More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bfae_04000 on replicon NC_013172
Organism: Brachybacterium faecium DSM 4810



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013172  Bfae_04000  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  100 
 
 		 445 aa  889    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03920  carbohydrate-binding protein  56.78 
 
 		 437 aa  511  1e-143  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0310  extracellular solute-binding protein family 1  54.85 
 
 		 440 aa  486  1e-136  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0877495  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5099  extracellular solute-binding protein family 1  38.63 
 
 		 444 aa  303  5.000000000000001e-81  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.291523  normal  0.0224239 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17020  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  39.71 
 
 		 431 aa  283  4.0000000000000003e-75  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.00301962  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0048  extracellular solute-binding protein family 1  33.98 
 
 		 434 aa  244  3e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0381  extracellular solute-binding protein family 1  36.91 
 
 		 445 aa  241  2e-62  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.491759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06560  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  33.6 
 
 		 453 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3304  extracellular solute-binding protein family 1  32.68 
 
 		 441 aa  194  4e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753481 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1927  extracellular solute-binding protein family 1  32.24 
 
 		 439 aa  192  1e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1454  extracellular solute-binding protein family 1  34.51 
 
 		 445 aa  191  2.9999999999999997e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.71759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2574  extracellular solute-binding protein family 1  30.15 
 
 		 449 aa  175  9.999999999999999e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.316894  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1762  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  32.38 
 
 		 438 aa  168  2e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.0000740157  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1008  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  32.14 
 
 		 449 aa  166  9e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0101  extracellular solute-binding protein family 1  32.5 
 
 		 438 aa  160  3e-38  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.494877  normal  0.060225 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4188  extracellular solute-binding protein family 1  34.96 
 
 		 454 aa  160  4e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.643354  normal  0.841697 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04070  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  31.34 
 
 		 444 aa  160  4e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0921  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  29.58 
 
 		 458 aa  160  5e-38  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0923  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  31.78 
 
 		 450 aa  159  1e-37  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.293658  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4419  extracellular solute-binding protein family 1  29.38 
 
 		 456 aa  156  7e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4059  extracellular solute-binding protein family 1  30.37 
 
 		 440 aa  151  2e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0922  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  29.02 
 
 		 447 aa  147  5e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.755265  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1064  extracellular solute-binding protein  28.06 
 
 		 480 aa  140  3.9999999999999997e-32  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.075314 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6584  ABC transporter sugar binding protein  27.59 
 
 		 437 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2031  extracellular solute-binding protein family 1  26.72 
 
 		 442 aa  114  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.298737 
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3222  extracellular solute-binding protein family 1  27.08 
 
 		 457 aa  112  2.0000000000000002e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.950328  normal  0.818094 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2896  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 		 452 aa  108  2e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.034507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1879  extracellular solute-binding protein  28.3 
 
 		 452 aa  105  1e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.29051 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2733  extracellular solute-binding protein family 1  28.12 
 
 		 434 aa  103  8e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0602915  normal  0.13145 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11600  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.08 
 
 		 444 aa  100  5e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.558288  normal  0.039331 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2025  extracellular solute-binding protein family 1  26.53 
 
 		 434 aa  99.8  1e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165485  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2862  extracellular solute-binding protein family 1  26.98 
 
 		 467 aa  98.6  2e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  26.35 
 
 		 410 aa  89.4  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3308  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.91 
 
 		 450 aa  88.2  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.190223 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3641  extracellular solute-binding protein  25.78 
 
 		 444 aa  85.9  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1215  extracellular solute-binding protein family 1  24.58 
 
 		 446 aa  84.3  0.000000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000064062  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2644  extracellular solute-binding protein family 1  24.46 
 
 		 431 aa  83.6  0.000000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  26.27 
 
 		 410 aa  83.6  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6524  extracellular solute-binding protein family 1  23.67 
 
 		 424 aa  83.2  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.514278  normal  0.451088 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0284  extracellular solute-binding protein family 1  25.45 
 
 		 410 aa  82.4  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0514987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5330  extracellular solute-binding protein family 1  23.96 
 
 		 438 aa  82.8  0.00000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489769  normal  0.341368 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  25.42 
 
 		 410 aa  80.1  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0393  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 434 aa  79.7  0.0000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0128577 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04270  extracellular solute-binding protein family 1  24.84 
 
 		 418 aa  78.2  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1785  extracellular solute-binding protein family 1  25.9 
 
 		 424 aa  78.6  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.155279  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6112  extracellular solute-binding protein family 1  22.73 
 
 		 424 aa  78.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2808  extracellular solute-binding protein family 1  25.29 
 
 		 430 aa  76.6  0.0000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.512241 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3983  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 		 456 aa  76.6  0.0000000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0556  extracellular solute-binding protein family 1  27.58 
 
 		 430 aa  74.7  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.71623 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4136  extracellular solute-binding protein  26.68 
 
 		 424 aa  74.7  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.518326  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19280  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.58 
 
 		 416 aa  73.6  0.000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.147667  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0934  putative solute binding lipoprotein  25.78 
 
 		 432 aa  72.8  0.00000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.46058  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1099  extracellular solute-binding protein  23.95 
 
 		 420 aa  72  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000491601  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2859  extracellular solute-binding protein  24.61 
 
 		 417 aa  72  0.00000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.511665  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7725  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.22 
 
 		 420 aa  72.4  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0842  extracellular solute-binding protein family 1  22.93 
 
 		 432 aa  71.6  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.516605 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2315  extracellular solute-binding protein  28.3 
 
 		 455 aa  70.5  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.271919 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6282  extracellular solute-binding protein family 1  23.63 
 
 		 433 aa  70.5  0.00000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2845  extracellular solute-binding protein  22.4 
 
 		 424 aa  70.9  0.00000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.35811  normal  0.0339661 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0531  extracellular solute-binding protein family 1  26.04 
 
 		 429 aa  70.1  0.00000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0508  extracellular solute-binding protein family 1  24.93 
 
 		 421 aa  69.7  0.00000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000506303  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7173  sugar transport system (sugar-binding protein)  23.6 
 
 		 433 aa  70.1  0.00000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.119283 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3566  extracellular solute-binding protein family 1  24.39 
 
 		 434 aa  69.3  0.0000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0143758 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3590  extracellular solute-binding protein  24.8 
 
 		 438 aa  69.3  0.0000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000122441  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0828  extracellular solute-binding protein  24.53 
 
 		 424 aa  68.6  0.0000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.142269  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  24.2 
 
 		 403 aa  67.8  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1557  extracellular solute-binding protein  24.94 
 
 		 428 aa  68.2  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.920193 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1882  extracellular solute-binding protein family 1  25.06 
 
 		 446 aa  67.8  0.0000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.822809 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1506  extracellular solute-binding protein  25.49 
 
 		 428 aa  67.4  0.0000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.629333  decreased coverage  0.000020483 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.52 
 
 		 426 aa  66.2  0.000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0399  extracellular solute-binding protein family 1  24.42 
 
 		 430 aa  65.1  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2418  extracellular solute-binding protein family 1  28.79 
 
 		 447 aa  63.2  0.000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  23.1 
 
 		 504 aa  62.4  0.00000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4488  extracellular solute-binding protein family 1  31.02 
 
 		 434 aa  62.8  0.00000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.395657  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_07450  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.85 
 
 		 464 aa  62.4  0.00000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0358  extracellular solute-binding protein family 1  30.21 
 
 		 441 aa  62  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0719  extracellular solute-binding protein family 1  26.84 
 
 		 413 aa  61.6  0.00000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0236757  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0736  extracellular solute-binding protein family 1  24.18 
 
 		 421 aa  61.6  0.00000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0972  extracellular solute-binding protein family 1  24.18 
 
 		 421 aa  61.2  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0340  extracellular solute-binding protein  26.01 
 
 		 419 aa  61.2  0.00000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1099  extracellular solute-binding protein  22.61 
 
 		 457 aa  60.5  0.00000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0322  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 419 aa  60.5  0.00000007  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1105  extracellular solute-binding protein family 1  35.51 
 
 		 443 aa  60.1  0.00000009  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.698754  normal  0.0706181 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01550  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.03 
 
 		 438 aa  59.3  0.0000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0203  extracellular solute-binding protein family 1  28.02 
 
 		 441 aa  59.3  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.346278  normal  0.123927 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  32.92 
 
 		 424 aa  59.7  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4040  extracellular solute-binding protein family 1  25.31 
 
 		 434 aa  59.7  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  23.45 
 
 		 399 aa  59.3  0.0000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1060  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  25.24 
 
 		 408 aa  58.5  0.0000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.065415  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1846  extracellular solute-binding protein family 1  25.58 
 
 		 425 aa  58.5  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.169612  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3557  extracellular solute-binding protein family 1  28.85 
 
 		 458 aa  58.9  0.0000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2553  extracellular solute-binding protein family 1  23.97 
 
 		 432 aa  58.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.964139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1494  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.7 
 
 		 438 aa  58.2  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1371  extracellular solute-binding protein family 1  29.86 
 
 		 438 aa  58.2  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1736  extracellular solute-binding protein family 1  26.19 
 
 		 435 aa  58.2  0.0000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.395658  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0721  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 		 437 aa  57.8  0.0000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.540981  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  27.06 
 
 		 427 aa  57.4  0.0000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4955  extracellular solute-binding protein family 1  24.14 
 
 		 458 aa  57.4  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.117227  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3775  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 		 459 aa  57.4  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.137854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0289  extracellular solute-binding protein  28.4 
 
 		 437 aa  57.4  0.0000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000019091  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>