More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_06560 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_06560  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  100 
 
 		 453 aa  912    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2574  extracellular solute-binding protein family 1  46.39 
 
 		 449 aa  399  9.999999999999999e-111  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.316894  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4419  extracellular solute-binding protein family 1  44.87 
 
 		 456 aa  358  8e-98  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0101  extracellular solute-binding protein family 1  41.11 
 
 		 438 aa  331  2e-89  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.494877  normal  0.060225 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0923  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  39.26 
 
 		 450 aa  320  5e-86  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.293658  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0922  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  36.85 
 
 		 447 aa  277  3e-73  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.755265  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0921  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  35.4 
 
 		 458 aa  268  1e-70  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1008  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  33.04 
 
 		 449 aa  246  4e-64  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0048  extracellular solute-binding protein family 1  35.66 
 
 		 434 aa  247  4e-64  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1064  extracellular solute-binding protein  30.54 
 
 		 480 aa  245  9.999999999999999e-64  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.075314 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03920  carbohydrate-binding protein  34.22 
 
 		 437 aa  245  9.999999999999999e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1454  extracellular solute-binding protein family 1  34.59 
 
 		 445 aa  235  1.0000000000000001e-60  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.71759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1927  extracellular solute-binding protein family 1  32.59 
 
 		 439 aa  226  6e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0310  extracellular solute-binding protein family 1  32.72 
 
 		 440 aa  224  3e-57  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0877495  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0381  extracellular solute-binding protein family 1  33.49 
 
 		 445 aa  199  7e-50  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.491759  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4059  extracellular solute-binding protein family 1  32.07 
 
 		 440 aa  197  2.0000000000000003e-49  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04000  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  34.6 
 
 		 445 aa  192  1e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3304  extracellular solute-binding protein family 1  30.05 
 
 		 441 aa  180  5.999999999999999e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753481 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17020  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  30.2 
 
 		 431 aa  178  1e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.00301962  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5099  extracellular solute-binding protein family 1  31.95 
 
 		 444 aa  177  3e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.291523  normal  0.0224239 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04070  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  31.11 
 
 		 444 aa  169  1e-40  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4188  extracellular solute-binding protein family 1  30.35 
 
 		 454 aa  166  9e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.643354  normal  0.841697 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1762  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  28.45 
 
 		 438 aa  145  2e-33  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.0000740157  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3222  extracellular solute-binding protein family 1  29.38 
 
 		 457 aa  123  5e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.950328  normal  0.818094 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2733  extracellular solute-binding protein family 1  28.36 
 
 		 434 aa  121  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0602915  normal  0.13145 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2031  extracellular solute-binding protein family 1  26.16 
 
 		 442 aa  119  7.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.298737 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6112  extracellular solute-binding protein family 1  28.42 
 
 		 424 aa  116  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6524  extracellular solute-binding protein family 1  27.89 
 
 		 424 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.514278  normal  0.451088 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2862  extracellular solute-binding protein family 1  26.55 
 
 		 467 aa  113  6e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2808  extracellular solute-binding protein family 1  28.53 
 
 		 430 aa  111  3e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.512241 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4136  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 		 424 aa  107  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.518326  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  29.22 
 
 		 504 aa  105  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1879  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 		 452 aa  103  9e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.29051 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0508  extracellular solute-binding protein family 1  27.12 
 
 		 421 aa  101  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000506303  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2896  extracellular solute-binding protein  28.14 
 
 		 452 aa  101  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.034507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7173  sugar transport system (sugar-binding protein)  25.85 
 
 		 433 aa  100  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.119283 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1099  extracellular solute-binding protein  26.57 
 
 		 420 aa  98.6  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000491601  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0842  extracellular solute-binding protein family 1  26.22 
 
 		 432 aa  97.8  4e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.516605 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1099  extracellular solute-binding protein  26.78 
 
 		 457 aa  96.3  1e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3641  extracellular solute-binding protein  26.3 
 
 		 444 aa  95.9  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3983  extracellular solute-binding protein family 1  27.93 
 
 		 456 aa  94.4  4e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0284  extracellular solute-binding protein family 1  26.56 
 
 		 410 aa  93.6  7e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0514987  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0736  extracellular solute-binding protein family 1  28.46 
 
 		 421 aa  93.2  9e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5330  extracellular solute-binding protein family 1  22.79 
 
 		 438 aa  92.8  1e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.489769  normal  0.341368 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04270  extracellular solute-binding protein family 1  25.65 
 
 		 418 aa  92.4  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2025  extracellular solute-binding protein family 1  28.45 
 
 		 434 aa  90.9  4e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000000165485  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11600  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.24 
 
 		 444 aa  90.5  6e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.558288  normal  0.039331 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2859  extracellular solute-binding protein  26.63 
 
 		 417 aa  90.1  8e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.511665  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0828  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 		 424 aa  89.7  9e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.142269  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3957  extracellular solute-binding protein family 1  28.07 
 
 		 432 aa  88.2  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0972  extracellular solute-binding protein family 1  27.69 
 
 		 421 aa  88.6  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5459  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 		 422 aa  87.4  4e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  27.76 
 
 		 415 aa  86.7  9e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2644  extracellular solute-binding protein family 1  23.51 
 
 		 431 aa  85.5  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00880  ABC transporter sugar binding protein  28.48 
 
 		 440 aa  85.5  0.000000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.106592  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  24.37 
 
 		 411 aa  85.1  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0531  extracellular solute-binding protein family 1  23.95 
 
 		 429 aa  84  0.000000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1215  extracellular solute-binding protein family 1  23.66 
 
 		 446 aa  83.2  0.000000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000064062  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6584  ABC transporter sugar binding protein  24.8 
 
 		 437 aa  83.2  0.000000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0075  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 441 aa  82.8  0.00000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2845  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 424 aa  81.6  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.35811  normal  0.0339661 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0523  extracellular solute-binding protein  23.16 
 
 		 416 aa  81.6  0.00000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3538  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  26.16 
 
 		 406 aa  81.6  0.00000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.385239  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3775  extracellular solute-binding protein family 1  26.29 
 
 		 459 aa  81.3  0.00000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.137854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3566  extracellular solute-binding protein family 1  24.57 
 
 		 434 aa  80.9  0.00000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0143758 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0399  extracellular solute-binding protein family 1  23.08 
 
 		 430 aa  80.9  0.00000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0934  putative solute binding lipoprotein  24.4 
 
 		 432 aa  80.5  0.00000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.46058  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1550  extracellular solute-binding protein  29.37 
 
 		 430 aa  80.1  0.00000000000007  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1607  ABC transporter sugar-binding protein  29.37 
 
 		 430 aa  80.1  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  26.98 
 
 		 422 aa  80.1  0.00000000000008  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3308  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  24.72 
 
 		 450 aa  79.7  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.190223 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0203  extracellular solute-binding protein family 1  27.68 
 
 		 441 aa  79.3  0.0000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.346278  normal  0.123927 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3944  extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 		 464 aa  79.3  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.920276  normal  0.0416082 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0130  extracellular solute-binding protein  24.2 
 
 		 462 aa  79  0.0000000000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05420  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  30.12 
 
 		 438 aa  79  0.0000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0143899  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  24.04 
 
 		 399 aa  78.2  0.0000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7725  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.95 
 
 		 420 aa  77.8  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0045  extracellular solute-binding protein family 1  26.49 
 
 		 414 aa  77  0.0000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.713374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19280  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.79 
 
 		 416 aa  76.3  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.147667  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1594  extracellular solute-binding protein family 1  24.44 
 
 		 961 aa  75.5  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3572  extracellular solute-binding protein family 1  27.55 
 
 		 427 aa  75.5  0.000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.405751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  25.26 
 
 		 423 aa  75.5  0.000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0174  extracellular solute-binding protein family 1  25.91 
 
 		 951 aa  74.7  0.000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.01491  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0556  extracellular solute-binding protein family 1  25.19 
 
 		 430 aa  74.3  0.000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.71623 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0475  extracellular solute-binding protein family 1  27.75 
 
 		 397 aa  73.6  0.000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2164  extracellular solute-binding protein family 1  25.72 
 
 		 435 aa  73.2  0.000000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  27.8 
 
 		 424 aa  72.8  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4632  extracellular solute-binding protein  26.54 
 
 		 419 aa  73.2  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.448727  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_08420  carbohydrate-binding protein  25.3 
 
 		 438 aa  72  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.837516  normal  0.172242 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2837  extracellular solute-binding protein family 1  25.14 
 
 		 441 aa  72  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0236558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1785  extracellular solute-binding protein family 1  24.76 
 
 		 424 aa  72  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.155279  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4955  extracellular solute-binding protein family 1  21.99 
 
 		 458 aa  71.6  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.117227  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1891  extracellular solute-binding protein family 1  24.08 
 
 		 447 aa  71.6  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.276259 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1680  extracellular solute-binding protein family 1  24.23 
 
 		 430 aa  71.2  0.00000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.173253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0753  extracellular solute-binding protein  29.41 
 
 		 429 aa  71.6  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00037903  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  25.79 
 
 		 419 aa  71.6  0.00000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1484  extracellular solute-binding protein  23.69 
 
 		 444 aa  70.9  0.00000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000980441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1557  extracellular solute-binding protein  24.09 
 
 		 428 aa  70.9  0.00000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.920193 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0747  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 		 433 aa  70.9  0.00000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190936 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2758  extracellular solute-binding protein family 1  26.92 
 
 		 423 aa  70.1  0.00000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.736779  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>