More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3790 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3790  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 240 aa  484  1e-136  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.540237  normal  0.0384587 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4524  two component transcriptional regulator, LytTR family  58.09 
 
 		 240 aa  304  9.000000000000001e-82  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00000306542  normal  0.871136 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1841  response regulator receiver  52.08 
 
 		 245 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000216203 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0733  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.42 
 
 		 243 aa  195  7e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04910  two-component system response regulator  42.55 
 
 		 236 aa  191  7e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.981835  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1844  two component transcriptional regulator, LytTR family  39.91 
 
 		 236 aa  186  2e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4564  LytTR family two component transcriptional regulator  34.73 
 
 		 233 aa  185  6e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0221995  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0991  LytTR family two component transcriptional regulator  41.1 
 
 		 229 aa  182  6e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1679  LytTR family two component transcriptional regulator  38.75 
 
 		 238 aa  176  2e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0217  LytTr DNA-binding region  36.97 
 
 		 250 aa  175  7e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5230  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.59 
 
 		 244 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.236835  normal  0.031416 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2575  two-component response regulator  36.13 
 
 		 241 aa  169  4e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0764  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.71 
 
 		 245 aa  169  5e-41  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.626213 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5598  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.9 
 
 		 237 aa  168  7e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0000105391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_5028  LytTR family two component transcriptional regulator  38.77 
 
 		 237 aa  167  9e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.967214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3628  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.33 
 
 		 235 aa  167  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0184746 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2060  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.28 
 
 		 240 aa  167  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2030  LytTR family two component transcriptional regulator  36.13 
 
 		 237 aa  166  4e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0826  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.9 
 
 		 235 aa  165  5.9999999999999996e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.398179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4134  LytTR family two component transcriptional regulator  35.44 
 
 		 243 aa  165  5.9999999999999996e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.291369  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2165  LytTR family two component transcriptional regulator  37.77 
 
 		 235 aa  164  9e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0607611  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4084  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.12 
 
 		 244 aa  163  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.445273  normal  0.0209217 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2791  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.09 
 
 		 224 aa  163  3e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0891261 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0588  response regulator receiver  38.12 
 
 		 227 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2242  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.71 
 
 		 244 aa  161  7e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  35.74 
 
 		 232 aa  160  2e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3968  LytTR family two component transcriptional regulator  35.78 
 
 		 229 aa  159  3e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0978404  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3396  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.44 
 
 		 243 aa  159  4e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.655263 
 
 
-
 
NC_013733  Slin_6983  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.45 
 
 		 230 aa  155  5.0000000000000005e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.659349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5383  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.06 
 
 		 235 aa  155  6e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5300  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.76 
 
 		 241 aa  153  2e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0290142 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0904  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.93 
 
 		 249 aa  153  2.9999999999999998e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.911747  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7298  two component transcriptional regulator, LytTR family  37.23 
 
 		 230 aa  152  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1177  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.34 
 
 		 231 aa  152  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2133  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.46 
 
 		 256 aa  152  4e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.926336  normal  0.829991 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3280  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.71 
 
 		 245 aa  150  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4710  two component transcriptional regulator, LytTR family  34 
 
 		 254 aa  150  2e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0597  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.75 
 
 		 242 aa  149  4e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0722811 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3926  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.47 
 
 		 237 aa  149  4e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.566728 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6424  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.13 
 
 		 250 aa  147  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.529726  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3175  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.37 
 
 		 250 aa  146  3e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5358  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.05 
 
 		 235 aa  145  5e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1645  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.91 
 
 		 232 aa  145  5e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.09 
 
 		 231 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0577  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.08 
 
 		 231 aa  142  6e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5133  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.2 
 
 		 227 aa  141  7e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.983168 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4189  LytTr DNA-binding region  32.08 
 
 		 231 aa  142  7e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.537023 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1723  two component transcriptional regulator, LytTR family  35.34 
 
 		 232 aa  140  9.999999999999999e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0330  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.61 
 
 		 254 aa  139  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.489053 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3124  LytTr DNA-binding region  32.91 
 
 		 244 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6586  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.64 
 
 		 246 aa  139  4.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.318104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1220  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.89 
 
 		 238 aa  138  7.999999999999999e-32  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.132093  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11553  two-component system response regulator  33.05 
 
 		 237 aa  135  4e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3291  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 258 aa  134  9.999999999999999e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.393667  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3483  LytTR family two component transcriptional regulator  30.38 
 
 		 231 aa  133  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.630225  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  32.93 
 
 		 255 aa  132  3e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5161  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.91 
 
 		 248 aa  133  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.185153  hitchhiker  0.000735465 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2328  LytTR family two component transcriptional regulator  32.41 
 
 		 255 aa  132  6e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.261765  decreased coverage  0.00199939 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6669  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.05 
 
 		 242 aa  130  1.0000000000000001e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6269  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.8 
 
 		 228 aa  130  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1301  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.47 
 
 		 245 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.39793  normal  0.563324 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1542  LytTr DNA-binding region  34.76 
 
 		 245 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.300206 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6125  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.38 
 
 		 238 aa  129  5.0000000000000004e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5303  two component transcriptional regulator, LytTR family  30.36 
 
 		 261 aa  128  6e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.153649 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1834  LytTR family two component transcriptional regulator  30.34 
 
 		 237 aa  126  3e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.54 
 
 		 260 aa  124  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  28.4 
 
 		 239 aa  124  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 253 aa  124  2e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0421  two component transcriptional regulator, LytTR family  29.66 
 
 		 227 aa  124  2e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2385  response regulator receiver protein  31.94 
 
 		 272 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01918  putative response regulator in two-component regulatory system  30 
 
 		 275 aa  121  9.999999999999999e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.159199  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4129  two component transcriptional regulator, LytTR family  26.64 
 
 		 271 aa  120  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.24 
 
 		 251 aa  119  3e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  30.93 
 
 		 245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3159  response regulator receiver  29.79 
 
 		 242 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0190  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 244 aa  119  3.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.625509  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3913  LytTR family two component transcriptional regulator  30.77 
 
 		 268 aa  119  4.9999999999999996e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0420  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 317 aa  118  7e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0328897  normal  0.0302219 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.28 
 
 		 244 aa  118  7e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1151  response regulator receiver protein  28.09 
 
 		 276 aa  118  9e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  28.11 
 
 		 250 aa  117  9.999999999999999e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 252 aa  117  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  30.8 
 
 		 276 aa  117  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4382  LytTR family two component transcriptional regulator  32.63 
 
 		 273 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  28.16 
 
 		 264 aa  113  2.0000000000000002e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0227  LytR/AlgR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 265 aa  113  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.312706  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0699  response regulator receiver  28.23 
 
 		 275 aa  112  4.0000000000000004e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  27.76 
 
 		 250 aa  112  4.0000000000000004e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  27.57 
 
 		 238 aa  111  8.000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.24 
 
 		 281 aa  111  8.000000000000001e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12140  response regulator of the LytR/AlgR family  29.17 
 
 		 255 aa  111  9e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0114  LytTR family two component transcriptional regulator  31.82 
 
 		 226 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.310837  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  30.35 
 
 		 265 aa  110  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2974  LytTR family two component transcriptional regulator  28.96 
 
 		 266 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.318128 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0067  LytTR family two component transcriptional regulator  30.83 
 
 		 268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.169577  normal  0.169612 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3544  two component transcriptional regulator, LytTR family  28.85 
 
 		 251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0394969  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  31.35 
 
 		 249 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  29.15 
 
 		 254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  30 
 
 		 246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3718  response regulator  28.68 
 
 		 275 aa  109  3e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>