More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3340 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
371 aa  758    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4642  efflux transporter, RND family, MFP subunit  55.95 
 
 
383 aa  413  1e-114  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.195012  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6592  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.47 
 
 
378 aa  384  1e-105  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0537  HlyD family multidrug resistance protein  48.73 
 
 
381 aa  362  6e-99  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.996753  normal  0.690705 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2953  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.25 
 
 
360 aa  300  4e-80  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3238  RND family efflux transporter MFP subunit  41.55 
 
 
368 aa  294  2e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4863  RND family efflux transporter MFP subunit  46.03 
 
 
360 aa  283  2.0000000000000002e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.176323  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5359  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.43 
 
 
360 aa  275  9e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.954819  normal  0.588118 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5179  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.62 
 
 
361 aa  274  1.0000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00472624 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.67 
 
 
393 aa  273  5.000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00987855 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4407  RND family efflux transporter MFP subunit  40.31 
 
 
360 aa  264  2e-69  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1188  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.08 
 
 
389 aa  258  1e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.856123  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0374  secretion protein HlyD  38.72 
 
 
368 aa  258  1e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0795061 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0822  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.5 
 
 
390 aa  255  1.0000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.191782  normal  0.633382 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4802  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.88 
 
 
398 aa  254  1.0000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000012488 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2173  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.06 
 
 
393 aa  251  1e-65  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2259  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.62 
 
 
397 aa  251  2e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.141283  normal  0.411522 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4299  RND family efflux transporter MFP subunit  39.88 
 
 
405 aa  248  9e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2947  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.04 
 
 
363 aa  246  4e-64  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.3 
 
 
375 aa  245  9.999999999999999e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.728308  normal  0.481729 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1204  secretion protein HlyD  38.74 
 
 
395 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.377097  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2230  RND family efflux transporter MFP subunit  35.66 
 
 
362 aa  243  3e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1433  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.59 
 
 
373 aa  243  3e-63  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.195416  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.78 
 
 
389 aa  243  3e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.374762  normal  0.534332 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3575  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.07 
 
 
379 aa  242  6e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0183852  normal  0.158176 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1728  secretion protein HlyD  38.73 
 
 
363 aa  238  1e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0143164  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.63 
 
 
363 aa  237  3e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.407835  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1117  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.12 
 
 
376 aa  235  8e-61  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0140148  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4132  RND family efflux transporter MFP subunit  36.57 
 
 
384 aa  231  1e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1564  RND family efflux transporter MFP subunit  37.19 
 
 
369 aa  223  4.9999999999999996e-57  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.000000112948  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6106  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.29 
 
 
378 aa  222  7e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0292  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.05 
 
 
366 aa  219  5e-56  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.390239  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2859  acridine efflux pump  37.85 
 
 
373 aa  219  7e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.768203  normal  0.0209077 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.01 
 
 
391 aa  217  2e-55  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  decreased coverage  0.000252486  hitchhiker  0.000793327 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3019  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.88 
 
 
378 aa  215  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.809394  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1400  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.87 
 
 
399 aa  210  4e-53  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000127527  normal  0.840586 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3228  RND family efflux transporter MFP subunit  35.76 
 
 
378 aa  206  7e-52  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.97 
 
 
520 aa  203  4e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10068  Secretion protein HlyD  35.06 
 
 
367 aa  201  9.999999999999999e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.305445  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0806  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.05 
 
 
380 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0806  secretion protein HlyD  37.69 
 
 
371 aa  194  2e-48  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1458  RND family efflux transporter MFP subunit  33.94 
 
 
422 aa  185  1.0000000000000001e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.235103  hitchhiker  0.000537348 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1891  RND family efflux transporter MFP subunit  33.74 
 
 
391 aa  182  1e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.497754  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  30.77 
 
 
414 aa  170  4e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  26.15 
 
 
385 aa  164  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0849  secretion protein HlyD  32 
 
 
441 aa  163  5.0000000000000005e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  30.49 
 
 
368 aa  162  8.000000000000001e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  29.56 
 
 
391 aa  161  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0906  RND family efflux transporter MFP subunit  29.79 
 
 
391 aa  162  1e-38  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0335  HlyD family secretion protein  31.02 
 
 
411 aa  161  2e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  32.27 
 
 
408 aa  161  2e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  30.56 
 
 
372 aa  161  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0307  HlyD family secretion protein  31.02 
 
 
411 aa  160  2e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.556263  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2140  RND family efflux transporter MFP subunit  29.89 
 
 
393 aa  160  4e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0410  RND family efflux transporter MFP subunit  30.12 
 
 
407 aa  159  5e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  30.34 
 
 
387 aa  159  1e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.36 
 
 
436 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.996717 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4335  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.36 
 
 
436 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514202  normal  0.256174 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2901  RND family efflux transporter MFP subunit  28.38 
 
 
394 aa  158  1e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.25 
 
 
372 aa  158  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.320362 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32 
 
 
396 aa  157  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.56 
 
 
396 aa  155  7e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  31.7 
 
 
388 aa  155  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  29.84 
 
 
376 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4362  RND family efflux transporter MFP subunit  30.94 
 
 
373 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4148  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.67 
 
 
560 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0405  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  29.35 
 
 
408 aa  154  2.9999999999999998e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.738714  hitchhiker  0.0000278759 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0383  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.56 
 
 
408 aa  153  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000626257 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  28.85 
 
 
374 aa  153  4e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.03 
 
 
405 aa  153  5e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2285  RND family efflux transporter MFP subunit  31.41 
 
 
428 aa  152  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00134622 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0391  putative auxiliary transport protein membrane fusion protein (MFP) family  29.2 
 
 
408 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000301381 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0445  putative auxiliary transport protein membrane fusion protein (MFP) family  30.56 
 
 
408 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000283487 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2607  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.41 
 
 
422 aa  151  2e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.113369  normal  0.140751 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0385  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  29.2 
 
 
408 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.44 
 
 
392 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.32243 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  30.64 
 
 
400 aa  151  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  30.99 
 
 
386 aa  151  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0041  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.45 
 
 
378 aa  151  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.89791  normal  0.261432 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1622  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.43 
 
 
415 aa  150  3e-35  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.1162  normal  0.0945961 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1567  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.52 
 
 
408 aa  150  3e-35  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.351926 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1004  HlyD family secretion protein  30.81 
 
 
414 aa  150  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0828  RND family efflux transporter MFP subunit  29.19 
 
 
396 aa  150  5e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3365  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.01 
 
 
391 aa  149  6e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.496799  normal  0.0176512 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  30.88 
 
 
381 aa  149  7e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1361  HlyD family secretion protein  31.25 
 
 
387 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.70378  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3094  putative efflux transporter  30.33 
 
 
393 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000031387  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0932  precursor of drug resistance protein  29.19 
 
 
396 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2562  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.39 
 
 
416 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0757424  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  29.72 
 
 
405 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  29.72 
 
 
405 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  29.72 
 
 
405 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3921  RND family efflux transporter MFP subunit  30.49 
 
 
430 aa  148  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.439492 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2434  RND family efflux transporter MFP subunit  28.4 
 
 
383 aa  147  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.671436  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1828  secretion protein HlyD  28.23 
 
 
406 aa  147  3e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4669  RND family efflux transporter MFP subunit  28.7 
 
 
399 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.287204  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5537  RND family efflux transporter MFP subunit  31.08 
 
 
400 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168619  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3621  secretion protein HlyD  31.08 
 
 
400 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4746  RND family efflux transporter MFP subunit  31.08 
 
 
400 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00758562 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2639  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.23 
 
 
436 aa  147  3e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>