More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_3444 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_3444  phage integrase family protein  100 
 
 		 377 aa  787    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3483  phage integrase family protein  100 
 
 		 377 aa  787    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.561062  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1210  phage integrase family protein  39.36 
 
 		 379 aa  293  2e-78  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0590479  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3609  site-specific recombinase, phage integrase family  32.34 
 
 		 340 aa  173  5e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.608868  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6252  phage integrase-like SAM-like  28.69 
 
 		 381 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5720  integrase family protein  28.28 
 
 		 392 aa  152  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6755  integrase family protein  28.61 
 
 		 392 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6272  integrase family protein  27.53 
 
 		 411 aa  143  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.419313 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7404  putative phage integrase  28.45 
 
 		 385 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7706  putative phage integrase  28.45 
 
 		 385 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.780364  normal  0.11828 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0266  putative transposase  28.45 
 
 		 385 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1469  putative transposase  28.45 
 
 		 410 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0707219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7315  putative transposase  28.45 
 
 		 385 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3328  putative transposase  28.45 
 
 		 385 aa  125  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7358  integrase family protein  25.92 
 
 		 402 aa  116  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0147599  normal  0.807102 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4254  phage integrase family protein  27.16 
 
 		 421 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0265726 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  26.73 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3738  tyrosine recombinase XerD subunit  25.23 
 
 		 328 aa  79  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1266  tyrosine recombinase XerD  27.64 
 
 		 310 aa  75.1  0.000000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.51 
 
 		 299 aa  74.7  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0401  integrase family protein  23.79 
 
 		 310 aa  72.8  0.000000000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_19920  tyrosine recombinase XerD  22.88 
 
 		 317 aa  72.4  0.00000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.210765  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.54 
 
 		 298 aa  72  0.00000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3465  integrase family protein  23.98 
 
 		 459 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1899  integrase family protein  23.98 
 
 		 459 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.430371  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  22.94 
 
 		 308 aa  70.5  0.00000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.77 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1674  tyrosine recombinase XerD  26.85 
 
 		 297 aa  69.7  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0517708  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  26.23 
 
 		 295 aa  69.7  0.00000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  25.7 
 
 		 297 aa  70.1  0.00000000007  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2366  MutL protein  26.27 
 
 		 469 aa  69.7  0.00000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00380657  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  25.77 
 
 		 296 aa  69.7  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7364  integrase domain protein SAM domain protein  25.71 
 
 		 397 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  25.53 
 
 		 295 aa  69.3  0.00000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53570  putative integrase  29.91 
 
 		 258 aa  69.3  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000326616  decreased coverage  0.0000890956 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.03 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.73 
 
 		 296 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  31.91 
 
 		 279 aa  68.2  0.0000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  25.22 
 
 		 314 aa  68.2  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0574  integrase family protein  25.08 
 
 		 295 aa  68.2  0.0000000002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.73 
 
 		 296 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  27.13 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1427  tyrosine recombinase XerD subunit  25.22 
 
 		 295 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.95 
 
 		 299 aa  67.8  0.0000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0676  tyrosine recombinase XerD subunit  25.51 
 
 		 296 aa  67.8  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1142  tyrosine recombinase XerD  24.46 
 
 		 295 aa  67.8  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.54 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.54 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.54 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.54 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.54 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0507  tyrosine recombinase XerD  28.65 
 
 		 339 aa  67.4  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.54 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.54 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  25.94 
 
 		 298 aa  67  0.0000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1466  Tn554-related, transposase A  26.35 
 
 		 370 aa  67  0.0000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000354684  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.95 
 
 		 299 aa  67  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.95 
 
 		 299 aa  67  0.0000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  30.59 
 
 		 296 aa  67  0.0000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1473  tyrosine recombinase XerD  25.53 
 
 		 296 aa  66.6  0.0000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.202075  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1297  phage integrase family protein  24.77 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000006  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.95 
 
 		 301 aa  66.6  0.0000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08760  tyrosine recombinase XerD  25.62 
 
 		 309 aa  66.2  0.0000000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.940341  unclonable  0.00000000128305 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00832  hypothetical protein  30.21 
 
 		 338 aa  66.2  0.0000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0428035  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.88 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00815  integrase for prophage  30.21 
 
 		 314 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0720843  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  24.12 
 
 		 295 aa  65.9  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2795  integrase family protein  29.69 
 
 		 350 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0861235  normal  0.105042 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.88 
 
 		 299 aa  65.9  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2110  phage integrase family protein  27.92 
 
 		 335 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.717737  hitchhiker  0.00928356 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2052  tyrosine recombinase XerD  26.67 
 
 		 296 aa  65.5  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2117  tyrosine recombinase XerD  28.35 
 
 		 298 aa  65.5  0.000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.815623  normal  0.0464222 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.88 
 
 		 299 aa  65.5  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0909  phage integrase family site specific recombinase  29.69 
 
 		 343 aa  65.5  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.046478  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  25.08 
 
 		 300 aa  65.1  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1819  integrase/recombinase XerD  23.96 
 
 		 295 aa  64.7  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.530175  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.88 
 
 		 299 aa  65.5  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.41 
 
 		 299 aa  65.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0537  tyrosine recombinase XerD subunit  32.14 
 
 		 302 aa  64.7  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  26.21 
 
 		 313 aa  64.7  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.41 
 
 		 299 aa  65.5  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1615  phage integrase family protein  27.49 
 
 		 368 aa  64.7  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0481425  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2689  tyrosine recombinase XerC  25.68 
 
 		 311 aa  64.3  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.147909 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1531  phage integrase family protein  24.39 
 
 		 311 aa  64.7  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.504949 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1118  tyrosine recombinase XerD  26.49 
 
 		 304 aa  63.9  0.000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  26.19 
 
 		 306 aa  63.5  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  29.95 
 
 		 302 aa  63.5  0.000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  27.08 
 
 		 305 aa  63.5  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1340  phage integrase family protein  30.48 
 
 		 339 aa  63.2  0.000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.755571  normal  0.273138 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0842  hypothetical protein  31.25 
 
 		 290 aa  63.2  0.000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2436  tyrosine recombinase XerD  25.55 
 
 		 305 aa  62.8  0.000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.578966 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  27.81 
 
 		 299 aa  62.8  0.00000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  34.43 
 
 		 310 aa  62.4  0.00000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  24.92 
 
 		 295 aa  62.8  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  24.92 
 
 		 295 aa  62.8  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3066  phage integrase  26.5 
 
 		 341 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2332  tyrosine recombinase XerD  29.86 
 
 		 292 aa  62.4  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2882  phage integrase  26 
 
 		 341 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.948794  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  27.83 
 
 		 295 aa  62  0.00000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3514  phage integrase family protein  28.04 
 
 		 336 aa  62  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.123025  normal  0.0375273 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>