More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_1879 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_2896  extracellular solute-binding protein  98 
 
 		 452 aa  899    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.034507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1879  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 452 aa  915    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.29051 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04270  extracellular solute-binding protein family 1  39.68 
 
 		 418 aa  257  3e-67  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0284  extracellular solute-binding protein family 1  35.09 
 
 		 410 aa  225  2e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0514987  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2031  extracellular solute-binding protein family 1  33.12 
 
 		 442 aa  224  2e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.298737 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1099  extracellular solute-binding protein  32.19 
 
 		 420 aa  213  7e-54  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000491601  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2859  extracellular solute-binding protein  33 
 
 		 417 aa  200  3e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.511665  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2733  extracellular solute-binding protein family 1  32.57 
 
 		 434 aa  195  1e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0602915  normal  0.13145 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3641  extracellular solute-binding protein  32.94 
 
 		 444 aa  189  8e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2644  extracellular solute-binding protein family 1  30.82 
 
 		 431 aa  179  7e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0842  extracellular solute-binding protein family 1  31.23 
 
 		 432 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.516605 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1785  extracellular solute-binding protein family 1  33.6 
 
 		 424 aa  162  1e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.155279  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5459  extracellular solute-binding protein  30.44 
 
 		 422 aa  157  3e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2862  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 		 467 aa  151  3e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5330  extracellular solute-binding protein family 1  28.23 
 
 		 438 aa  149  7e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489769  normal  0.341368 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2845  extracellular solute-binding protein  27.98 
 
 		 424 aa  149  9e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.35811  normal  0.0339661 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0130  extracellular solute-binding protein  29.32 
 
 		 462 aa  148  2.0000000000000003e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2399  extracellular solute-binding protein family 1  29.59 
 
 		 433 aa  146  6e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00275508 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6584  ABC transporter sugar binding protein  28.38 
 
 		 437 aa  143  5e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6112  extracellular solute-binding protein family 1  31.61 
 
 		 424 aa  141  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6524  extracellular solute-binding protein family 1  31.67 
 
 		 424 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.514278  normal  0.451088 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2808  extracellular solute-binding protein family 1  31.61 
 
 		 430 aa  139  1e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.512241 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19280  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.54 
 
 		 416 aa  138  2e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.147667  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0556  extracellular solute-binding protein family 1  28.07 
 
 		 430 aa  137  3.0000000000000003e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.71623 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1008  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  30.23 
 
 		 449 aa  135  9.999999999999999e-31  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3308  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  31.72 
 
 		 450 aa  132  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.190223 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3566  extracellular solute-binding protein family 1  28.24 
 
 		 434 aa  130  3e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0143758 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06941  ABC-type sugar transport system periplasmic protein  34.4 
 
 		 229 aa  130  5.0000000000000004e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08420  carbohydrate-binding protein  28.6 
 
 		 438 aa  130  7.000000000000001e-29  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.837516  normal  0.172242 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0923  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  29.89 
 
 		 450 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.293658  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1736  extracellular solute-binding protein family 1  29.64 
 
 		 435 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.395658  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0934  putative solute binding lipoprotein  29 
 
 		 432 aa  127  3e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.46058  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3222  extracellular solute-binding protein family 1  26.16 
 
 		 457 aa  127  4.0000000000000003e-28  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.950328  normal  0.818094 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1882  extracellular solute-binding protein family 1  28.06 
 
 		 446 aa  126  6e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.822809 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7173  sugar transport system (sugar-binding protein)  26.61 
 
 		 433 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.119283 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1891  extracellular solute-binding protein family 1  28.65 
 
 		 447 aa  125  2e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276259 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1557  extracellular solute-binding protein  32.55 
 
 		 428 aa  124  5e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.920193 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0393  extracellular solute-binding protein  29.83 
 
 		 434 aa  122  9.999999999999999e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0128577 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2837  extracellular solute-binding protein family 1  28.95 
 
 		 441 aa  121  1.9999999999999998e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0236558  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1506  extracellular solute-binding protein  32.16 
 
 		 428 aa  120  3.9999999999999996e-26  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.629333  decreased coverage  0.000020483 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1435  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.93 
 
 		 435 aa  117  3e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0110058  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03920  carbohydrate-binding protein  29.46 
 
 		 437 aa  117  3e-25  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0101  extracellular solute-binding protein family 1  28.15 
 
 		 438 aa  117  6e-25  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.494877  normal  0.060225 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0922  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  27.52 
 
 		 447 aa  116  7.999999999999999e-25  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.755265  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2025  extracellular solute-binding protein family 1  25.06 
 
 		 434 aa  116  8.999999999999998e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165485  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06560  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.33 
 
 		 453 aa  113  8.000000000000001e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1957  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 		 446 aa  110  4.0000000000000004e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000130159  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0399  extracellular solute-binding protein family 1  25.56 
 
 		 430 aa  110  7.000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1454  extracellular solute-binding protein family 1  25.55 
 
 		 445 aa  110  7.000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.71759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1215  extracellular solute-binding protein family 1  25.24 
 
 		 446 aa  108  1e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000064062  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2574  extracellular solute-binding protein family 1  27.61 
 
 		 449 aa  108  2e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.316894  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6282  extracellular solute-binding protein family 1  30.43 
 
 		 433 aa  107  4e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3964  extracellular solute-binding protein family 1  28.92 
 
 		 435 aa  106  7e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.340566  normal  0.592754 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0921  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  28.19 
 
 		 458 aa  104  3e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0310  extracellular solute-binding protein family 1  26.72 
 
 		 440 aa  103  5e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0877495  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11600  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.46 
 
 		 444 aa  102  1e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.558288  normal  0.039331 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 		 399 aa  101  3e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0531  extracellular solute-binding protein family 1  25.17 
 
 		 429 aa  98.6  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4419  extracellular solute-binding protein family 1  26.8 
 
 		 456 aa  98.6  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3590  extracellular solute-binding protein  25.92 
 
 		 438 aa  96.7  7e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000122441  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  26.62 
 
 		 424 aa  96.3  1e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1927  extracellular solute-binding protein family 1  23.48 
 
 		 439 aa  94.4  4e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1064  extracellular solute-binding protein  24.6 
 
 		 480 aa  94.4  4e-18  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.075314 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04000  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.42 
 
 		 445 aa  93.2  8e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0514  extracellular solute-binding protein family 1  25.33 
 
 		 426 aa  92.8  1e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0508  extracellular solute-binding protein family 1  26.17 
 
 		 421 aa  91.7  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000506303  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  24.51 
 
 		 504 aa  89.7  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0381  extracellular solute-binding protein family 1  23.56 
 
 		 445 aa  89  1e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.491759  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1941  sugar ABC transporter, sugar-binding protein, putative  24.21 
 
 		 434 aa  87.4  4e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2611  extracellular solute-binding protein family 1  27.38 
 
 		 450 aa  86.7  9e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.606136  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06942  hypothetical protein  38.02 
 
 		 157 aa  84.7  0.000000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4136  extracellular solute-binding protein  26.57 
 
 		 424 aa  84  0.000000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.518326  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0736  extracellular solute-binding protein family 1  24.62 
 
 		 421 aa  83.2  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0972  extracellular solute-binding protein family 1  23.87 
 
 		 421 aa  79.3  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0828  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 		 424 aa  78.6  0.0000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.142269  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2112  extracellular solute-binding protein family 1  23.68 
 
 		 449 aa  78.2  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0884714  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5099  extracellular solute-binding protein family 1  23.79 
 
 		 444 aa  77.8  0.0000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.291523  normal  0.0224239 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4059  extracellular solute-binding protein family 1  26.95 
 
 		 440 aa  77.8  0.0000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0048  extracellular solute-binding protein family 1  24.02 
 
 		 434 aa  77.8  0.0000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  26.43 
 
 		 435 aa  76.6  0.0000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0917  extracellular solute-binding protein family 1  23.46 
 
 		 455 aa  76.3  0.000000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.728334  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2818  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 		 488 aa  75.9  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.179577  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  25.6 
 
 		 430 aa  75.5  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3149  extracellular solute-binding protein  23.27 
 
 		 427 aa  73.2  0.000000000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0411  extracellular solute-binding protein family 1  24.39 
 
 		 449 aa  73.2  0.000000000009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.439626  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3572  extracellular solute-binding protein family 1  26.46 
 
 		 427 aa  72  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.405751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0523  extracellular solute-binding protein  30.34 
 
 		 416 aa  71.2  0.00000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4621  extracellular solute-binding protein family 1  27.44 
 
 		 413 aa  71.2  0.00000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  23.44 
 
 		 411 aa  70.9  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1846  extracellular solute-binding protein family 1  24.05 
 
 		 425 aa  69.3  0.0000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.169612  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7725  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  27.3 
 
 		 420 aa  68.9  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2703  extracellular solute-binding protein family 1  24 
 
 		 450 aa  68.2  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000263225  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25 
 
 		 426 aa  68.2  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2546  extracellular solute-binding protein  27.88 
 
 		 488 aa  67.4  0.0000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.39868  normal  0.139719 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  26.26 
 
 		 437 aa  67  0.0000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3683  extracellular solute-binding protein  24.83 
 
 		 432 aa  65.9  0.000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0793  extracellular solute-binding protein family 1  28.92 
 
 		 442 aa  65.1  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0145438 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2315  extracellular solute-binding protein family 1  27.03 
 
 		 503 aa  64.7  0.000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17020  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.93 
 
 		 431 aa  63.9  0.000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.00301962  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3329  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 		 431 aa  63.9  0.000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0332045  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>