More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mbar_A2999 on replicon NC_007355
Organism: Methanosarcina barkeri str. Fusaro



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007355  Mbar_A2999  hypothetical protein  100 
 
 
329 aa  675    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91602  decreased coverage  0.000583467 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2998  hypothetical protein  87.38 
 
 
326 aa  589  1e-167  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  hitchhiker  0.00400405 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0217  multi-sensor protein  49.83 
 
 
852 aa  312  3.9999999999999997e-84  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000331603  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0810  multi-PAS sensor  41.5 
 
 
1116 aa  257  2e-67  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.915221  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2070  sensory transduction histidine kinase  40.46 
 
 
594 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.965046 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1045  hypothetical protein  39.6 
 
 
506 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2293  PAS sensor protein  34.67 
 
 
302 aa  187  2e-46  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0726187  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2286  multisensor signal transduction histidine kinase  45.1 
 
 
834 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1335  putative PAS/PAC sensor protein  40 
 
 
1113 aa  139  4.999999999999999e-32  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2473  hypothetical protein  43.56 
 
 
291 aa  139  8.999999999999999e-32  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.548725  normal  0.0131498 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1024  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.48 
 
 
631 aa  138  1e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.963931  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1343  EAL and GGDEF domain-containing protein  33.2 
 
 
1274 aa  137  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.29 
 
 
763 aa  137  2e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.172925  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1694  PAS sensor protein  45.59 
 
 
431 aa  138  2e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.0000000092635  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0842  multisensor signal transduction histidine kinase  47.76 
 
 
727 aa  135  8e-31  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2089  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.11 
 
 
802 aa  127  4.0000000000000003e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0236176  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0312  GAF sensor signal transduction histidine kinase  28.66 
 
 
556 aa  123  3e-27  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0299  two component sensor histidine kinase  28.62 
 
 
1239 aa  119  6e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.669336  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3009  hypothetical protein  39.5 
 
 
783 aa  117  3e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2764  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.98 
 
 
1275 aa  114  3e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0647988  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1991  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.78 
 
 
1255 aa  112  8.000000000000001e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0700  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.45 
 
 
1419 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.81616  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2710  hypothetical protein  43.09 
 
 
744 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2709  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.65 
 
 
812 aa  110  3e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.601691  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0971  PAS  35.1 
 
 
1187 aa  107  3e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.875405  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1077  sensory box/GGDEF family protein  37.5 
 
 
808 aa  106  7e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1321  HD-GYP domain-containing protein  34.12 
 
 
848 aa  105  1e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0856  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.97 
 
 
893 aa  102  7e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1949  sensory box protein  42.42 
 
 
654 aa  99.8  6e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2150  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.04 
 
 
1643 aa  97.1  3e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.133009  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3883  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.47 
 
 
882 aa  93.6  5e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.045721 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0678  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.29 
 
 
721 aa  91.7  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.146546  normal  0.0234435 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4113  putative PAS/PAC sensor protein  43.8 
 
 
896 aa  90.1  4e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1939  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  38.14 
 
 
1328 aa  88.6  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.282055  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2010  putative PAS/PAC sensor protein  30.2 
 
 
462 aa  83.6  0.000000000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01755  putative two-component member protein  36.89 
 
 
1111 aa  79.7  0.00000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1787  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.59 
 
 
931 aa  77.8  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4551  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.34 
 
 
757 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.11855  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2941  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.95 
 
 
719 aa  76.3  0.0000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3038  signal transduction histidine kinase  26.36 
 
 
878 aa  76.3  0.0000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0074  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.33 
 
 
857 aa  73.6  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.102755  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3110  putative integral membrane sensor protein  29.66 
 
 
1141 aa  71.2  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.0940316 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1564  multi-sensor hybrid histidine kinase  25.28 
 
 
1550 aa  71.2  0.00000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.047002  normal  0.324166 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1411  diguanylate cyclase  29.83 
 
 
656 aa  70.5  0.00000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1295  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.16 
 
 
1223 aa  70.1  0.00000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0981526  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2699  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  32.28 
 
 
1248 aa  69.3  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2453  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.69 
 
 
969 aa  68.6  0.0000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.19952  normal  0.304956 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6104  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.03 
 
 
755 aa  68.9  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0090  diguanylate cyclase  29.17 
 
 
420 aa  68.9  0.0000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.260319  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0442  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  28.8 
 
 
1785 aa  68.9  0.0000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.43 
 
 
732 aa  68.2  0.0000000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.161755  normal  0.747327 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2249  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.77 
 
 
1143 aa  68.6  0.0000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.673162  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2804  putative PAS/PAC sensor protein  33.07 
 
 
711 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0770283 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0245  signal transduction protein containing a membrane domain an EAL and a GGDEF domain  23.83 
 
 
1076 aa  67.8  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3203  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.95 
 
 
765 aa  67  0.0000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0763722 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3335  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.08 
 
 
1122 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2002  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.94 
 
 
761 aa  66.2  0.0000000007  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.897805  normal  0.398669 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3990  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26.23 
 
 
1665 aa  65.1  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.03 
 
 
800 aa  65.1  0.000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0549  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.44 
 
 
765 aa  65.5  0.000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0791  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.89 
 
 
1118 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3232  multi-sensor hybrid histidine kinase  30.89 
 
 
1118 aa  65.5  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1139  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  32.65 
 
 
643 aa  64.7  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.535539  normal  0.0122943 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3151  putative PAS/PAC sensor protein  32.52 
 
 
1589 aa  65.1  0.000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.274524  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2408  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  32.23 
 
 
623 aa  64.3  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2504  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.54 
 
 
1132 aa  65.1  0.000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2805  putative PAS/PAC sensor protein  33.07 
 
 
658 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.126133 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3765  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.46 
 
 
562 aa  63.9  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.13531 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3722  ATP-binding region, ATPase-like protein  34.43 
 
 
1120 aa  64.3  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4028  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.78 
 
 
846 aa  63.9  0.000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.118602  normal  0.0390699 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3901  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.41 
 
 
814 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0356  chemotaxis sensory transducer  26.98 
 
 
652 aa  62.8  0.000000007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.656876  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2292  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.59 
 
 
793 aa  62.4  0.000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3856  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer with Pas/Pac sensor  33.61 
 
 
419 aa  62.4  0.000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.538878  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1087  multi-sensor hybrid histidine kinase  28.23 
 
 
1121 aa  62.4  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.740067  hitchhiker  0.00000751372 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0098  putative PAS/PAC sensor protein  33.7 
 
 
865 aa  62  0.00000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0698116  normal  0.0487213 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1762  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.34 
 
 
830 aa  62  0.00000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0910  sensory box histidine kinase/response regulator  30.26 
 
 
463 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1932  Signal transduction histidine kinase  30.26 
 
 
492 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0476253  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0380  sensory box histidine kinase/response regulator  30.26 
 
 
463 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0370  putative PAS/PAC sensor protein  37.82 
 
 
509 aa  61.6  0.00000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1842  response regulator/sensory box histidine kinase  30.26 
 
 
492 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1432  sensory box histidine kinase/response regulator  30.26 
 
 
492 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.188442  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6017  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  29.5 
 
 
1044 aa  61.6  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0472  sensory box histidine kinase/response regulator  30.26 
 
 
492 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.798891  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0176  sensory box histidine kinase/response regulator  30.26 
 
 
492 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2640  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.56 
 
 
955 aa  60.8  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2952  sensory box histidine kinase/response regulator  32.2 
 
 
1763 aa  61.2  0.00000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.684028  normal  0.230032 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1985  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  30.71 
 
 
639 aa  60.5  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.267533  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0295  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.02 
 
 
655 aa  60.1  0.00000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0932  signal transduction histidine kinase  36.56 
 
 
759 aa  60.1  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2663  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.46 
 
 
1369 aa  60.1  0.00000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5198  putative PAS/PAC sensor protein  28.68 
 
 
694 aa  59.7  0.00000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1009  sensory box histidine kinase/response regulator  29.61 
 
 
463 aa  59.7  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1002  signal transduction histidine kinase  30.4 
 
 
932 aa  59.7  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.353608  normal  0.0662086 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  31.06 
 
 
1094 aa  59.7  0.00000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3300  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.23 
 
 
745 aa  58.9  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.705901 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3136  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  32.09 
 
 
919 aa  58.9  0.0000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2115  putative PAS/PAC sensor protein  30.25 
 
 
536 aa  58.5  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0440  signal transduction histidine kinase  40.26 
 
 
1093 aa  58.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.790224  normal  0.127185 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>