232 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_3560 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_3560  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 247 aa  468  1.0000000000000001e-131  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.499755  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4679  regulatory protein TetR  37.5 
 
 		 213 aa  90.1  3e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6339  transcriptional regulator, TetR family  39.74 
 
 		 225 aa  89  7e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6218  TetR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 278 aa  82.4  0.000000000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.480822 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19280  transcriptional regulator  32.11 
 
 		 235 aa  81.3  0.00000000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.28299  normal  0.286722 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0632  transcriptional regulator, TetR family  32.21 
 
 		 226 aa  74.7  0.000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.639401  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0578  TetR family transcriptional regulator  31.96 
 
 		 267 aa  67.8  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5353  putative transcriptional regulator, TetR family  35.1 
 
 		 226 aa  65.9  0.0000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.565749  normal  0.831003 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1315  TetR family transcriptional regulator  38.17 
 
 		 255 aa  63.9  0.000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.156581 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4294  transcriptional regulator, GntR family  42.86 
 
 		 343 aa  63.5  0.000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.806766 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6521  putative transcriptional regulator, TetR family  28.08 
 
 		 210 aa  62.4  0.000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.177383 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2285  transcriptional regulator, TetR family  32.88 
 
 		 213 aa  62.4  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1050  TetR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 238 aa  62  0.000000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.361662  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0460  regulatory protein TetR  32.62 
 
 		 227 aa  62  0.000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.266812  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7217  putative transcriptional regulator, TetR family  45.45 
 
 		 247 aa  61.6  0.00000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.466124  normal  0.580256 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0240  TetR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 281 aa  60.1  0.00000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.679484 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0017  transcriptional regulator, TetR family  30.29 
 
 		 224 aa  60.1  0.00000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3927  transcriptional regulator, TetR family  45.9 
 
 		 218 aa  58.2  0.0000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.69466  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4938  regulatory protein, TetR  28.64 
 
 		 222 aa  58.2  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  0.0214473 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2273  transcriptional regulator, TetR family  28.91 
 
 		 224 aa  57.8  0.0000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2797  TetR family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 242 aa  57.4  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.287212 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3932  putative transcriptional regulator, TetR family  28.18 
 
 		 228 aa  57.8  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.199219  normal  0.0173794 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0522  transcriptional regulator, TetR family  35.59 
 
 		 259 aa  57.8  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0445084 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0628  transcriptional regulator, TetR family  26.34 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.504351 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0252  transcriptional regulator, TetR family  33.68 
 
 		 221 aa  57.8  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7234  putative transcriptional regulator, TetR family  29.74 
 
 		 249 aa  56.6  0.0000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.163759 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3892  transcriptional regulator, TetR family  32.18 
 
 		 211 aa  56.2  0.0000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1499  TetR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 271 aa  55.8  0.0000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.148288  normal  0.740937 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1677  transcriptional regulator, TetR family  27.8 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00000521041  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2646  transcriptional regulator, TetR family  28.11 
 
 		 236 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00299352  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4056  transcriptional regulator, TetR family  31.58 
 
 		 209 aa  55.1  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.910923  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1997  TetR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 250 aa  53.9  0.000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.354177  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3174  TetR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 230 aa  54.3  0.000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0201096  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1370  transcriptional regulator, TetR family  34.91 
 
 		 223 aa  54.3  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.705116 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6464  putative transcriptional regulator, TetR family  40.58 
 
 		 245 aa  53.9  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0682753 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4140  transcriptional regulator, TetR family  29.05 
 
 		 240 aa  54.7  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6498  transcriptional regulator, TetR family  29.15 
 
 		 246 aa  54.3  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4763  transcriptional regulator, TetR family  34.92 
 
 		 252 aa  53.9  0.000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.0000323039  decreased coverage  0.0000700922 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3718  transcriptional regulator, TetR family  27.74 
 
 		 223 aa  54.3  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000868131  normal  0.31083 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8893  transcriptional regulator, TetR family  28.92 
 
 		 272 aa  53.5  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2585  transcriptional regulator, TetR family  41.27 
 
 		 218 aa  52.8  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.106012  normal  0.0213025 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2497  putative transcriptional regulator, GntR family  37.8 
 
 		 315 aa  52.8  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.182047 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3300  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 214 aa  52.8  0.000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.513465  hitchhiker  0.00580905 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3462  regulatory protein TetR  33.33 
 
 		 221 aa  52.4  0.000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0249959  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3007  transcriptional regulator, TetR family  33.86 
 
 		 239 aa  52  0.000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0040024 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2480  transcriptional regulator, TetR family  42.62 
 
 		 221 aa  52  0.000009  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0883171  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4181  TetR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 240 aa  52  0.000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.367396  normal  0.615524 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2378  transcriptional repressor TetR  27.19 
 
 		 260 aa  52  0.00001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0287531  normal  0.0684522 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0730  TetR family transcriptional regulator  40 
 
 		 242 aa  51.2  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00296779  normal  0.0851548 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5957  transcriptional regulator, TetR family  29.93 
 
 		 229 aa  51.2  0.00001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.769485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0638  TetR family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 250 aa  51.2  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8685  Tetracyclin repressor domain protein  36.11 
 
 		 228 aa  51.2  0.00001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2840  transcriptional regulator, TetR family  32.99 
 
 		 238 aa  51.6  0.00001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7747  putative transcriptional regulator  30.18 
 
 		 342 aa  50.8  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.117612  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5853  transcriptional regulator, TetR family  33.92 
 
 		 258 aa  50.8  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.389129  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0832  transcriptional regulator, TetR family  25.81 
 
 		 196 aa  51.2  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0036  putative transcriptional regulator, TetR family  26.22 
 
 		 234 aa  50.8  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.940738 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1711  regulatory protein TetR  35.71 
 
 		 226 aa  50.4  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.539832  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3884  transcriptional regulator, TetR family  34.03 
 
 		 304 aa  50.1  0.00003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.162563 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2404  transcriptional regulator, TetR family  32.8 
 
 		 247 aa  50.1  0.00003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0783886 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37020  transcriptional regulator, TetR family  36.14 
 
 		 276 aa  50.1  0.00003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.016957 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16790  TetR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 212 aa  49.7  0.00004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.297454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0408  transcriptional regulator, TetR family  48.21 
 
 		 212 aa  50.1  0.00004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.431467 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1662  transcriptional regulator, TetR family  30.58 
 
 		 213 aa  49.7  0.00004  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.552653  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_30920  transcriptional regulator, tetR family  33.58 
 
 		 266 aa  50.1  0.00004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1119  transcriptional regulator, TetR family  42.86 
 
 		 211 aa  50.1  0.00004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.335801 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0104  TetR family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 207 aa  49.7  0.00005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000192911 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2650  transcriptional regulator, TetR family  29.9 
 
 		 211 aa  49.3  0.00006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0664  TetR family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 235 aa  49.3  0.00006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.773977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4098  TetR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 315 aa  49.3  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38620  hypothetical protein  40.54 
 
 		 186 aa  49.3  0.00006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2637  putative transcriptional regulator, TetR family  41.94 
 
 		 220 aa  48.9  0.00007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.000568428  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1166  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 278 aa  48.9  0.00007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0604682  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3083  regulatory protein TetR  28.46 
 
 		 248 aa  48.9  0.00008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.143154  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0744  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 224 aa  48.9  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0222814 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2357  transcriptional regulator, TetR family  30.39 
 
 		 218 aa  48.9  0.00008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0135  transcriptional regulator, TetR family  28.96 
 
 		 217 aa  48.9  0.00008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2430  transcriptional regulator, TetR family  32.71 
 
 		 252 aa  48.5  0.00009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.522174  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2453  transcriptional regulator, TetR family  38.98 
 
 		 223 aa  48.1  0.0001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.106386  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1254  TetR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 223 aa  48.1  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.297921  normal  0.284076 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1256  TetR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 207 aa  48.1  0.0001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000259056 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0414  transcriptional regulator, TetR family  36.64 
 
 		 233 aa  48.1  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23630  transcriptional regulator  34.67 
 
 		 210 aa  47.8  0.0001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.119387 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0837  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 238 aa  48.5  0.0001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.895795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2319  putative transcriptional regulator, TetR family  39.13 
 
 		 236 aa  48.5  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2727  transcriptional regulator, TetR family  35 
 
 		 264 aa  48.1  0.0001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4781  transcriptional regulator, TetR family  28.8 
 
 		 228 aa  48.5  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.809331  hitchhiker  0.00725959 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0040  transcriptional regulator, TetR family  29.11 
 
 		 195 aa  47.8  0.0002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1498  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 244 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.98693  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1521  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 244 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.290905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1498  TetR family transcriptional regulator  29.38 
 
 		 244 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_22630  transcriptional regulator  28.74 
 
 		 202 aa  47.4  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4362  regulatory protein, TetR  31.71 
 
 		 256 aa  47.4  0.0002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1669  transcriptional regulator, TetR family  34.96 
 
 		 255 aa  47.4  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.269764  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2683  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 218 aa  47.8  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5652  transcriptional regulator, TetR family  43.59 
 
 		 283 aa  47.4  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7832  transcriptional regulator, TetR family  36.76 
 
 		 253 aa  47.8  0.0002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0353896 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0040  TetR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 211 aa  46.6  0.0003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.970085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3268  putative transcriptional regulator, GntR family  39.8 
 
 		 293 aa  47  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5105  transcriptional regulator, TetR family  29.14 
 
 		 223 aa  47  0.0003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.000423081  normal  0.55194 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>