234 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0736 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_0736  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 		 421 aa  861    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0972  extracellular solute-binding protein family 1  97.39 
 
 		 421 aa  842    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4136  extracellular solute-binding protein  51.95 
 
 		 424 aa  456  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.518326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0508  extracellular solute-binding protein family 1  50.24 
 
 		 421 aa  441  9.999999999999999e-123  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000506303  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0828  extracellular solute-binding protein  47.27 
 
 		 424 aa  419  1e-116  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.142269  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0531  extracellular solute-binding protein family 1  46.03 
 
 		 429 aa  372  1e-102  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3590  extracellular solute-binding protein  39.59 
 
 		 438 aa  297  3e-79  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000122441  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0917  extracellular solute-binding protein family 1  35.29 
 
 		 455 aa  255  8e-67  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.728334  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2733  extracellular solute-binding protein family 1  30.05 
 
 		 434 aa  174  2.9999999999999996e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0602915  normal  0.13145 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6112  extracellular solute-binding protein family 1  32.49 
 
 		 424 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6524  extracellular solute-binding protein family 1  32.59 
 
 		 424 aa  145  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.514278  normal  0.451088 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2031  extracellular solute-binding protein family 1  27.72 
 
 		 442 aa  144  4e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.298737 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3641  extracellular solute-binding protein  30.58 
 
 		 444 aa  143  5e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2808  extracellular solute-binding protein family 1  28.27 
 
 		 430 aa  137  5e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.512241 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1215  extracellular solute-binding protein family 1  23.08 
 
 		 446 aa  102  1e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000064062  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2862  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 467 aa  100  5e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6584  ABC transporter sugar binding protein  26.2 
 
 		 437 aa  100  6e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0101  extracellular solute-binding protein family 1  26.78 
 
 		 438 aa  98.2  2e-19  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.494877  normal  0.060225 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1099  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 		 420 aa  97.8  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000491601  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3222  extracellular solute-binding protein family 1  27.79 
 
 		 457 aa  96.7  7e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.950328  normal  0.818094 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0284  extracellular solute-binding protein family 1  25.94 
 
 		 410 aa  94  5e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0514987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06560  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.46 
 
 		 453 aa  93.2  8e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4419  extracellular solute-binding protein family 1  26.38 
 
 		 456 aa  91.7  2e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0921  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  27.7 
 
 		 458 aa  89  2e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0130  extracellular solute-binding protein  27.81 
 
 		 462 aa  88.2  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1008  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  28.43 
 
 		 449 aa  87.8  3e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3566  extracellular solute-binding protein family 1  27.37 
 
 		 434 aa  87  6e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0143758 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2845  extracellular solute-binding protein  25.81 
 
 		 424 aa  87  6e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.35811  normal  0.0339661 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0922  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  28.29 
 
 		 447 aa  85.9  0.000000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.755265  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2859  extracellular solute-binding protein  28.1 
 
 		 417 aa  84  0.000000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.511665  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2896  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 		 452 aa  83.6  0.000000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.034507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1879  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 		 452 aa  83.6  0.000000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.29051 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1064  extracellular solute-binding protein  25.19 
 
 		 480 aa  83.6  0.000000000000007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.075314 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03920  carbohydrate-binding protein  27.09 
 
 		 437 aa  80.5  0.00000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2574  extracellular solute-binding protein family 1  26.13 
 
 		 449 aa  79.3  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.316894  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0923  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  26.56 
 
 		 450 aa  77  0.0000000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.293658  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0381  extracellular solute-binding protein family 1  27.48 
 
 		 445 aa  76.3  0.000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.491759  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04270  extracellular solute-binding protein family 1  23.64 
 
 		 418 aa  75.5  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5330  extracellular solute-binding protein family 1  25.71 
 
 		 438 aa  73.2  0.000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489769  normal  0.341368 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1454  extracellular solute-binding protein family 1  23.08 
 
 		 445 aa  73.2  0.000000000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.71759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0393  extracellular solute-binding protein  26.8 
 
 		 434 aa  71.2  0.00000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0128577 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0048  extracellular solute-binding protein family 1  25.25 
 
 		 434 aa  70.5  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3308  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25 
 
 		 450 aa  70.9  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.190223 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  26.3 
 
 		 504 aa  68.9  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0966  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 		 392 aa  69.3  0.0000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000011003  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7173  sugar transport system (sugar-binding protein)  25.36 
 
 		 433 aa  68.6  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.119283 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19280  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.94 
 
 		 416 aa  68.2  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.147667  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  24.8 
 
 		 399 aa  68.2  0.0000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0984  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 		 392 aa  67.8  0.0000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000118485  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2644  extracellular solute-binding protein family 1  23.23 
 
 		 431 aa  67  0.0000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11600  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.48 
 
 		 444 aa  67  0.0000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.558288  normal  0.039331 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0842  extracellular solute-binding protein family 1  27.99 
 
 		 432 aa  66.6  0.0000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.516605 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2025  extracellular solute-binding protein family 1  24.18 
 
 		 434 aa  66.6  0.0000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165485  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1557  extracellular solute-binding protein  23.34 
 
 		 428 aa  65.9  0.000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.920193 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2818  extracellular solute-binding protein  22.87 
 
 		 488 aa  65.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.179577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1506  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 		 428 aa  66.2  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.629333  decreased coverage  0.000020483 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  23.55 
 
 		 415 aa  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0781  extracellular solute-binding protein  23.84 
 
 		 395 aa  65.1  0.000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000729506  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2546  extracellular solute-binding protein  22.6 
 
 		 488 aa  64.7  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.39868  normal  0.139719 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0310  extracellular solute-binding protein family 1  25.89 
 
 		 440 aa  65.1  0.000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0877495  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0069  twin-arginine translocation pathway signal  22.71 
 
 		 432 aa  64.3  0.000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  23.37 
 
 		 410 aa  63.9  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0596  extracellular solute-binding protein  23.89 
 
 		 390 aa  63.9  0.000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00439649  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0556  extracellular solute-binding protein family 1  24.77 
 
 		 430 aa  63.5  0.000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.71623 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0045  extracellular solute-binding protein family 1  23.98 
 
 		 414 aa  63.2  0.000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.713374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04070  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.38 
 
 		 444 aa  63.2  0.000000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1927  extracellular solute-binding protein family 1  26.03 
 
 		 439 aa  62.4  0.00000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4188  extracellular solute-binding protein family 1  24.24 
 
 		 454 aa  62.8  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.643354  normal  0.841697 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3808  extracellular solute-binding protein family 1  25.9 
 
 		 427 aa  61.2  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.750227 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4325  extracellular solute-binding protein family 1  21.01 
 
 		 454 aa  60.5  0.00000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1614  extracellular solute-binding protein  24.58 
 
 		 391 aa  60.1  0.00000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000159886  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4059  extracellular solute-binding protein family 1  23.53 
 
 		 440 aa  59.7  0.00000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2440  extracellular solute-binding protein  24.17 
 
 		 440 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0811647  decreased coverage  0.000336324 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0411  extracellular solute-binding protein family 1  25.11 
 
 		 449 aa  59.3  0.0000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.439626  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1762  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  26.84 
 
 		 438 aa  59.3  0.0000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.0000740157  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3387  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 		 447 aa  58.5  0.0000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.278202  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0310  extracellular solute-binding protein family 1  21.53 
 
 		 443 aa  58.9  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1229  extracellular solute-binding protein  22.33 
 
 		 461 aa  57.8  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0257979  normal  0.868479 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3304  extracellular solute-binding protein family 1  23.23 
 
 		 441 aa  58.2  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753481 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1552  extracellular solute-binding protein  24.15 
 
 		 391 aa  58.2  0.0000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000398035  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3964  extracellular solute-binding protein family 1  24.72 
 
 		 435 aa  58.2  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.340566  normal  0.592754 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1698  extracellular solute-binding protein family 1  24.71 
 
 		 447 aa  57.8  0.0000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  23.14 
 
 		 410 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2365  extracellular solute-binding protein family 1  25.56 
 
 		 416 aa  57.4  0.0000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.618021 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2714  extracellular solute-binding protein family 1  24.63 
 
 		 414 aa  57.4  0.0000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.36636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1750  extracellular solute-binding protein family 1  24.19 
 
 		 448 aa  57.4  0.0000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000348272 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04000  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.9 
 
 		 445 aa  56.6  0.0000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1773  extracellular solute-binding protein family 1  25.81 
 
 		 465 aa  56.6  0.0000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.504545  normal  0.290135 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0934  putative solute binding lipoprotein  25 
 
 		 432 aa  55.8  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.46058  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  25.48 
 
 		 424 aa  55.8  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3775  extracellular solute-binding protein family 1  22.73 
 
 		 459 aa  56.2  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.137854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2716  extracellular solute-binding protein  24.79 
 
 		 433 aa  55.8  0.000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.835001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7341  sugar ABC transporter sugar-binding protein  25.44 
 
 		 426 aa  55.8  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5459  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 		 422 aa  55.8  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1785  extracellular solute-binding protein family 1  26.87 
 
 		 424 aa  55.5  0.000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.155279  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1891  extracellular solute-binding protein family 1  23.05 
 
 		 447 aa  55.5  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276259 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2451  extracellular solute-binding protein family 1  29.29 
 
 		 449 aa  55.5  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.135643  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0523  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 		 416 aa  55.1  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0116  extracellular solute-binding protein  24.63 
 
 		 420 aa  55.1  0.000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2707  mannitol ABC transporter, periplasmic mannitol-binding protein  23.53 
 
 		 440 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.069342  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>