More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2110 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2110  phage integrase family protein  100 
 
 		 335 aa  693    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.717737  hitchhiker  0.00928356 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48880  putative bacteriophage integrase  53.71 
 
 		 338 aa  363  2e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000942528  hitchhiker  0.000000101575 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0269  integrase family protein  44.71 
 
 		 405 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53570  putative integrase  54.81 
 
 		 258 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000326616  decreased coverage  0.0000890956 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2951  phage integrase  43.03 
 
 		 336 aa  270  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.339524  hitchhiker  3.4545800000000002e-18 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0909  phage integrase family site specific recombinase  43.62 
 
 		 343 aa  265  7e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.046478  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2795  integrase family protein  43.62 
 
 		 350 aa  265  7e-70  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0861235  normal  0.105042 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00832  hypothetical protein  43.62 
 
 		 338 aa  265  8e-70  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0428035  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3507  phage integrase family protein  42.82 
 
 		 345 aa  263  4e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000000014558 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3514  phage integrase family protein  41.67 
 
 		 336 aa  262  4.999999999999999e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.123025  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3152  integrase family protein  42.33 
 
 		 352 aa  261  2e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0716  integrase  42.2 
 
 		 394 aa  256  3e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1340  phage integrase family protein  43.03 
 
 		 339 aa  256  4e-67  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.755571  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2882  phage integrase  41.47 
 
 		 341 aa  255  8e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.948794  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5040  prophage CP-933T integrase  41.91 
 
 		 371 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.530892  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3066  phage integrase  41.18 
 
 		 341 aa  252  7e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00815  integrase for prophage  44.23 
 
 		 314 aa  251  2e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0720843  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2307  integrase family protein  41.92 
 
 		 335 aa  250  2e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109793  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2622  integrase family protein  40.24 
 
 		 335 aa  246  3e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.647869  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2649  integrase family protein  40.83 
 
 		 333 aa  246  4.9999999999999997e-64  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.413706  hitchhiker  0.000000656425 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1079  integrase  38.95 
 
 		 343 aa  243  3e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0900  phage integrase family site specific recombinase  40.72 
 
 		 334 aa  239  4e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.198351  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2932  integrase family protein  43.12 
 
 		 318 aa  238  1e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.426085 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2810  integrase  40.3 
 
 		 336 aa  234  1.0000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0981  phage integrase family site specific recombinase  40.18 
 
 		 331 aa  229  3e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.896677  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0882  integrase family protein  44.44 
 
 		 313 aa  224  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05002  integrase  37.57 
 
 		 345 aa  219  5e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3848  integrase family protein  38.53 
 
 		 327 aa  219  7e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.250043  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5364  integrase  42.51 
 
 		 332 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.301624  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1917  integrase  39.26 
 
 		 375 aa  214  9.999999999999999e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3066  integrase  39 
 
 		 337 aa  213  2.9999999999999995e-54  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0315896  hitchhiker  0.000000103666 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4348  site-specific recombinase, phage integrase family  37.58 
 
 		 326 aa  212  9e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.175546  hitchhiker  0.00000000567763 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4307  phage integrase family site specific recombinase  37.31 
 
 		 326 aa  209  6e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0756066  hitchhiker  0.00146275 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1008  phage integrase  37.69 
 
 		 347 aa  205  8e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0092  Fels-2 prophage protein  48.86 
 
 		 191 aa  167  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000678287  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63440  bacteriophage integrase  57.52 
 
 		 126 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1313  putative integrase  40.23 
 
 		 172 aa  132  6e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0718359  normal  0.288713 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1314  phage integrase  56.52 
 
 		 121 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0188949  normal  0.27853 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3056  integrase family protein  56.96 
 
 		 164 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0372474 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  34.56 
 
 		 367 aa  105  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  28.77 
 
 		 421 aa  92  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  33.33 
 
 		 397 aa  90.1  5e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2647  phage integrase family protein  30.26 
 
 		 315 aa  85.1  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0636  phage integrase family site specific recombinase  31.05 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0631  phage integrase family site specific recombinase  31.05 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.45439  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  28.98 
 
 		 401 aa  76.6  0.0000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  24.55 
 
 		 337 aa  76.3  0.0000000000006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5304  site-specific recombinase, phage integrase family  29.24 
 
 		 322 aa  76.3  0.0000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  30.77 
 
 		 275 aa  75.9  0.0000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0669  phage integrase family protein  30.45 
 
 		 343 aa  74.7  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1349  integrase family protein  31.25 
 
 		 291 aa  73.9  0.000000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  28.76 
 
 		 308 aa  74.3  0.000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2797  phage integrase family protein  27.04 
 
 		 451 aa  73.9  0.000000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  26.95 
 
 		 429 aa  73.9  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0562  integrase/recombinase  27.23 
 
 		 308 aa  73.9  0.000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0843058  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  26.32 
 
 		 304 aa  73.2  0.000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  27.78 
 
 		 402 aa  73.2  0.000000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3924  integrase family protein  29.91 
 
 		 321 aa  72.4  0.000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.733894 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  29.88 
 
 		 407 aa  72  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0083  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.23 
 
 		 322 aa  71.6  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0098  integrase family protein  26.09 
 
 		 298 aa  70.9  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  30.43 
 
 		 393 aa  70.9  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3701  integrase family protein  31.42 
 
 		 392 aa  70.1  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0370  phage integrase family protein  26.36 
 
 		 304 aa  70.1  0.00000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  28.46 
 
 		 412 aa  69.3  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1633  phage integrase  30.22 
 
 		 362 aa  68.9  0.0000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2157  phage integrase  30.67 
 
 		 363 aa  68.6  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0421336  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.13 
 
 		 330 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1337  integrase family protein  26.89 
 
 		 392 aa  68.6  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0155558  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1247  Phage integrase  26.03 
 
 		 278 aa  67.8  0.0000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  24.78 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  25.88 
 
 		 290 aa  67.8  0.0000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  26.79 
 
 		 317 aa  66.6  0.0000000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1617  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.43 
 
 		 330 aa  66.2  0.0000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000155402  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  27.08 
 
 		 354 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  27.08 
 
 		 354 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1465  integrase family protein  24.18 
 
 		 334 aa  65.5  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.890522 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  33.56 
 
 		 404 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1633  Phage integrase  26.75 
 
 		 368 aa  65.5  0.000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.576304  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3444  phage integrase family protein  27.92 
 
 		 377 aa  65.5  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3483  phage integrase family protein  27.92 
 
 		 377 aa  65.5  0.000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.561062  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3428  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.12 
 
 		 310 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3258  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.12 
 
 		 310 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.706598  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  30.95 
 
 		 400 aa  64.7  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0392  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.12 
 
 		 310 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2920  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.12 
 
 		 310 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.510567  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1028  tyrosine recombinase XerD subunit  28.57 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00856798  unclonable  0.00000000634873 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.12 
 
 		 310 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0195  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.12 
 
 		 310 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2002  phage integrase  34.48 
 
 		 188 aa  65.1  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3398  integrase  25.99 
 
 		 293 aa  65.1  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.292469  normal  0.438437 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2283  phage integrase family protein  25.75 
 
 		 331 aa  64.7  0.000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3960  site-specific tyrosine recombinase XerC  24.41 
 
 		 311 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.011638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2169  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.12 
 
 		 310 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.126979  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0478  tyrosine recombinase XerD  25.49 
 
 		 319 aa  65.1  0.000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2844  integrase family protein  27.47 
 
 		 329 aa  64.3  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  34.19 
 
 		 172 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2544  tyrosine recombinase XerC  29.46 
 
 		 318 aa  64.3  0.000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774585  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2860  tyrosine recombinase XerC subunit  27.35 
 
 		 300 aa  64.3  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2981  integrase family protein  26.54 
 
 		 307 aa  63.9  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>