More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_2310 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_2310  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 198 aa  388  1e-107  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.145827  normal  0.0377448 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2551  regulatory protein TetR  37.84 
 
 		 190 aa  101  8e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.140375  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0457  TetR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 206 aa  97.8  8e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0331  transcriptional regulator, TetR family  32.43 
 
 		 209 aa  86.7  2e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3522  TetR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 204 aa  85.5  4e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3459  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 193 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.429515  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40790  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 193 aa  82.4  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9297  putative transcriptional regulator, TetR family  28.96 
 
 		 198 aa  81.3  0.000000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.775461 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2527  TetR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 194 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.490074  normal  0.267005 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3536  TetR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 208 aa  78.2  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.296099 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1600  TetR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 213 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0658  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 232 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2387  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 232 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0807  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 204 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1771  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 204 aa  75.5  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1176  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 204 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1100  TetR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 204 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5376  putative transcriptional regulator, TetR family  30.57 
 
 		 207 aa  67  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0545475 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2712  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 206 aa  63.2  0.000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1515  putative transcriptional regulator, TetR family  36.63 
 
 		 219 aa  62  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254086  hitchhiker  0.00363064 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0949  transcriptional regulator, TetR family  29 
 
 		 286 aa  58.9  0.00000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2518  TetR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 221 aa  58.2  0.00000007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4557  TetR family transcriptional regulator  47.54 
 
 		 199 aa  57.4  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1206  regulatory protein TetR  49.09 
 
 		 194 aa  57.4  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.790266  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0281  transcriptional regulator, TetR family  34.31 
 
 		 218 aa  57  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.645912  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3227  transcriptional regulator, TetR family  55.77 
 
 		 204 aa  57  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1461  TetR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 197 aa  56.2  0.0000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.0279876 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0270  TetR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 192 aa  55.5  0.0000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.522665  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0659  transcriptional regulator TetR family  26.81 
 
 		 196 aa  55.5  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1709  transcriptional regulator, TetR family  46.88 
 
 		 195 aa  55.1  0.0000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8200  putative transcriptional regulator, TetR family  35.51 
 
 		 237 aa  54.7  0.0000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.53611  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0252  transcriptional regulator  29.14 
 
 		 224 aa  54.7  0.0000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4542  transcriptional regulator, TetR family  25.51 
 
 		 201 aa  54.7  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.204937  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2871  TetR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 213 aa  54.7  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4004  TetR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 209 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0894492  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2304  transcriptional regulator, TetR family  31.47 
 
 		 201 aa  53.5  0.000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5875  transcriptional regulator, TetR family  45.61 
 
 		 218 aa  53.5  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3494  transcriptional regulator, TetR family  24 
 
 		 208 aa  53.1  0.000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4604  transcriptional regulator, TetR family  30 
 
 		 255 aa  53.9  0.000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0787  TetR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 192 aa  53.1  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0101484 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7672  TetR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 198 aa  52.8  0.000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.245363  normal  0.688993 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6034  TetR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 223 aa  52.8  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1236  TetR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 196 aa  52.8  0.000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0369519 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0868  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 222 aa  52.8  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000486929  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2815  TetR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 242 aa  52.8  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.106176  normal  0.623336 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3024  TetR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 197 aa  53.1  0.000003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.101312  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2545  TetR family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 217 aa  52.4  0.000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0577985  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2815  transcriptional regulator, TetR family  25.71 
 
 		 217 aa  52.4  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000266483 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2426  TetR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 205 aa  52.4  0.000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35350  transcriptional regulator, TetR family  33 
 
 		 223 aa  52.4  0.000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.147408 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2029  TetR family transcriptional regulator  49.06 
 
 		 220 aa  52.4  0.000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.107784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2508  transcriptional regulator, TetR family  25.71 
 
 		 217 aa  52.4  0.000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1838  transcriptional regulator, TetR family  49.06 
 
 		 221 aa  52.4  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.834516  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0392  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 201 aa  52  0.000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.022112  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2202  transcriptional regulator, TetR family  36.9 
 
 		 186 aa  52  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.243165 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3645  transcriptional regulator, TetR family  33.01 
 
 		 199 aa  52  0.000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.529358  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3910  TetR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 242 aa  52  0.000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.104674 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5773  TetR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 198 aa  52  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3892  TetR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 198 aa  52  0.000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0140  TetR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 176 aa  52  0.000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6138  TetR family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 198 aa  52  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.890581 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3966  TetR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 198 aa  52  0.000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.176455  normal  0.497396 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3878  TetR family transcriptional regulator  36.17 
 
 		 198 aa  52  0.000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.348506 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1991  transcriptional regulator, TetR family  36.9 
 
 		 188 aa  51.6  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4678  TetR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 221 aa  51.6  0.000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.288116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3512  regulatory protein TetR  25.88 
 
 		 237 aa  51.6  0.000007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1129  TetR family transcriptional regulator  50 
 
 		 231 aa  51.6  0.000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7736  putative transcriptional regulator, TetR family  36.78 
 
 		 205 aa  51.6  0.000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.97147  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3576  TetR-like virulence regulator  36.62 
 
 		 207 aa  51.2  0.000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2557  transcriptional regulator, TetR family  25.71 
 
 		 217 aa  51.2  0.000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.15322e-23 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3312  transcriptional regulator UidR  35.94 
 
 		 198 aa  51.2  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2628  transcriptional regulator, TetR family  23.26 
 
 		 194 aa  51.2  0.00001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00732346  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0542  transcriptional regulator, TetR family  39.34 
 
 		 210 aa  51.2  0.00001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.669667 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28390  transcriptional regulator  51.02 
 
 		 195 aa  51.2  0.00001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2128  transcriptional regulator, TetR family  35.71 
 
 		 202 aa  50.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.190242  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2600  transcriptional regulator, TetR family  25.71 
 
 		 217 aa  50.8  0.00001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2181  transcriptional regulator, TetR family  45.76 
 
 		 189 aa  50.8  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000940073  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5279  TetR family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 211 aa  50.8  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00504673 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24710  transcriptional regulator, tetR family  38.46 
 
 		 198 aa  50.8  0.00001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4436  transcriptional regulator, TetR family  48 
 
 		 202 aa  50.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0578844 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0819  transcriptional regulator, TetR family  39.62 
 
 		 237 aa  50.1  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1090  transcriptional regulator, TetR family  36.36 
 
 		 204 aa  50.1  0.00002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.141216  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2366  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 217 aa  49.7  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.711286  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2832  transcriptional regulator, TetR family  44.23 
 
 		 204 aa  50.1  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2353  TetR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 217 aa  50.1  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.384863  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5606  putative transcriptional regulator, TetR family  42.11 
 
 		 189 aa  50.1  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0377477  normal  0.125627 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4369  TetR family transcriptional regulator  23.94 
 
 		 204 aa  50.4  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.645452 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2543  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 217 aa  49.7  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1444  transcriptional regulator, TetR family  36.73 
 
 		 225 aa  50.1  0.00002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0101817  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1759  transcriptional regulator, TetR family  22.73 
 
 		 217 aa  50.4  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0994  transcriptional regulator, TetR family  25.25 
 
 		 214 aa  50.4  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.146386  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2589  transcriptional regulator BetI  28.71 
 
 		 196 aa  50.1  0.00002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0557  regulatory protein TetR  27 
 
 		 251 aa  50.4  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0059  transcriptional regulator, TetR family  23.08 
 
 		 194 aa  50.4  0.00002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00007304  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7816  transcriptional regulator, TetR family  27.04 
 
 		 216 aa  50.4  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0706  TetR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 210 aa  50.1  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.25715 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3953  TetR family transcriptional regulator  35 
 
 		 232 aa  50.1  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0396138  normal  0.024229 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16550  transcriptional regulator, TetR family  50.91 
 
 		 207 aa  50.1  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.882037  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0416  transcriptional regulator, TetR family  36.47 
 
 		 228 aa  50.4  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2324  TetR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 217 aa  49.7  0.00003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.000190708  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>