More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1064 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1064  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 480 aa  998    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.075314 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0921  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  63.76 
 
 		 458 aa  612  9.999999999999999e-175  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0923  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  42.95 
 
 		 450 aa  416  9.999999999999999e-116  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.293658  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0922  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  43.43 
 
 		 447 aa  415  1e-114  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.755265  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4419  extracellular solute-binding protein family 1  38.22 
 
 		 456 aa  285  1.0000000000000001e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0101  extracellular solute-binding protein family 1  38.88 
 
 		 438 aa  279  6e-74  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.494877  normal  0.060225 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2574  extracellular solute-binding protein family 1  37.84 
 
 		 449 aa  275  9e-73  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.316894  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1008  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  35.14 
 
 		 449 aa  248  1e-64  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06560  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  30.54 
 
 		 453 aa  245  9.999999999999999e-64  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1454  extracellular solute-binding protein family 1  28.15 
 
 		 445 aa  167  4e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.71759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4188  extracellular solute-binding protein family 1  30.66 
 
 		 454 aa  157  5.0000000000000005e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.643354  normal  0.841697 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0310  extracellular solute-binding protein family 1  30.38 
 
 		 440 aa  156  6e-37  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0877495  normal  0.113221 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03920  carbohydrate-binding protein  28.85 
 
 		 437 aa  148  2.0000000000000003e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0048  extracellular solute-binding protein family 1  27.46 
 
 		 434 aa  147  4.0000000000000006e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1927  extracellular solute-binding protein family 1  26.15 
 
 		 439 aa  144  5e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04000  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.88 
 
 		 445 aa  133  7.999999999999999e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04070  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.71 
 
 		 444 aa  132  1.0000000000000001e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0381  extracellular solute-binding protein family 1  25.73 
 
 		 445 aa  130  4.0000000000000003e-29  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.491759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2733  extracellular solute-binding protein family 1  28.86 
 
 		 434 aa  126  8.000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0602915  normal  0.13145 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17020  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.87 
 
 		 431 aa  125  1e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.00301962  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2031  extracellular solute-binding protein family 1  27.25 
 
 		 442 aa  124  4e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.298737 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5099  extracellular solute-binding protein family 1  26.48 
 
 		 444 aa  124  5e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.291523  normal  0.0224239 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3641  extracellular solute-binding protein  28.85 
 
 		 444 aa  120  7e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0508  extracellular solute-binding protein family 1  28.79 
 
 		 421 aa  119  9.999999999999999e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000506303  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2862  extracellular solute-binding protein family 1  26.47 
 
 		 467 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3222  extracellular solute-binding protein family 1  26.89 
 
 		 457 aa  118  3e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.950328  normal  0.818094 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0284  extracellular solute-binding protein family 1  27.56 
 
 		 410 aa  116  8.999999999999998e-25  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0514987  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3304  extracellular solute-binding protein family 1  25.06 
 
 		 441 aa  116  1.0000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753481 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6584  ABC transporter sugar binding protein  26.21 
 
 		 437 aa  116  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6524  extracellular solute-binding protein family 1  27.15 
 
 		 424 aa  110  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.514278  normal  0.451088 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6112  extracellular solute-binding protein family 1  27.12 
 
 		 424 aa  110  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.521338  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4059  extracellular solute-binding protein family 1  27.02 
 
 		 440 aa  108  1e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1215  extracellular solute-binding protein family 1  23.61 
 
 		 446 aa  107  5e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000064062  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2808  extracellular solute-binding protein family 1  25.75 
 
 		 430 aa  106  8e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.512241 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1762  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  25.45 
 
 		 438 aa  105  2e-21  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.0000740157  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1879  extracellular solute-binding protein  24.6 
 
 		 452 aa  94.4  4e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.29051 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2896  extracellular solute-binding protein  24.6 
 
 		 452 aa  93.6  7e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.034507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0828  extracellular solute-binding protein  24.85 
 
 		 424 aa  92  2e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.142269  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  24.7 
 
 		 504 aa  89.7  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  23.1 
 
 		 420 aa  89  2e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1099  extracellular solute-binding protein  23.32 
 
 		 420 aa  87.4  5e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000491601  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  25.6 
 
 		 410 aa  87  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0972  extracellular solute-binding protein family 1  25.13 
 
 		 421 aa  85.9  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  26.4 
 
 		 427 aa  85.1  0.000000000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  25.74 
 
 		 415 aa  84.7  0.000000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0736  extracellular solute-binding protein family 1  25.19 
 
 		 421 aa  83.6  0.000000000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2859  extracellular solute-binding protein  24.23 
 
 		 417 aa  83.2  0.00000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.511665  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  23.92 
 
 		 410 aa  82.8  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1550  extracellular solute-binding protein  24.78 
 
 		 430 aa  82.4  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4136  extracellular solute-binding protein  22.28 
 
 		 424 aa  82.4  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.518326  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1607  ABC transporter sugar-binding protein  24.78 
 
 		 430 aa  82  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0842  extracellular solute-binding protein family 1  23.93 
 
 		 432 aa  82.4  0.00000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.516605 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2644  extracellular solute-binding protein family 1  23.01 
 
 		 431 aa  81.6  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0399  extracellular solute-binding protein family 1  23.16 
 
 		 430 aa  81.6  0.00000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19280  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.28 
 
 		 416 aa  80.1  0.00000000000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.147667  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0531  extracellular solute-binding protein family 1  25.9 
 
 		 429 aa  80.1  0.00000000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  23.41 
 
 		 410 aa  79.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3685  extracellular solute-binding protein  22.56 
 
 		 432 aa  78.2  0.0000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04270  extracellular solute-binding protein family 1  22.46 
 
 		 418 aa  78.2  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  24.01 
 
 		 399 aa  78.2  0.0000000000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  22.33 
 
 		 403 aa  77.4  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2267  extracellular solute-binding protein family 1  25.23 
 
 		 445 aa  77.4  0.0000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00064551 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0690  extracellular solute-binding protein  24.18 
 
 		 402 aa  77  0.0000000000006  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.678935  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2417  transcriptional regulator, ABC transporter  22.71 
 
 		 421 aa  76.6  0.0000000000009  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0335393 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2845  extracellular solute-binding protein  24.04 
 
 		 424 aa  76.3  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.35811  normal  0.0339661 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  25.12 
 
 		 422 aa  75.1  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4688  extracellular solute-binding protein family 1  27.96 
 
 		 418 aa  75.9  0.000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.733472 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  26.37 
 
 		 430 aa  75.1  0.000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6528  extracellular solute-binding protein family 1  27.3 
 
 		 415 aa  74.7  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0147922 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5459  extracellular solute-binding protein  23.71 
 
 		 422 aa  73.9  0.000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1506  extracellular solute-binding protein  24.38 
 
 		 428 aa  73.6  0.000000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.629333  decreased coverage  0.000020483 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0045  extracellular solute-binding protein family 1  23.66 
 
 		 414 aa  73.6  0.000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.713374  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0323  family 1 extracellular solute-binding protein  23.03 
 
 		 432 aa  73.6  0.000000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1557  extracellular solute-binding protein  22.75 
 
 		 428 aa  72.8  0.00000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.920193 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  24.12 
 
 		 415 aa  72.4  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2553  extracellular solute-binding protein family 1  22.99 
 
 		 432 aa  72.4  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.964139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  24.73 
 
 		 423 aa  71.6  0.00000000003  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  21.51 
 
 		 407 aa  71.6  0.00000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3121  extracellular solute-binding protein family 1  27.6 
 
 		 445 aa  71.2  0.00000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00116931 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0770  extracellular solute-binding protein family 1  28.92 
 
 		 444 aa  70.9  0.00000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0437  extracellular solute-binding protein family 1  22.78 
 
 		 424 aa  70.5  0.00000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000010114  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0348  extracellular solute-binding protein family 1  30.52 
 
 		 419 aa  70.1  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2571  extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 417 aa  70.1  0.00000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1899  extracellular solute-binding protein, putative  24.14 
 
 		 416 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.41529  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1634  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  24.14 
 
 		 416 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3572  extracellular solute-binding protein family 1  27.46 
 
 		 427 aa  69.7  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.405751  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4289  extracellular solute-binding protein  21.07 
 
 		 466 aa  68.6  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00880  ABC transporter sugar binding protein  23.81 
 
 		 440 aa  69.3  0.0000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.106592  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  24.78 
 
 		 427 aa  68.6  0.0000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  23.87 
 
 		 414 aa  68.6  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3910  extracellular solute-binding protein family 1  22.03 
 
 		 412 aa  67.8  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.198843 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1017  extracellular solute-binding protein  23.34 
 
 		 417 aa  67.4  0.0000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0416471  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4159  extracellular solute-binding protein  23.5 
 
 		 421 aa  67.4  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.119299  normal  0.873951 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  25.74 
 
 		 431 aa  67.4  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0904  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  22.15 
 
 		 439 aa  67.4  0.0000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00221898  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3465  extracellular solute-binding protein  28.04 
 
 		 411 aa  67  0.0000000006  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1105  extracellular solute-binding protein family 1  25.18 
 
 		 443 aa  67  0.0000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.698754  normal  0.0706181 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0130  extracellular solute-binding protein  21.33 
 
 		 462 aa  67  0.0000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6904  extracellular solute-binding protein family 1  26.12 
 
 		 404 aa  67  0.0000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000382644  hitchhiker  0.00751503 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  23 
 
 		 412 aa  67  0.0000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>