  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.649054  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3954  PAS:GGDEF:hemerythrin HHE cation binding region  39.33 
 
 		 667 aa  102  6e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.567366  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1380  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.06 
 
 		 332 aa  102  7e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.238298  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4255  GGDEF  43.48 
 
 		 400 aa  102  7e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1163  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 308 aa  102  7e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0094  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 451 aa  102  8e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2307  mase1 domain family  37.89 
 
 		 998 aa  101  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  43.59 
 
 		 1000 aa  101  1e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1616  GGDEF domain protein  35.8 
 
 		 358 aa  101  1e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.515769  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6173  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.51 
 
 		 837 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1617  diguanylate cyclase  33.71 
 
 		 514 aa  101  1e-20  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.99 
 
 		 975 aa  101  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3012  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 428 aa  101  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000172152  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01973  predicted diguanylate cyclase, GGDEF domain signalling protein  38.46 
 
 		 1105 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1590  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.46 
 
 		 1105 aa  100  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.131154  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2360  putative sensor protein  38.46 
 
 		 1105 aa  100  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.51 
 
 		 738 aa  100  2e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0100  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 446 aa  100  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.246337  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2681  putative sensor protein  37.27 
 
 		 1117 aa  100  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.968854 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2351  mase1 domain family protein  37.89 
 
 		 998 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.659224  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2358  mase1 domain family  37.89 
 
 		 998 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.922212 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2251  PAS domain protein  37.89 
 
 		 998 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2371  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 294 aa  100  2e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.171648  normal  0.191081 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1574  putative sensor protein  38.46 
 
 		 1105 aa  100  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115387  normal  0.924629 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2451  putative diguanylate cyclase  36.46 
 
 		 651 aa  100  2e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.20107  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0078  GGDEF domain-containing protein  31.64 
 
 		 565 aa  100  2e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1872  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 586 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.10295  normal  0.872274 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01962  hypothetical protein  38.46 
 
 		 1105 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0993  putative sensor protein  38.46 
 
 		 1105 aa  100  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.7374 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  38.2 
 
 		 261 aa  99.8  3e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2517  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.85 
 
 		 614 aa  100  3e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.655073  n/a   
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  38.33 
 
 		 792 aa  99.8  3e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0299536  normal  0.27507 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1165  putative sensor protein  38.46 
 
 		 1105 aa  100  3e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.807956  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49160  putative sensor protein  40.79 
 
 		 1120 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000588584 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0392  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 319 aa  99.4  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0549299  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1293  diguanylate cyclase  40.38 
 
 		 432 aa  99  5e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.32079e-19 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1350  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.62 
 
 		 715 aa  99  6e-20  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1380  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.62 
 
 		 715 aa  99  6e-20  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.923401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3483  diguanylate cyclase  40.11 
 
 		 409 aa  99  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0776435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 360 aa  98.6  7e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2257  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 509 aa  99  7e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0520127 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3137  response regulator receiver protein  34.38 
 
 		 319 aa  98.6  7e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2409  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.88 
 
 		 729 aa  98.6  9e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.798311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3329  PAS:GGDEF  39.26 
 
 		 732 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00020555 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2227  diguanylate cyclase  41.29 
 
 		 803 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3173  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.3 
 
 		 696 aa  98.2  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000648957 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1163  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.72 
 
 		 325 aa  97.8  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  0.538197 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1797  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.55 
 
 		 324 aa  98.2  1e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.504833  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0076  GGDEF domain-containing protein  30.11 
 
 		 524 aa  98.2  1e-19  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.790276  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4198  putative sensor protein  40.79 
 
 		 1105 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.350673  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3577  GGDEF domain-containing protein  36.81 
 
 		 322 aa  97.8  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.635523  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0220  diguanylate cyclase  40.51 
 
 		 495 aa  97.1  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3763  GGDEF  35.19 
 
 		 358 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.199974 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0356  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.33 
 
 		 667 aa  97.4  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.589026  normal  0.448313 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.22 
 
 		 1078 aa  97.1  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1062  diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 566 aa  97.1  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0191664  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 351 aa  97.4  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2363  diguanylate cyclase  36.63 
 
 		 214 aa  97.1  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.630601  normal  0.137832 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 569 aa  97.1  2e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53140  hypothetical protein  39.74 
 
 		 823 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.807959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4658  hypothetical protein  39.74 
 
 		 818 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142401  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.12 
 
 		 863 aa  97.1  2e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.180184 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0171  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.38 
 
 		 808 aa  96.7  3e-19  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  unclonable  0.0000289521  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  34.66 
 
 		 540 aa  97.1  3e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1770  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  40.35 
 
 		 769 aa  96.7  3e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0395066  normal  0.809527 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  35 
 
 		 495 aa  96.7  3e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>