More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1676 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_5438  Rhs family protein  59.56 
 
 		 1572 aa  1827    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196818  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1676  Rhs family protein  100 
 
 		 1586 aa  3259    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.143254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1751  Rhs family protein  77.61 
 
 		 1595 aa  2225    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2042  Rhs family protein  52.65 
 
 		 1576 aa  1503    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.901099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43100  putative Rhs family protein  51.04 
 
 		 1614 aa  1395    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0535223  normal  0.616257 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2563  YD repeat-containing protein  38.69 
 
 		 1611 aa  994    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2570  YD repeat-containing protein  37.09 
 
 		 1565 aa  791    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.332337  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2577  YD repeat-containing protein  37.09 
 
 		 1565 aa  791    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.328115  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0353  YD repeat-containing protein  30.62 
 
 		 1547 aa  436  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0435  YD repeat-containing protein  31.72 
 
 		 1527 aa  425  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00763231 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0368  YD repeat-containing protein  31 
 
 		 1520 aa  420  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268176  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2434  RHS protein  30.22 
 
 		 1348 aa  415  1e-114  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0460  YD repeat-containing protein  31.31 
 
 		 1551 aa  416  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.61036  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0384  YD repeat-containing protein  31.11 
 
 		 1550 aa  416  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.223676  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3550  Rhs family protein  29.77 
 
 		 1560 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.955949 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3481  YD repeat-containing protein  29.55 
 
 		 1586 aa  399  1e-109  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.130925  normal  0.269624 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6210  RHS protein  30.7 
 
 		 1421 aa  394  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0158165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2520  YD repeat-containing protein  30.6 
 
 		 1411 aa  392  1e-107  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0521301  normal  0.492732 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0648  Rhs family protein  29.95 
 
 		 1446 aa  389  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000723582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3788  YD repeat-containing protein  29.65 
 
 		 1554 aa  388  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0253716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4426  Rhs family protein  30.66 
 
 		 1362 aa  385  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.479042 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3108  rhs-related protein  29.6 
 
 		 1385 aa  379  1e-103  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.93941 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0572  YD repeat protein  30.93 
 
 		 1509 aa  376  1e-102  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.442069  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2615  YD repeat-containing protein  29.55 
 
 		 1400 aa  373  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.160506 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3881  YD repeat-containing protein  30.04 
 
 		 1386 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5681  RHS protein  29.28 
 
 		 1609 aa  367  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32860  Rhs family protein  30.25 
 
 		 1259 aa  367  1e-99  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.390343  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2740  YD repeat-containing protein  30.93 
 
 		 1602 aa  367  1e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4986  YD repeat-containing protein  29.94 
 
 		 1409 aa  365  4e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3519  YD repeat protein  29.3 
 
 		 1508 aa  364  6e-99  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0534715  normal  0.146276 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003490  Rhs family protein  27.83 
 
 		 1384 aa  358  3.9999999999999996e-97  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1283  YD repeat-containing protein  29.86 
 
 		 1531 aa  352  3e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.950777 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1422  YD repeat-containing protein  27.94 
 
 		 1197 aa  350  9e-95  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.645858  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8624  YD repeat protein  29.37 
 
 		 1528 aa  348  4e-94  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.165231  normal  0.776649 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2330  RHS protein  27.89 
 
 		 1573 aa  346  2e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.361613 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8635  YD repeat protein  29.17 
 
 		 1489 aa  341  7e-92  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.128218  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08820  Rhs family protein  28.96 
 
 		 1485 aa  340  1.9999999999999998e-91  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0271193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2355  YD repeat-containing protein  27.38 
 
 		 1494 aa  338  3.9999999999999995e-91  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3480  YD repeat-containing protein  28.66 
 
 		 1620 aa  338  5.999999999999999e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.219558 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0331  Rhs family protein  29.33 
 
 		 1568 aa  338  5.999999999999999e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4544  YD repeat protein  29.87 
 
 		 1488 aa  337  7e-91  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0377133  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3692  RHS/YD repeat-containing protein  28.4 
 
 		 1419 aa  337  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.333413  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1826  Rhs family protein  30.96 
 
 		 1429 aa  335  6e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.831768  normal  0.546607 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0333  RHS/YD repeat-containing protein  29.53 
 
 		 1418 aa  333  1e-89  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3178  type VI secretion system Vgr family protein  29.95 
 
 		 1981 aa  332  4e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.568675 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8640  YD repeat protein  28.12 
 
 		 1518 aa  331  6e-89  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.357358  normal  0.924086 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4990  YD repeat-containing protein  33.38 
 
 		 867 aa  331  7e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0403  YD repeat-containing protein  29.35 
 
 		 1390 aa  327  8.000000000000001e-88  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0347  YD repeat protein  29.42 
 
 		 1379 aa  325  3e-87  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6958  YD repeat protein  28.25 
 
 		 1495 aa  325  3e-87  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0165328  normal  0.66981 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0248  YD repeat protein  28.21 
 
 		 1434 aa  320  1e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.116954  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6085  YD repeat-containing protein  29.16 
 
 		 1410 aa  320  2e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.232268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0330  RHS/YD repeat-containing protein  29.01 
 
 		 1402 aa  317  8e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.581458  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0341  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  28.1 
 
 		 1527 aa  317  9.999999999999999e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2613  YD repeat-containing protein  31.53 
 
 		 866 aa  317  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.315185 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0321  Rhs family protein  28.1 
 
 		 1359 aa  315  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.73436  hitchhiker  0.000636537 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2081  YD repeat protein  28.7 
 
 		 1528 aa  314  7.999999999999999e-84  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.359432  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0410  YD repeat-containing protein  28.82 
 
 		 1189 aa  313  2e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0317  Rhs family protein  31.22 
 
 		 924 aa  312  2.9999999999999997e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.325486  normal  0.374096 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4085  RHS family protein, putative  27.07 
 
 		 1530 aa  311  8e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.572678  normal  0.0133781 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2813  YD repeat protein  29.07 
 
 		 1673 aa  311  8e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2818  YD repeat protein  29.07 
 
 		 1679 aa  308  4.0000000000000004e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4797  rhs-related transmembrane protein, YD repeat protein  27.55 
 
 		 1626 aa  306  2.0000000000000002e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3344  PAAR  29.25 
 
 		 1494 aa  303  2e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0030504  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5023  YD repeat-containing protein  29.25 
 
 		 1494 aa  303  2e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00366927  normal  0.185239 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2508  YD repeat-containing protein  26.13 
 
 		 1699 aa  298  4e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0105853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5261  YD repeat-containing protein  30.34 
 
 		 1487 aa  296  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.792751 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1171  rhsD protein  29.37 
 
 		 1543 aa  296  3e-78  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2806  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  29.37 
 
 		 1552 aa  295  3e-78  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05482  putative RHS-related transmembrane protein  30.05 
 
 		 1517 aa  295  4e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.489685  normal  0.876645 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4805  YD repeat-containing protein  28.88 
 
 		 1229 aa  293  1e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.739306  normal  0.809733 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0267  rhsD protein  26.31 
 
 		 1539 aa  291  5.0000000000000004e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3233  YD repeat protein  27.24 
 
 		 1639 aa  287  1.0000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.471244  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4951  YD repeat-containing protein  28.77 
 
 		 1495 aa  286  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.746977 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2104  rhsD protein  28.68 
 
 		 1593 aa  286  3.0000000000000004e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0967057  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2951  RhsD protein  25.75 
 
 		 1539 aa  285  4.0000000000000003e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1403  substrate-binding repeat-containing protein  27.12 
 
 		 1541 aa  272  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2570  YD repeat-containing protein  27.12 
 
 		 1541 aa  272  2.9999999999999997e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1322  substrate-binding repeat-containing protein  27.12 
 
 		 1541 aa  271  5.9999999999999995e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0084  YD repeat-containing protein  26.97 
 
 		 1352 aa  271  8.999999999999999e-71  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0509  YD repeat-containing protein  27.12 
 
 		 1541 aa  271  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0575036  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1059  YD repeat-containing protein  27.12 
 
 		 1541 aa  271  1e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0238  YD repeat-containing protein  27.12 
 
 		 1541 aa  271  1e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.691901  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1266  YD repeat-containing protein  27.12 
 
 		 1381 aa  268  5e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0698  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  25.67 
 
 		 1492 aa  263  3e-68  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.632091  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0145  YD repeat-/RHS repeat-containing protein  26.52 
 
 		 1150 aa  257  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1615  Rhs1 protein  26.51 
 
 		 1150 aa  257  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0168  Rhs1 protein  26.51 
 
 		 1150 aa  256  3e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1504  YD repeat protein  27.36 
 
 		 1457 aa  255  5.000000000000001e-66  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0766  YD repeat-containing protein  25.7 
 
 		 1466 aa  255  6e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.668703  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6684  YD repeat-containing protein  27.94 
 
 		 1149 aa  254  9.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.198743  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4580  YD repeat protein  25.63 
 
 		 1401 aa  251  9e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1434  YD repeat-containing protein  25.86 
 
 		 1553 aa  250  1e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.16383  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1609  YD repeat protein  27 
 
 		 1447 aa  250  1e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0420  YD repeat protein  27.31 
 
 		 1475 aa  249  2e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1160  YD repeat protein  26.92 
 
 		 1423 aa  250  2e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00301652  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0051  YD repeat protein  27.05 
 
 		 1437 aa  249  3e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3345  YD repeat-containing protein  27.72 
 
 		 1583 aa  248  4.9999999999999997e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.370886  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3959  hypothetical protein  31.18 
 
 		 1319 aa  247  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2838  YD repeat-containing protein  25.46 
 
 		 1654 aa  246  1.9999999999999999e-63  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0573188  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>