More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nmul_A1559 on replicon NC_007614
Organism: Nitrosospira multiformis ATCC 25196



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007614  Nmul_A1559  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
703 aa  1436    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.311559  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0308  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.47 
 
 
637 aa  468  9.999999999999999e-131  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3764  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.44 
 
 
637 aa  464  1e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3354  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.87 
 
 
637 aa  447  1.0000000000000001e-124  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.79801  normal  0.640846 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2095  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.93 
 
 
632 aa  265  2e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1878  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.35 
 
 
638 aa  263  1e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.097815 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3896  hypothetical protein  30.1 
 
 
650 aa  261  4e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165202  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0131  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.71 
 
 
648 aa  252  1e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.825955 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  27.26 
 
 
650 aa  249  1e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2662  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.86 
 
 
640 aa  249  1e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.750308  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0183  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.47 
 
 
648 aa  234  3e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.475151 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5064  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.05 
 
 
648 aa  229  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.303176  normal  0.479686 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0165  GGDEF domain-containing protein  28.47 
 
 
648 aa  226  1e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000075441 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0184  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.33 
 
 
648 aa  225  3e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.181368  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  26.84 
 
 
650 aa  223  9.999999999999999e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02471  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.29 
 
 
645 aa  187  4e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.323013  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1309  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  41.6 
 
 
635 aa  184  5.0000000000000004e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.939066  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1079  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.9 
 
 
663 aa  182  1e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0891  hypothetical protein  24.39 
 
 
639 aa  182  2e-44  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0860  hypothetical protein  24.24 
 
 
639 aa  179  2e-43  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0816  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.26 
 
 
642 aa  170  7e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0124446  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1371  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.11 
 
 
696 aa  155  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0378  histidine kinase  23.04 
 
 
640 aa  149  2.0000000000000003e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1808  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.6 
 
 
650 aa  148  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.38633  normal  0.679968 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45930  hypothetical protein  30.33 
 
 
650 aa  146  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3441  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.83 
 
 
663 aa  145  3e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0890  MadN protein  21.12 
 
 
649 aa  137  8e-31  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00448941  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002364  MSHA biogenesis protein MshH  27.41 
 
 
669 aa  135  3e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02531  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.9 
 
 
644 aa  129  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.419727  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2066  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.97 
 
 
634 aa  127  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000803773  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.17 
 
 
634 aa  127  6e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000494856  normal 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4544  hypothetical protein  25.91 
 
 
634 aa  127  7e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2826  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.2 
 
 
649 aa  127  7e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.525997  normal  0.15588 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2258  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.91 
 
 
634 aa  127  7e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000255268  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.91 
 
 
634 aa  127  8.000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000104677  normal  0.665936 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1571  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.91 
 
 
583 aa  125  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.260448  normal  0.637098 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03702  regulatory protein CsrD  27.66 
 
 
676 aa  123  9.999999999999999e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0792  diguanylate cyclase  21.79 
 
 
654 aa  123  9.999999999999999e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.000000521714  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.1 
 
 
640 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00766642  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.45 
 
 
634 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000212765  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0628  GGDEF domain-containing protein  25.88 
 
 
728 aa  120  7e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2167  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.74 
 
 
634 aa  120  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000207311  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.13 
 
 
731 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00840861 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1912  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.94 
 
 
634 aa  119  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00115301  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2507  GGDEF domain-containing protein  24.48 
 
 
634 aa  118  3e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  26.13 
 
 
1076 aa  118  3e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2200  GGDEF/EAL domain-containing protein  25.19 
 
 
634 aa  118  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2063  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.68 
 
 
634 aa  117  6e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000511285  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3597  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  21.22 
 
 
639 aa  117  6.9999999999999995e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3870  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.55 
 
 
739 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3687  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.55 
 
 
739 aa  116  1.0000000000000001e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0511  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.46 
 
 
583 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1862  GGDEF domain-containing protein  26.28 
 
 
631 aa  116  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0100434  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0308  GGDEF domain-containing protein  27.27 
 
 
583 aa  116  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.343771 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0162  endonuclease IV  28.57 
 
 
649 aa  115  2.0000000000000002e-24  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.963348  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3744  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.55 
 
 
739 aa  115  3e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0581  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.55 
 
 
739 aa  115  3e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0654  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.68 
 
 
735 aa  115  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.999048  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.83 
 
 
753 aa  114  5e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.93 
 
 
728 aa  114  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.669177  normal  0.626171 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0449  regulatory protein CsrD  25.07 
 
 
635 aa  114  8.000000000000001e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0335  PAS sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.3 
 
 
979 aa  114  9e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000621491  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0530  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.71 
 
 
580 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0807  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.06 
 
 
803 aa  113  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2973  GGDEF domain-containing protein  25.32 
 
 
734 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0621  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.93 
 
 
728 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3409  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.93 
 
 
728 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0505297  normal  0.623835 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2393  signal transduction protein  28.75 
 
 
817 aa  112  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.512634  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0465  regulatory protein CsrD  25.26 
 
 
661 aa  112  3e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.367243  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2352  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.71 
 
 
638 aa  111  4.0000000000000004e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000161586  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0517  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.6 
 
 
1072 aa  111  4.0000000000000004e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.251594  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1829  putative diguanylate phosphodiesterase  26.18 
 
 
646 aa  110  9.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0228515  normal  0.151789 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0058  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.53 
 
 
783 aa  109  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.218721 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.08 
 
 
634 aa  107  7e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.151279  normal  0.188336 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2065  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.44 
 
 
642 aa  106  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000551747  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6140  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.77 
 
 
705 aa  106  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0593107  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1356  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.1 
 
 
469 aa  105  3e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0103903  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2168  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.46 
 
 
831 aa  104  4e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.273298  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1560  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.22 
 
 
800 aa  105  4e-21  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0426061  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00528  hypothetical protein  23.88 
 
 
1049 aa  105  4e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3264  putative diguanylate phosphodiesterase  25.81 
 
 
639 aa  104  6e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00516695  normal  0.802494 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5652  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.28 
 
 
1061 aa  103  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0502  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.32 
 
 
574 aa  103  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0276751 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0047  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.44 
 
 
738 aa  103  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00846465 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2929  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27.02 
 
 
1009 aa  103  1e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3328  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.65 
 
 
711 aa  103  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4116  regulatory protein CsrD  23.73 
 
 
631 aa  102  3e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2816  regulatory protein CsrD  24.68 
 
 
673 aa  102  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2045  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  22.48 
 
 
632 aa  101  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.289313  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3756  regulatory protein CsrD  22.37 
 
 
636 aa  101  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4272  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.22 
 
 
812 aa  100  8e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.564982  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3137  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  25 
 
 
872 aa  100  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1237  sensory box protein  24.48 
 
 
712 aa  99.8  1e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.267434  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1106  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  25 
 
 
872 aa  100  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0152  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.62 
 
 
928 aa  100  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.575219 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7217  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  27 
 
 
980 aa  99.8  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.249898  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1385  sensory box diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  25 
 
 
872 aa  100  1e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.562276  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1466  sensory box protein  25 
 
 
800 aa  99.8  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.475601  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3219  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.11 
 
 
554 aa  100  1e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.267477  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0689  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.92 
 
 
723 aa  100  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.452404 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>