More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3663 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3663  diguanylate cyclase  100 
 
 		 362 aa  734    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.622797  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3858  diguanylate cyclase  80.39 
 
 		 362 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.870189  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0538  diguanylate cyclase  48.06 
 
 		 381 aa  344  2e-93  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0577  diguanylate cyclase  46.11 
 
 		 378 aa  323  4e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.299123  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  45.28 
 
 		 680 aa  135  8e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  38.83 
 
 		 413 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  37.17 
 
 		 492 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 411 aa  126  6e-28  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00176  diguanylate cyclase  38.69 
 
 		 354 aa  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1426  diguanylate cyclase  43.9 
 
 		 385 aa  124  3e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  38.86 
 
 		 408 aa  124  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  37.91 
 
 		 485 aa  123  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  39.88 
 
 		 424 aa  122  7e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2154  GGDEF  39.87 
 
 		 411 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2173  diguanylate cyclase  39.38 
 
 		 416 aa  122  9.999999999999999e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.355193 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 485 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  40.24 
 
 		 525 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 426 aa  120  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  39.23 
 
 		 485 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2041  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 317 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2067  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 317 aa  120  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  37.89 
 
 		 261 aa  120  4.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2157  diguanylate cyclase  40.26 
 
 		 559 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  hitchhiker  0.000000586134 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  40 
 
 		 1774 aa  119  7e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4400  diguanylate cyclase  41.51 
 
 		 681 aa  119  7.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.118889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  39.23 
 
 		 485 aa  119  9e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2525  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.15 
 
 		 464 aa  119  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.21158 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3384  diguanylate cyclase  39.87 
 
 		 563 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.667908 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1920  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 346 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1231  diguanylate cyclase  39.35 
 
 		 345 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2370  diguanylate cyclase  38.27 
 
 		 554 aa  117  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0276  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 486 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.36 
 
 		 769 aa  117  3e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1821  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 821 aa  117  3e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0280  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 486 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 485 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0272  diguanylate cyclase  37.08 
 
 		 486 aa  117  3e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 381 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1303  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 237 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 322 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.67 
 
 		 317 aa  116  5e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2262  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 430 aa  116  5e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0392628  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  36.87 
 
 		 220 aa  116  5e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  37.97 
 
 		 350 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0951  GGDEF domain-containing protein  36.21 
 
 		 694 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.75473  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0279  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 486 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00774453  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1128  diguanylate cyclase  39.22 
 
 		 563 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.716574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2036  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 381 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0190259 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3362  diguanylate cyclase  37.18 
 
 		 380 aa  115  8.999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  39.05 
 
 		 525 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.03 
 
 		 550 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  38.36 
 
 		 345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3203  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 569 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0987619 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.01 
 
 		 531 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 308 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3093  diguanylate cyclase  32.56 
 
 		 387 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 308 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  37.58 
 
 		 583 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  37.06 
 
 		 247 aa  114  2.0000000000000002e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  36.52 
 
 		 486 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2607  diguanylate cyclase  34.59 
 
 		 316 aa  114  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000143356  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  37.57 
 
 		 431 aa  114  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 397 aa  114  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.22 
 
 		 301 aa  114  3e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 405 aa  114  3e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3611  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 338 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4688  diguanylate cyclase  35.91 
 
 		 338 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.104473 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2240  diguanylate cyclase  36.61 
 
 		 758 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.365812 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2182  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.1 
 
 		 305 aa  113  5e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.724323  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2364  diguanylate cyclase  39.05 
 
 		 351 aa  113  6e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000850784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  42.48 
 
 		 411 aa  113  6e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.07 
 
 		 1000 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 312 aa  112  8.000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1205  diguanylate cyclase  36.9 
 
 		 371 aa  112  8.000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3816  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.81 
 
 		 797 aa  112  8.000000000000001e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.250791  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 321 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1109  diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 532 aa  112  9e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2046  diguanylate cyclase  40.27 
 
 		 438 aa  112  9e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.419907  normal  0.30363 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2884  diguanylate cyclase  31.09 
 
 		 316 aa  112  9e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000365079 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.33 
 
 		 578 aa  112  9e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  37.82 
 
 		 387 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_004310  BR1057  GGDEF domain-containing protein  39.63 
 
 		 264 aa  112  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  36.48 
 
 		 611 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  37.29 
 
 		 625 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.25 
 
 		 784 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.85 
 
 		 457 aa  112  1.0000000000000001e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  37.65 
 
 		 364 aa  111  2.0000000000000002e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  35.76 
 
 		 548 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  39.24 
 
 		 612 aa  111  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4122  diguanylate cyclase  37.25 
 
 		 395 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.302969  normal  0.519011 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2758  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.85 
 
 		 698 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4599  diguanylate cyclase  34.98 
 
 		 231 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.711309  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4283  diguanylate cyclase  31.46 
 
 		 480 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.6 
 
 		 438 aa  111  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.62 
 
 		 512 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2023  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.174701  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2527  diguanylate cyclase  40.65 
 
 		 381 aa  110  3e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.060153 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2488  diguanylate cyclase  40.36 
 
 		 429 aa  110  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.792877 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  37.66 
 
 		 355 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1761  diguanylate cyclase  39.43 
 
 		 339 aa  110  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>