More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1673 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1673  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 232 aa  478  1e-134  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3547  tRNA pseudouridine synthase B  59.17 
 
 		 228 aa  263  2e-69  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04550  putative tRNA pseudouridine synthase  56.58 
 
 		 238 aa  254  7e-67  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1246  tRNA pseudouridine synthase B  54.79 
 
 		 244 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.193687 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0570  tRNA pseudouridine synthase B  57.85 
 
 		 229 aa  251  7e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1973  tRNA pseudouridine synthase B  55.76 
 
 		 558 aa  240  2e-62  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15148  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0789  tRNA pseudouridine synthase B  52.53 
 
 		 241 aa  231  7.000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.559665 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0948  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  52.61 
 
 		 225 aa  230  1e-59  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.276253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0388  hypothetical protein  52.34 
 
 		 230 aa  225  6e-58  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1777  tRNA pseudouridine synthase B  45.05 
 
 		 289 aa  201  5e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0123602  normal  0.16523 
 
 
-
 
NC_009362  OSTLU_32966  predicted protein  44.24 
 
 		 279 aa  198  7e-50  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1460  tRNA pseudouridine synthase B  44.95 
 
 		 255 aa  196  2.0000000000000003e-49  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.000738183  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0302  tRNA pseudouridine synthase B  45.61 
 
 		 243 aa  195  5.000000000000001e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000137862  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0369  tRNA pseudouridine synthase B  44.8 
 
 		 247 aa  194  1e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0446306  normal  0.471247 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0400  tRNA pseudouridine synthase B  45.45 
 
 		 241 aa  186  2e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00240651  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0404  tRNA pseudouridine synthase B  43.58 
 
 		 240 aa  183  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00439158  normal  0.254846 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1311  tRNA pseudouridine synthase B  43.93 
 
 		 249 aa  181  6e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0354136  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0371  tRNA pseudouridine synthase B  42.27 
 
 		 252 aa  174  9.999999999999999e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000885731  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0781  tRNA pseudouridine synthase B  39.73 
 
 		 293 aa  173  1.9999999999999998e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3589  tRNA pseudouridine synthase B  40.09 
 
 		 295 aa  172  3.9999999999999995e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0304508  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  43.43 
 
 		 299 aa  171  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  43.54 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2817  tRNA pseudouridine synthase B  42.93 
 
 		 241 aa  171  1e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.604126  hitchhiker  0.00223059 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0749  tRNA pseudouridine synthase B  42.44 
 
 		 244 aa  170  2e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.844641 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3327  tRNA pseudouridine synthase B  40.65 
 
 		 289 aa  169  3e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.212932  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1065  tRNA pseudouridine synthase B  41.4 
 
 		 299 aa  168  7e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.0143868 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_853  tRNA pseudouridine synthase B  42.42 
 
 		 300 aa  168  8e-41  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000359434  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  38.39 
 
 		 314 aa  165  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  40.67 
 
 		 310 aa  165  4e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  40.67 
 
 		 310 aa  165  4e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01762  tRNA pseudouridine synthase B  39.71 
 
 		 323 aa  165  5e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0258018  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0872  tRNA pseudouridine synthase B  43 
 
 		 300 aa  164  9e-40  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000436908  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2120  tRNA pseudouridine 55 synthase  39.47 
 
 		 299 aa  164  1.0000000000000001e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2227  tRNA pseudouridine synthase B  42.16 
 
 		 313 aa  163  2.0000000000000002e-39  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00164056  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2706  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 313 aa  163  2.0000000000000002e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1589  tRNA pseudouridine synthase B  41.75 
 
 		 304 aa  162  3e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000648729  normal  0.0689422 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0076  tRNA pseudouridine synthase B  40.29 
 
 		 359 aa  163  3e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.225671  normal  0.908993 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  39.61 
 
 		 302 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  39.61 
 
 		 302 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  39.61 
 
 		 302 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  39.61 
 
 		 321 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  41.63 
 
 		 311 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  39.61 
 
 		 321 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  39.61 
 
 		 311 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07870  tRNA pseudouridine 55 synthase  42.51 
 
 		 303 aa  162  5.0000000000000005e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  40.19 
 
 		 310 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3755  tRNA pseudouridine synthase B  39.9 
 
 		 300 aa  161  8.000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.366466  unclonable  0.0000145112 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  40.1 
 
 		 302 aa  161  9e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  39.61 
 
 		 311 aa  160  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2203  tRNA pseudouridine synthase B  41.75 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.147231  normal  0.936738 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1937  tRNA pseudouridine synthase B  43.93 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  40.67 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  39.71 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1655  tRNA pseudouridine synthase B  43.93 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1432  tRNA pseudouridine synthase B  39.17 
 
 		 322 aa  160  2e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000149867 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  38.83 
 
 		 292 aa  160  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  39.71 
 
 		 310 aa  159  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0071  tRNA pseudouridine synthase B  38.83 
 
 		 380 aa  158  5e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  40.98 
 
 		 318 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  39.71 
 
 		 310 aa  158  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1424  tRNA pseudouridine synthase B  38.71 
 
 		 306 aa  158  6e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  41.46 
 
 		 318 aa  158  6e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3031  tRNA pseudouridine synthase B  38.86 
 
 		 303 aa  158  7e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000998148  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  39.23 
 
 		 297 aa  157  1e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1091  tRNA pseudouridine synthase B  41.51 
 
 		 303 aa  156  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0150332  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0981  tRNA pseudouridine synthase B  38.73 
 
 		 300 aa  156  3e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.256266  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0557  tRNA pseudouridine synthase B  40.09 
 
 		 293 aa  155  4e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.492745 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0393  tRNA pseudouridine synthase B  40.09 
 
 		 293 aa  155  4e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0903  pseudouridylate synthase  41.51 
 
 		 299 aa  155  4e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12806  tRNA pseudouridine synthase B  40.19 
 
 		 298 aa  155  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.107563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2078  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 297 aa  154  8e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0804076  normal  0.193911 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2095  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 297 aa  154  8e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2141  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 297 aa  154  8e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.024046 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  41.67 
 
 		 314 aa  154  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3188  tRNA pseudouridine synthase B  37.44 
 
 		 289 aa  154  1e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0863622  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3569  tRNA pseudouridine synthase B  39.05 
 
 		 293 aa  153  2e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.687406 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0988  tRNA pseudouridine synthase B  42.16 
 
 		 297 aa  153  2e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1053  tRNA pseudouridine synthase B  39.42 
 
 		 305 aa  152  2.9999999999999998e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000253025  hitchhiker  0.00000016309 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2487  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 307 aa  152  2.9999999999999998e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.447446  normal  0.464709 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1904  tRNA pseudouridine synthase B  37.14 
 
 		 310 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000415787  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1511  tRNA pseudouridine synthase B  40.67 
 
 		 283 aa  152  4e-36  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  38.76 
 
 		 309 aa  152  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5828  tRNA pseudouridine synthase B  37.5 
 
 		 299 aa  152  5e-36  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.786623  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3977  tRNA pseudouridine synthase B  38.71 
 
 		 291 aa  152  5.9999999999999996e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.505383  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1514  tRNA pseudouridine synthase B  35.32 
 
 		 336 aa  151  7e-36  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0695  tRNA pseudouridine synthase B  39.61 
 
 		 298 aa  151  8.999999999999999e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.392139  normal  0.247417 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0491  tRNA pseudouridine synthase B  39.52 
 
 		 323 aa  150  1e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.444271 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1559  tRNA pseudouridine synthase B  36.59 
 
 		 306 aa  150  1e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000014697  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1703  tRNA pseudouridine synthase B  39.81 
 
 		 339 aa  151  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000149412 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4983  tRNA pseudouridine synthase B  36.87 
 
 		 293 aa  150  2e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3165  tRNA pseudouridine synthase B  38.01 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.498601  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  39.05 
 
 		 315 aa  149  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1919  pseudouridylate synthase  40.58 
 
 		 345 aa  149  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0760202 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1306  tRNA pseudouridine synthase B  42.93 
 
 		 295 aa  149  4e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000000236822  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2992  tRNA pseudouridine synthase B  38.79 
 
 		 321 aa  149  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10878  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2009  tRNA pseudouridine synthase B  42 
 
 		 347 aa  149  5e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.845229  normal  0.607065 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1225  tRNA pseudouridine synthase B  39.62 
 
 		 302 aa  148  7e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.886706  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  35.85 
 
 		 302 aa  148  8e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07030  tRNA pseudouridine synthase B  36.41 
 
 		 298 aa  148  8e-35  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4028  tRNA pseudouridine synthase B  39.44 
 
 		 294 aa  147  9e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.150764 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>