More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7341 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011368  Rleg2_5331  extracellular solute-binding protein family 1  80.52 
 
 
424 aa  715    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7341  sugar ABC transporter sugar-binding protein  100 
 
 
426 aa  869    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5048  extracellular solute-binding protein family 1  79.34 
 
 
424 aa  696    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.133709  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0291  extracellular solute-binding protein  40.2 
 
 
449 aa  312  6.999999999999999e-84  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3566  extracellular solute-binding protein family 1  35.22 
 
 
426 aa  255  1.0000000000000001e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3808  extracellular solute-binding protein family 1  36.43 
 
 
427 aa  244  1.9999999999999999e-63  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.750227 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2920  extracellular solute-binding protein family 1  32.32 
 
 
424 aa  237  3e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29010  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29 
 
 
434 aa  186  9e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0529  extracellular solute-binding protein  29.22 
 
 
464 aa  124  3e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.361956  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1392  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 
449 aa  93.2  8e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000859872  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  26.9 
 
 
504 aa  89.7  9e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4988  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 
414 aa  88.2  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.601947  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0828  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 
424 aa  87  6e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.142269  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0381  extracellular solute-binding protein family 1  24.24 
 
 
421 aa  85.1  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2571  extracellular solute-binding protein  23.84 
 
 
417 aa  85.5  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0719  extracellular solute-binding protein family 1  27.49 
 
 
413 aa  84  0.000000000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0236757  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1899  extracellular solute-binding protein, putative  25.75 
 
 
416 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.41529  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1634  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  25.75 
 
 
416 aa  82.8  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4984  extracellular solute-binding protein family 1  24.02 
 
 
432 aa  81.6  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000108283  decreased coverage  0.000897425 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1355  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 
422 aa  80.5  0.00000000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.120515 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4136  extracellular solute-binding protein  28.53 
 
 
424 aa  80.5  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.518326  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1680  extracellular solute-binding protein family 1  27.95 
 
 
430 aa  78.2  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.173253  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2683  extracellular solute-binding protein family 1  25.8 
 
 
446 aa  76.6  0.0000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  23.68 
 
 
427 aa  76.3  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3240  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 
434 aa  76.3  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0508  extracellular solute-binding protein family 1  24.71 
 
 
421 aa  75.9  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000506303  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2315  extracellular solute-binding protein family 1  23.88 
 
 
503 aa  75.5  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2999  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 
419 aa  75.5  0.000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.662901  hitchhiker  0.0000395876 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1008  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  23.53 
 
 
449 aa  74.7  0.000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5349  extracellular solute-binding protein family 1  25.28 
 
 
406 aa  74.7  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.535832 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0075  extracellular solute-binding protein family 1  24.61 
 
 
441 aa  74.7  0.000000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1152  extracellular solute-binding protein  25.76 
 
 
393 aa  73.9  0.000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0401617  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  23.48 
 
 
423 aa  73.9  0.000000000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25 
 
 
407 aa  73.9  0.000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1215  extracellular solute-binding protein family 1  25.71 
 
 
446 aa  73.2  0.000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000064062  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2164  extracellular solute-binding protein family 1  27.43 
 
 
435 aa  73.2  0.000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0399  extracellular solute-binding protein family 1  24.27 
 
 
408 aa  72.4  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000195685  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0144  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
403 aa  72.4  0.00000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.442205  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00880  ABC transporter sugar binding protein  22.31 
 
 
440 aa  71.6  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.106592  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1895  extracellular solute-binding protein  27.15 
 
 
445 aa  72  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.854658  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1607  ABC transporter sugar-binding protein  23.21 
 
 
430 aa  71.2  0.00000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1550  extracellular solute-binding protein  23.51 
 
 
430 aa  71.2  0.00000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7590  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  24.02 
 
 
447 aa  71.2  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4883  extracellular solute-binding protein family 1  24.8 
 
 
436 aa  71.6  0.00000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.504344  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 
420 aa  71.6  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3957  extracellular solute-binding protein family 1  26.46 
 
 
432 aa  70.9  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7906  extracellular solute-binding protein family 1  23.69 
 
 
420 aa  69.3  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.819994  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1529  extracellular solute-binding protein  23.95 
 
 
439 aa  69.7  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0434  extracellular solute-binding protein  26.3 
 
 
452 aa  69.3  0.0000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.396307 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0101  extracellular solute-binding protein family 1  25.85 
 
 
438 aa  68.9  0.0000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.494877  normal  0.060225 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  25.06 
 
 
437 aa  68.9  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0531  extracellular solute-binding protein family 1  26.13 
 
 
429 aa  67.8  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  24.32 
 
 
422 aa  67.4  0.0000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2474  extracellular solute-binding protein family 1  22.28 
 
 
484 aa  67.8  0.0000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000108946  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5802  extracellular solute-binding protein family 1  25.54 
 
 
444 aa  67  0.0000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0809589 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2031  extracellular solute-binding protein family 1  27.71 
 
 
442 aa  67.4  0.0000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.298737 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0780  extracellular solute-binding protein  25.43 
 
 
436 aa  67  0.0000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3430  extracellular solute-binding protein family 1  27.22 
 
 
415 aa  67  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1588  extracellular solute-binding protein  24.7 
 
 
452 aa  67  0.0000000007  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  25.14 
 
 
415 aa  67  0.0000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0795  extracellular solute-binding protein family 1  29.66 
 
 
460 aa  66.6  0.0000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.215252  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 
419 aa  66.6  0.0000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2194  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 
414 aa  65.9  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00903267  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  24.38 
 
 
495 aa  66.2  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2818  extracellular solute-binding protein  30.92 
 
 
488 aa  65.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.179577  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12078  sugar-binding lipoprotein  25.39 
 
 
439 aa  65.9  0.000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1655  extracellular solute-binding protein family 1  23.58 
 
 
425 aa  66.2  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.186521  normal  0.186231 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3590  extracellular solute-binding protein  24.72 
 
 
438 aa  66.2  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000122441  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2267  extracellular solute-binding protein family 1  22.67 
 
 
445 aa  65.5  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00064551 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3027  extracellular solute-binding protein  26.72 
 
 
467 aa  65.1  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3895  extracellular solute-binding protein  23.38 
 
 
433 aa  65.5  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4632  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 
419 aa  65.1  0.000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.448727  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1392  extracellular solute-binding protein family 1  25.16 
 
 
445 aa  65.5  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2546  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 
488 aa  65.1  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.39868  normal  0.139719 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2808  extracellular solute-binding protein family 1  24.48 
 
 
430 aa  64.7  0.000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.512241 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0751  extracellular solute-binding protein  34.92 
 
 
411 aa  64.7  0.000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0314212  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 
419 aa  64.7  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000866815 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  26 
 
 
430 aa  64.7  0.000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0045  extracellular solute-binding protein family 1  25.34 
 
 
414 aa  63.9  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.713374  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4325  extracellular solute-binding protein family 1  25.68 
 
 
454 aa  63.9  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0923  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  23.38 
 
 
450 aa  63.9  0.000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.293658  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_3106  ABC transporter, substrate binding periplasmic component  24.09 
 
 
408 aa  63.9  0.000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4978  extracellular solute-binding protein family 1  24.32 
 
 
437 aa  63.5  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.346425  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4577  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 
419 aa  63.9  0.000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00216886 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 
420 aa  63.9  0.000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5658  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 
420 aa  63.9  0.000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0866592  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17020  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.58 
 
 
431 aa  63.5  0.000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.00301962  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0614  extracellular solute-binding protein family 1  23.9 
 
 
435 aa  63.9  0.000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5738  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.67 
 
 
452 aa  63.5  0.000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.599702  normal  0.0824986 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04610  extracellular solute-binding protein family 1  23.96 
 
 
431 aa  63.5  0.000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1099  extracellular solute-binding protein  22.06 
 
 
457 aa  63.5  0.000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0200  extracellular solute-binding protein family 1  25.46 
 
 
441 aa  63.5  0.000000007  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 
415 aa  63.2  0.000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05090  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  21.29 
 
 
430 aa  63.2  0.000000009  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3149  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
427 aa  63.2  0.000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 
428 aa  63.2  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2870  extracellular solute-binding protein  25.85 
 
 
447 aa  62.8  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3119  extracellular solute-binding protein family 1  27.83 
 
 
428 aa  62.8  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  23.82 
 
 
424 aa  62.4  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3459  extracellular solute-binding protein family 1  28.89 
 
 
458 aa  62.8  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.725469  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>