87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1679 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1679  putative transmembrane protein  100 
 
 		 883 aa  1718    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1791  peptidoglycan-binding LysM  45.43 
 
 		 877 aa  462  9.999999999999999e-129  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.420017  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2160  putative transmembrane protein  57.88 
 
 		 870 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.12077 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3043  putative transmembrane protein  43 
 
 		 870 aa  390  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1701  hypothetical protein  34.5 
 
 		 1041 aa  358  2.9999999999999997e-97  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0554599 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0866  hypothetical protein  35.9 
 
 		 1036 aa  355  2e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  unclonable  0.000000000000189668  hitchhiker  0.00567814 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3613  putative transmembrane protein  65.57 
 
 		 889 aa  236  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1418  putative transmembrane protein  42.01 
 
 		 933 aa  227  8e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4871  putative transmembrane protein  39.74 
 
 		 959 aa  222  3e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.763378  normal  0.552077 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1986  hypothetical protein  36.22 
 
 		 962 aa  214  5.999999999999999e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.722287  normal  0.124787 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1218  putative transmembrane protein  61.96 
 
 		 938 aa  208  3e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0213212 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2470  peptidoglycan-binding LysM  34.51 
 
 		 940 aa  197  6e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.343292 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1918  hypothetical protein  35.41 
 
 		 828 aa  187  1.0000000000000001e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.123699  normal  0.927889 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2309  peptidoglycan-binding LysM  34.81 
 
 		 952 aa  171  4e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2140  putative transmembrane protein  33.4 
 
 		 968 aa  171  5e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.704119  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1816  hypothetical protein  33.05 
 
 		 969 aa  169  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2061  hypothetical protein  28.83 
 
 		 819 aa  166  2.0000000000000002e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1915  transmembrane protein  36.9 
 
 		 279 aa  153  2e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.678129  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3066  putative type 4 pilus biogenesis  57.26 
 
 		 1027 aa  145  3e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04701  hypothetical protein  36.5 
 
 		 673 aa  139  3.0000000000000003e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0974302 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5240  putative transmembrane protein  48.92 
 
 		 964 aa  135  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.313298  normal  0.899168 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23830  pilus assembly protein  29.27 
 
 		 924 aa  134  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0199592  normal  0.717366 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2082  Tfp pilus assembly protein FimV-like  24.97 
 
 		 1245 aa  134  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0604144  normal  0.660247 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0641  hypothetical protein  32.62 
 
 		 640 aa  131  4.0000000000000003e-29  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2018  hypothetical protein  29.88 
 
 		 927 aa  130  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0727508  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0725  hypothetical protein  32.73 
 
 		 640 aa  123  9.999999999999999e-27  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1017  hypothetical protein  25.37 
 
 		 888 aa  122  1.9999999999999998e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1561  tetratricopeptide TPR_4  26.92 
 
 		 1057 aa  123  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01264  FimV  31.63 
 
 		 658 aa  110  1e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1807  putative membrane protein; K07288 uncharacterized membrane protein  29.93 
 
 		 822 aa  108  4e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1232  hypothetical protein  27.97 
 
 		 806 aa  108  5e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.755816  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2853  hypothetical protein  33.22 
 
 		 679 aa  105  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1554  peptidoglycan-binding LysM  27.34 
 
 		 896 aa  103  1e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.380472 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1993  peptidoglycan-binding LysM  29.13 
 
 		 911 aa  103  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.650593  normal  0.139886 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1895  peptidoglycan-binding LysM  28.23 
 
 		 883 aa  102  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3768  peptidoglycan-binding LysM  28.87 
 
 		 911 aa  100  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.853067  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1263  FimV protein  23.23 
 
 		 897 aa  99  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1527  peptidoglycan-binding LysM  28.87 
 
 		 912 aa  97.4  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20860  putative Tfp pilus assembly protein FimV  29.21 
 
 		 681 aa  96.7  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34230  hypothetical protein  37.68 
 
 		 946 aa  87  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1790  motility protein FimV  32.08 
 
 		 683 aa  87  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1249  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  26.46 
 
 		 914 aa  86.7  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.358578  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2718  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  39.53 
 
 		 931 aa  86.7  0.000000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.513981  normal  0.0374909 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2039  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  27.37 
 
 		 744 aa  79.3  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.177645  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2072  hypothetical protein  28.57 
 
 		 722 aa  77.8  0.0000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.813162  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1730  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  28.57 
 
 		 731 aa  77.8  0.0000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0317233  hitchhiker  0.00941699 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1714  FimV N-terminal domain protein  25.1 
 
 		 715 aa  77.4  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1661  hypothetical protein  39.64 
 
 		 948 aa  77  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1470  LysM domain-containing protein  32.26 
 
 		 595 aa  75.1  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.368966  normal  0.129995 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0769  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  30 
 
 		 458 aa  73.2  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1815  peptidoglycan-binding LysM  35.71 
 
 		 692 aa  72  0.00000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3736  peptidoglycan-binding LysM  26.94 
 
 		 737 aa  69.3  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.016486 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3818  hypothetical protein  35.14 
 
 		 947 aa  67.4  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.899071  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1646  LysM domain protein  27.88 
 
 		 717 aa  65.5  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.435509  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1052  Tfp pilus assembly protein FimV-like protein  29.95 
 
 		 472 aa  64.7  0.000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.295894 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3236  putative transmembrane protein  66.67 
 
 		 918 aa  61.2  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2589  putative transmembrane protein  66.67 
 
 		 885 aa  61.2  0.00000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1339  FimV N-terminal domain protein  30.35 
 
 		 826 aa  60.1  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.866454  normal  0.334377 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2307  hypothetical protein  38.75 
 
 		 895 aa  55.1  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00252843  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002873  AAA ATPase  32.08 
 
 		 1454 aa  52.8  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1258  hypothetical protein  32.33 
 
 		 633 aa  52.4  0.00004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2442  hypothetical protein  43.1 
 
 		 1097 aa  52.4  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.39531  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2985  hypothetical protein  35.53 
 
 		 1135 aa  51.6  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00018881  normal  0.421866 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03102  hypothetical protein  35.56 
 
 		 1482 aa  50.8  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1485  ATPase  38.57 
 
 		 1761 aa  50.8  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0130947  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1394  ATPase  43.1 
 
 		 1408 aa  50.4  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0519  hypothetical protein  36.49 
 
 		 1621 aa  48.5  0.0005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0476  hypothetical protein  27.08 
 
 		 349 aa  48.5  0.0005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3804  hypothetical protein  29.01 
 
 		 1162 aa  48.1  0.0007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866063  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1490  hypothetical protein  39.66 
 
 		 1124 aa  48.1  0.0007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00398816  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1478  hypothetical protein  39.66 
 
 		 1115 aa  48.1  0.0007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000313073  normal  0.981736 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1425  hypothetical protein  39.66 
 
 		 1129 aa  48.1  0.0008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000113276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0497  hypothetical protein  27.46 
 
 		 349 aa  47.4  0.001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6845  hypothetical protein  37.8 
 
 		 890 aa  47.4  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.000661999  normal  0.206537 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4412  hypothetical protein  50 
 
 		 708 aa  47  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3955  hypothetical protein  50 
 
 		 708 aa  47  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.228959 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3850  hypothetical protein  51.11 
 
 		 685 aa  46.2  0.002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.618617 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4625  hypothetical protein  48.89 
 
 		 752 aa  46.6  0.002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3069  hypothetical protein  37.93 
 
 		 1110 aa  47  0.002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2273  Peptidoglycan-binding LysM  33.7 
 
 		 546 aa  47  0.002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000673972  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2151  hypothetical protein  37.93 
 
 		 937 aa  46.6  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00179894  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1074  hypothetical protein  27.73 
 
 		 1273 aa  46.2  0.002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2884  hypothetical protein  50 
 
 		 882 aa  46.6  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.677887  normal  0.937663 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0661  hypothetical protein  43.64 
 
 		 392 aa  47  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2128  hypothetical protein  49.06 
 
 		 802 aa  45.8  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00604718 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3345  hypothetical protein  51.11 
 
 		 694 aa  46.2  0.003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0500  hypothetical protein  25.64 
 
 		 364 aa  45.4  0.005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>